| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1030884 = | 55 (1.060) | 3 (0.060) | 3/234 | NT | 5.9% | intergenic (+7/‑129) | ktrB_1/yfkN_2 | Ktr system potassium uptake protein B/Trifunctional nucleotide phosphoesterase protein YfkN |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1030933 = | 47 (1.010) | intergenic (+56/‑80) | ktrB_1/yfkN_2 | Ktr system potassium uptake protein B/Trifunctional nucleotide phosphoesterase protein YfkN | |||||
ATATTTCTAAGGTCGTACTAATGATACTCATGTTTATAGGACGTGTTGGCTTAATATCATTTATCATTATGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGATTGGTTTCGAAAATGGTAAACTAGTAACAATGAGAGGTGTAACATGATGGAAA > USA300TCH1516_ALE/1030744‑1031022 | atattTCTAAGGTCGTACTAATGATACTCATGTTTATAGGACGTGTTGGCTTAATATCATTTATCATTATGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGAtaatataata < 1:592838/141‑1 (MQ=255) tattTCTAAGGTCGTACTAATGATACTCATGTTTATAGGACGTGTTGGCTTAATATCATTTATCATTATGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAg < 1:460520/141‑1 (MQ=255) tttCTAAGGTCGTACTAATGATACTCATGTTTATAGGACGTGTTGGCTTAATATCATTTATCATTATGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCa < 1:214974/141‑1 (MQ=255) atgcatatcgtacttatgtaaaagctttacattaatgttttcatttttttccatcatgttacacctctcattgttacgagtttaccattttcgaaaccaatcgtcttataaaataagttaaaaatacaaactaaaaaAGCa > 2:191399‑M1/138‑141 (MQ=255) 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2:142525‑M1/130‑141 (MQ=255) gTACTAATGATACTCATGTTTATAGGACGTGTTGGCTTAATATCATTTATCATTATGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATGATAGCCATCAAAATTT‑a > 2:116196/1‑141 (MQ=255) gtagttaaaatctctacattaatgttttcatttttttccatcatgttacacctctcattgttactattttaccattttcgaaaccaatcgtcttataaaataagttaaaaatacacactaaaaaAGCAATCTaaatttcag < 1:287852‑M1/17‑4 (MQ=255) tAATGATACTCATGTTTATAGGACGTGTTGGCTTAATATCATTTATCATTATGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTa > 2:75206/1‑141 (MQ=255) tGATACTCATGTTTATAGGACGTGTTGGCTTAATATCATTTATCATTATGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATg > 2:34922/1‑141 (MQ=255) cATGTTTATAGGACGTGTTGGCTTAATATCATTTATCATTATGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGAttt < 1:230711/141‑1 (MQ=255) 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1:345747/1‑141 (MQ=255) tcattATGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTAtt > 2:15152/1‑141 (MQ=255) tATGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTGGTATTTTTa > 2:605118/1‑141 (MQ=255) tATGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAAATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGGTTGTATTTTTa > 2:469045/1‑141 (MQ=255) aTGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTACATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTGTTTTAGTTTGTATTTTTaa < 1:334552/141‑1 (MQ=255) gCAGGACGTCGAGAACCAGCTAAGTTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTTTTTTTAACTTAtt > 1:604647/1‑141 (MQ=255) 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1:470519/141‑1 (MQ=255) gagaACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACg < 2:558262/141‑1 (MQ=255) cAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGATTGGt > 2:243857/1‑141 (MQ=255) cAGAAAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATGCAAATAGGATAATATAATAGCAACCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGATTGGt > 1:416820/1‑141 (MQ=255) cAGAAAAATGCCCTTATCCAAAATATCTTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAAATTTTAACTGGAACCTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACTATTGGt < 2:605897/141‑1 (MQ=255) aGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGATTGGtt < 1:132390/141‑1 (MQ=255) 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1:61423/141‑1 (MQ=255) ccAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGATTGGTTTCGAAAATGGTAAACt < 1:34922/141‑1 (MQ=255) cAAAAGAACGTATTCAAATGAACAAATAGAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGATTGGTTTCGAAAATGGTAAACTa > 1:297218/1‑141 (MQ=255) aaaaGAACGTATTCAAATAGGATAATATGATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGATTGGTTTCGAAAATGGTAAACTAg < 1:345428/141‑1 (MQ=255) aataaCGTACTCAAATAGGATAATATAATAGCAAGCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTAGAAGACGATTGGTTTCGAAAATGGTAAACTAGTa < 1:302494/138‑1 (MQ=255) aaGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGATTGGTTTCGAAAATGGTAAACTAGTa < 1:277996/141‑1 (MQ=255) 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2:574647/1‑141 (MQ=255) aaTAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTTTTTTTTTAACTTATTTTATAAGACTATTGGTTTCGAAAATGGTAAACTGGTAACAATGAGAGgtt > 2:208793/1‑140 (MQ=255) aaTAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTACTTTTAACTTTTTTTATAAGACGATTGGTTTCGAAAATGGTAAACTAGTAACAATGAGAGgtg < 2:489444/141‑1 (MQ=255) taataGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTTGTTTTTTTTTTTAACTTATTTTATAAGACGATTGGTTTCGAAAATGGTAAACTAGTAACAATGAGAGGTGTAACATGATGGa > 2:456611/1‑141 (MQ=255) ataGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTCGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGATTGGTTTCGAAAATGGTAAACTAGTAACAATGAGAGGTGTAACATGATGGaaa > 1:600302/1‑141 (MQ=255) | ATATTTCTAAGGTCGTACTAATGATACTCATGTTTATAGGACGTGTTGGCTTAATATCATTTATCATTATGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTT‑AGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGATTGGTTTCGAAAATGGTAAACTAGTAACAATGAGAGGTGTAACATGATGGAAA > USA300TCH1516_ALE/1030744‑1031022 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |