| New junction evidence | |||||||||||
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| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
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| ? | NC_012417 | = 1975 | 3828 (1.070) | intergenic (+208/+118) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 4039 total aligned reads displayed.
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cTTACTTTTTGTTTTTCTATGAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGACGTTGAGAAGAACCCTTAACTagact < 1:607448‑M2/140‑6 (MQ=255) cTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTaaact < 1:453510‑M2/140‑6 (MQ=255) aCTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGc > 2:583329/1‑140 (MQ=255) cTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGAAGAAATAAAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCa < 2:479400/140‑1 (MQ=255) tttGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGAc < 1:911890/140‑1 (MQ=255) tttttATATAAAGTTGTTGCTTTTGCCGATCTGGAAGGAAAATATTATTTTCATTAAGATAATAAAAAATAGATGACTCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGATCCCTTAACTAATCTTGCAGACGAAt < 2:116232/140‑1 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ccTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTG‑GAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTa > 2:252992/1‑140 (MQ=255) ccTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTG‑GAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTa > 2:617672/1‑140 (MQ=255) ccTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTG‑GAATAAATAGAATCTAAAGTAACCCGTa > 2:909032/1‑140 (MQ=255) cTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTG‑GAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTAt < 2:810349/140‑1 (MQ=255) ttAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTG‑GAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTAtt < 1:151674/140‑1 (MQ=255) ttAACCAATCTCGCCGCCGAATGCCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGTCAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTG‑GAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTAtt < 2:662167/140‑1 (MQ=17) tAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTG‑GAGTAAATAGTATCTAAAGTAAACCGTAttt > 2:850823/1‑140 (MQ=255) tAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTG‑GAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTAttt < 2:413875/140‑1 (MQ=255) tAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTG‑GAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTAttt < 2:310159/140‑1 (MQ=255) tAACTAAAATTACAGACCAATGGCGTCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAATCAATTG‑GAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTAttt < 1:845482/140‑1 (MQ=17) aCTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTGGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTG‑GAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTaa < 1:678962/140‑1 (MQ=255) cTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTACGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAACTG‑GCATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTCaac > 2:1004457/1‑139 (MQ=255) cTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTG‑GAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAg < 1:440558/140‑1 (MQ=255) | TGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTG‑GAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGA > NC_012417/1836‑2114 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |