| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 56 (1.080) | 31 (0.870) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
26/180 | NT | 44.5% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
ATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATTAACATTTAAGTCAATAACTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/512749‑512620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAT > USA300TCH1516_ALE/1998278‑1998412 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCC < 2:137835/141‑1 AGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTTTCTTTTCCTTTTTTTTTTTTAAt > 2:422427/1‑140 GTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACC < 2:491488/141‑1 TACGTTTTTTGGAATTAACGTTTACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCca < 2:158728/141‑3 TTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACGTTTTTTATCTTGTCCATTTTCCTTTTTTGCCATAATat < 2:284050/141‑3 GTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGC > 1:218183/1‑141 TGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACAAAAATTTGATTAAAAACCTGCCT > 1:196052/1‑141 TATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATGCATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTGAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAA > 1:408909/1‑141 TATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAA < 1:308338/141‑1 CATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCTACAAGAAATAAGTGTACATTTTATCTACATTTAAGTCAAGAACTTTTTTTATCTTGTTCATTTTCTTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAATTTGCCTCTCAACGTTCT > 2:459727/1‑141 agcTTTCAATGTTCATTTGTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTAGCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAATTGCCTGTCAACGTTCTACTCT < 2:418257/138‑1 TGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTAGCAACGTTCTACTCTAGCGGGACG > 1:160680/1‑141 TTTTTCTTACCTACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTT < 2:578304/141‑1 CTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTCCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGCACGTAAGTTCGACT > 2:151522/1‑141 cCCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACC < 1:201593/140‑1 ACCCACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTCTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACAGCCTACGCTAGCGGAACGTAAGTCCGACTACC < 2:432643/141‑1 aAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATGTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA < 2:32173/140‑1 CAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGA < 2:525665/141‑1 gcATTAATTTCACATTTTATCAACATTTAAGTCAATACCTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGC < 2:76268/139‑1 ATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTA < 2:556634/141‑1 AATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGCCGCTAAGG > 2:389219/1‑141 ATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGATCGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGA < 2:356685/141‑1 TTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACCCAAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAG > 2:333996/1‑141 TATACATTTTATCAACATTTAAGTTAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGC < 2:250573/141‑1 TATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGC < 1:551906/141‑1 ATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCT < 1:579622/141‑1 TACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTGAGTTCGACTACCATCGCCGCTACGGAGCTT > 2:387608/1‑141 TTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACT > 1:593260/1‑141 TTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTC > 1:127132/1‑141 TTATCAACATTTAAGTCAAGAACTTCTTTTATCTTGTCCATTCTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTC < 1:436342/141‑1 tcAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGT > 1:461075/3‑141 AACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGT < 2:589450/141‑1 TCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGG < 1:151974/141‑1 CAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGA < 2:420987/141‑1 CTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACTATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGT < 2:389136/141‑1 CTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGT < 2:385618/141‑1 TTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGT > 1:17128/1‑141 TATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCT < 1:377078/141‑1 GTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGC < 1:268238/141‑1 CATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTAT < 2:593260/141‑1 CATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTAT > 1:522986/1‑141 TTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTC > 1:242217/1‑141 TTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAG < 1:205113/141‑1 TTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGACCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAG > 2:597565/1‑141 TTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAATCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGGGTGACGCCCTTGCTATAGACACCAc > 2:167611/1‑140 TTTAACCAAAATTTGAGTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACGTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGA < 1:184043/141‑1 CAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATG > 1:181469/1‑141 AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAA > 2:291414/1‑141 AAATTTGATAAAAGAACTTCCTGGCAACGTTCTACTCAAGCCGAACGTAAGTTCGACTACCACCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCGTGCTATAGTCACCAGACATATGAA < 2:418653/141‑1 AAATGTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAACTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAA < 2:418368/141‑1 AAAATTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACATAAGTTCGACTACCATCGAAGCTAAGGAGCTTAACTTCTTTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAA < 1:422427/141‑1 TTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGT > 1:561087/1‑141 TGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAA < 1:102639/141‑1 GATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAT > 1:173644/1‑141 GATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAT < 2:461075/141‑1 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATTAACATTTAAGTCAATAACTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/512749‑512620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAT > USA300TCH1516_ALE/1998278‑1998412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |