| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 56 (1.080) | 31 (0.870) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
26/180 | NT | 44.5% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
ACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1998138‑1998418 | aCTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGCCGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGGTTTa > 2:3706/1‑141 (MQ=25) tACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTg < 1:149450/141‑1 (MQ=40) cAAGTCAGTTGCTCTACCAATGGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTACGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGcc < 2:39747/141‑1 (MQ=255) aaGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCt < 1:42017/141‑1 (MQ=255) gTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTgg < 1:245119/141‑1 (MQ=255) cAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGTTTTTAATGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCa > 1:443499/1‑141 (MQ=255) tGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGt > 1:605974/1‑141 (MQ=255) tGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGATCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGt > 2:473882/1‑141 (MQ=255) tGCTCTACCAATTGAGATAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGt > 1:363174/1‑141 (MQ=255) gCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGtt < 1:527346/141‑1 (MQ=255) aagcAATTGCGCTAGGCCAGCAATATGTATGCATAAATGGCGTATAAGGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGTTGCTCTCCCAGCTGATCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAc < 2:323506/138‑1 (MQ=17) aCCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAct > 2:53882/1‑141 (MQ=255) aCCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAct > 1:242668/1‑141 (MQ=255) cAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTActct < 2:334965/141‑1 (MQ=255) cAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTActct > 1:32676/1‑141 (MQ=255) ttGGGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGACCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGc < 1:65500/141‑1 (MQ=255) aGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGCGAATGACTGGTTCTAACCGCCGACCCACTACTAGTAAAGTAGATGCTCGCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTGCTCTAGCGGa > 1:456183/1‑141 (MQ=17) aGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa > 2:309371/1‑141 (MQ=255) cTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAAc < 2:157194/141‑1 (MQ=255) tAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg < 1:555961/141‑1 (MQ=255) aGGCCGGAAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGAGGGGTGCGAACCGCCGACCCGTTGCTTGTAAGGCAGATGCAATCCCAGCTGAGCTAATTG‑TCCGATATAAAACTGACTGGCAACATTTTGCTCTAGCGGAACGt > 2:187962/1‑141 (MQ=17) ccGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAg < 2:153513/141‑1 (MQ=255) cGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAGAACTGCCTGGCAACGTTATACTCTAGCGGAACGTAAGt > 2:583396/1‑141 (MQ=255) cGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑CCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGt < 1:475108/141‑1 (MQ=255) cAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCg > 1:203668/1‑141 (MQ=255) atatGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGAc > 1:227002/1‑141 (MQ=255) atagGTAAGAATAAAGGGTGGGGATTGACGGGTTCGAACCGCCGACCCGCTGGTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCATCTGATCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGGCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGAc < 2:52886/141‑1 (MQ=17) gcaaGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAcc < 2:238167/139‑1 (MQ=255) aaggacaaaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAt < 1:135625/135‑1 (MQ=255) agtaTAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATc < 2:149241/138‑1 (MQ=255) gAATACATGGTGGCGTACGACGGGTTCGAACCGCTGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCGGATTTCAAACTGCTTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGATCGTAAGTTCGACTACCATCg < 1:371716/141‑1 (MQ=14) aaTAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGa < 2:488978/141‑1 (MQ=255) aTAAATGGGGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGAc < 1:244490/141‑1 (MQ=255) tggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAggg > 1:194839/1‑140 (MQ=255) tgataTGACGTGTTCTGACCGCCTGTCCTCCGCTTTTAAGGCGTATGCTCTCCCAGCTTAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTTCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGc < 2:323643/137‑1 (MQ=14) gagaATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGCG‑AATTGCTTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGc < 1:141425/141‑1 (MQ=14) aaaggACGGGTCCGAACCGCCGACCCCCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCtt < 2:151026/137‑1 (MQ=255) cGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTc < 1:79651/141‑1 (MQ=255) cGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTc < 1:529615/141‑1 (MQ=255) cGGCTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATCCCCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACCCCCGCGGAACGGAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTc < 2:305890/141‑1 (MQ=14) ttCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtgtg < 1:559125/141‑1 (MQ=255) aaCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCg < 1:168617/141‑1 (MQ=255) aCCGCCGCCCCTCCGCTGGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCgg < 1:37697/141‑1 (MQ=255) ccgccgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCGGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTCGCATCGACGCTAAGGAGCTAAACTTCTGTGTTCGGc > 2:142892/1‑141 (MQ=255) cgccgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCa > 1:452066/1‑141 (MQ=255) gccgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTTGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCAt < 1:63085/141‑1 (MQ=255) agccTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGa < 2:69170/139‑1 (MQ=255) cccTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGaa > 2:50772/1‑141 (MQ=255) ctctGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACa > 2:228560/1‑141 (MQ=255) ttGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGtgtg < 2:203668/141‑1 (MQ=255) tAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcc < 2:86564/141‑1 (MQ=255) aaGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTCCGGCATGGGAACAGGTGTGAcct > 1:69441/1‑141 (MQ=255) aaGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCCTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcct < 2:363174/141‑1 (MQ=255) agagGCCCTCCCAGCTGAGCTACTTC‑GTCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTGGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCGAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctcctgg < 2:315363/141‑3 (MQ=14) gATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCCTCGACGCTAAGGAGCCTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGCTGTGGCCCCCTTGc > 2:534501/1‑141 (MQ=17) tgcccccccAGCTGGGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGCGCTAAGATTATGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCta < 2:100244/135‑1 (MQ=14) gCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCtat > 1:511886/1‑141 (MQ=255) tctcCCCGCTGGGCCTATTC‑TCCGATTTAAAACGGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACCACCAGCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg < 2:51424/141‑1 (MQ=14) ctcCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATCGt > 2:511135/1‑141 (MQ=255) ctcCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGt < 1:429998/141‑1 (MQ=255) ctcCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGt > 1:526892/1‑141 (MQ=255) ccATCTGAGCTAATTC‑TCCGATCTAAAACTGCCAGGCACCGGTCACCATTAGCGCAACGTATGTTCGTCTACCATCGACGCTAATGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGTCCTCCTTGCTATAGTCAc < 2:521025/141‑1 (MQ=14) ccAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAc > 1:534311/1‑141 (MQ=255) cAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAcc > 1:40802/1‑141 (MQ=255) cAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAcc > 1:247134/1‑141 (MQ=255) aGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACat > 1:253449/1‑141 (MQ=255) tAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACTTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTATCTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTTACCTCCGTGCTAGAGTCACCAGACATATg < 2:175622/141‑1 (MQ=14) ccGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTaa > 2:605593/1‑141 (MQ=39) cGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAt < 2:605974/141‑1 (MQ=38) tttAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTta < 1:309371/141‑1 (MQ=35) tAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtata > 1:81570/1‑141 (MQ=34) tAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtata < 1:53882/141‑1 (MQ=34) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAc < 2:312502/141‑1 (MQ=33) | ACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTC‑TCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1998138‑1998418 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |