New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913_3_bme_pgi | = 3402416 | 54 (1.160) | 3 (0.070) | 3/260 | NT | 5.4% | coding (917/1941 nt) | csrD | targeting factor for csrBC sRNA degradation |
? | NC_000913_3_bme_pgi | = 3402431 | 54 (1.210) | coding (902/1941 nt) | csrD | targeting factor for csrBC sRNA degradation |
ACCAATGTGGATCATATCGTCGCGATCGAGCATTTTATTGTTCGGCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGCTGTGCCCCCAGGTATCGCTCAACATATTGAAATCCGGCAGACGAATCATCATCACGATCCCGTGG > NC_000913_3_bme_pgi/3402283‑3402571 | aCCAATGTGGATCATATCGTCGCGATCGAGCATTTTATTGTTCGGCAAGGTGTCAACGGCTTTGATTAACTGATCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGTTAACACGCca > 1:651460/1‑149 (MQ=255) aaTGTGGATCATATCGTCGCGATCGAGCATTTTATTGTTCGGCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACAAACCAAGCTCTGTGTCGCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAgca < 2:546471‑M2/149‑4 (MQ=255) aTGTGCATCATAACGTCGCGATCGAGCATTTTTTTGTTCGGCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTATCTGCCGCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAgcag > 1:26692‑M2/1‑145 (MQ=255) tCATATCGTCGCGATCGAGCATTTTATTGTTCGGCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCa > 1:359676/1‑149 (MQ=255) gtttggtcgCTATCGAGAATTTTATTGTTCGGCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAgg < 1:196293/144‑1 (MQ=255) atatCCTCGCGATCGAGCATTTTATTGTTCGGCAATGTATCAACGGCTTTGATTAACTGAGCGGCGATGCTCTCTGCCTCTACTAACGTCCGGTCCGGTAACAGCGCAGCAACATCACCGCTTTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAgg < 2:889726/149‑1 (MQ=255) tatCGTCGCGATCGAGCATTTTATTGTTCGGCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAggg > 2:389683/1‑149 (MQ=255) tatCGTCGCGATCGAGCATTTTATTGTTCGGCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGCAACAGCGCAGCAAAACCACTCCGCTGGTAACGCGCCACCCGTCCCCCAggg > 2:608842/1‑149 (MQ=255) tcgCGATCGAGCATTTTATTGTTCGGCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGGCAGCAGTGCGCCAGGGTAgcg > 1:83865/1‑149 (MQ=255) cgcgATCGAGCATTTTATTGTTCGACAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAgcgc > 2:8097/1‑149 (MQ=255) atcttacATTTTATGGTCCGGCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGTCGATCCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGcatca < 1:617024/143‑1 (MQ=255) aGCATTTTATTGTTCGGCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATaaa < 1:751065/149‑1 (MQ=255) aGCATTTTATTGTTCGGCAAAGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATaaa < 1:579743/149‑1 (MQ=255) gCATTTTATTGTTCGGCAAGGGATCAACGGCTTGGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAAt < 2:466481/149‑1 (MQ=255) aTTTTATTGTTCGGCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGt < 1:499471/149‑1 (MQ=255) ttctttttCGGCAATGTATCAACGGCTTTGCTTAACTGACCCGCTATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGa < 1:388058/143‑1 (MQ=255) ttATTGTTCGGCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGa < 2:553847/149‑1 (MQ=255) ttACTGTTCGGCAAGTTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGTCTTTTTTAACGTCCGGTGCTGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGa < 1:308199/149‑1 (MQ=255) gTTCGGCACGGTATCAACGTCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGAcagca < 1:319975/149‑1 (MQ=255) gTTCGGCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATTTCTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGAcagca < 1:700743/149‑1 (MQ=255) gTTCGGCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGAcagca < 1:389683/149‑1 (MQ=255) tCGGCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGa < 1:727801/149‑1 (MQ=255) tCGGCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGAGCATCATAAATGTCGACAGCAGa > 1:88331/1‑149 (MQ=255) gCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGCCAGCAGATTc > 1:536597/1‑149 (MQ=255) cAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTCACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACTTCCGGTGCGGTAACAGCGCACCAAAATCACTGCGGAGGTAACGCCCCAGCAGTACGCCAGGGAAGCCCATCATAAATGTACACCGCAGAATCg > 2:734258/1‑149 (MQ=255) ggTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCa < 1:892852/149‑1 (MQ=255) taacAACGGCTATGATTAACAGACCGGCGATGCTCTCGGCCCCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTTGTAACCCTCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCaga < 2:497159/146‑1 (MQ=255) tATCAACGTCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCaga < 1:3997/149‑1 (MQ=255) tATCAACGGCTTTGATTAACTGACTGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCaga < 1:266155/149‑1 (MQ=255) tATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTTTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCaga < 1:739814/149‑1 (MQ=255) tCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAACGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGt > 2:479164/1‑149 (MQ=255) tCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGATAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCaaagg > 1:498680/1‑148 (MQ=255) tCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCAGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGGGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGAATCGTCAGAGt > 2:817673/1‑149 (MQ=255) aaCGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTga > 2:198958/1‑149 (MQ=255) aaCGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGACTCTTTTAACGTCCCGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGTTAACGCGCCAGCAGAGCGCCAAGGTAACGCCTCATAGACGTCGACAGCAGCTTCGTCaccgggc > 2:588145/1‑143 (MQ=255) aCGTCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTgaa < 2:381206/149‑1 (MQ=255) gATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGtt > 1:897256/1‑149 (MQ=255) ttgaCTGACCGGCGATGCTCGCTGCCTCATTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCTGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATCCGTCAGAGTGAAGAACTGttct < 2:354230/146‑1 (MQ=255) tAACTGACGGGCGATGCTCTCTGCCTCGTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGttctt < 2:70405/149‑1 (MQ=255) ggCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCGGCAGTGCGCCCGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGc > 2:273499/1‑149 (MQ=255) tctctGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGGGAAAAAGCGCCAAGAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCCTAAAAGTCGAAAGCAGATTCGTCAGCGTGAAAAACTCTTATTCAAACTGGCTGTGcccc > 2:115200/1‑149 (MQ=255) ccgCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACCGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGCTGTGCCCCCAg < 1:346240/147‑1 (MQ=255) tttATCGTTCGGTGCGGTAACAGCGAAGGAAAATCACTGCGGTGGTAACGGGCCAGCAGGGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGAGTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGCTGTGCCCCCAGGTATCGCt < 2:13063/149‑1 (MQ=255) tttAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCTCCAGTAGGTCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGCTGTGCCCCCAGGTATCGCt > 1:576601/1‑149 (MQ=255) tttAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGCTGTGCCCCCAGGTATCGCt > 1:576611/1‑149 (MQ=255) cccgTGCGCTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTTGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGCTGTGCCCCCAGGTATCGCTCAACatat < 2:73293/146‑1 (MQ=255) ccGGTGCGGTAACACCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGCTGTGCCCCCAGGTATCGCTCAACatat < 2:332544/149‑1 (MQ=255) cGGTGCGGTAATAGCGCAGCAAAATCTCTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGCTGTGCCCCCAGGTATCGCTCAACATAtt < 2:362275/149‑1 (MQ=255) cGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGCTGTGCCCCCAGGTATCGCTCAACATAtt < 1:490393/149‑1 (MQ=255) gTAACAGCGCAGCAAAATCAATGCGGTAGTAACGCGC‑gtgattttgctgcgctgttaccgcaccggacgttaaaagaggcagagagcatcgccggtcagttaatcaaagccgttgataccttgccgaacaataaaatgctcgatcgcg < 2:102938‑M2/149‑112 (MQ=255) aGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGCCAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGCTGTGCCCCCAGGTATCGCTCAACATATTGAAATCCGGCAg > 1:690621/1‑149 (MQ=255) gcagcaAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGCTGTGCCCCCAGGTATCGCTCAACATATTGAAATCCGGCAGACg > 1:112571/1‑149 (MQ=255) gcaAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAgcagtgattttgctgcgctgttaccgcaccggacgttaaaagaggcagagagcatcgccggtca > 2:606417‑M2/1‑28 (MQ=255) gcaAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAgcagtgattttgctgcgctgttaccgcaccggacgttaaaagaggcagagagcatcgccggtca < 1:606417‑M2/92‑65 (MQ=255) acaAAAACACTGCGGTGGTAACGCGCCAACAGAGCGCCAGGGGAGCACATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGATTGAAGAACTGTTCTACAACCTAGCTGTCCCCCCAAGTATCGCTCAACATATTGAAAACCCGCAGACGAat < 2:83865/148‑1 (MQ=255) aaaaaGCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCACGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGATGTGCACAAAGGTATCGATCACCATATTGAAATCCGGCAGACGAatc < 2:212511/148‑1 (MQ=255) aaaTCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGCTGTGCCCCCAGGTATCGCTCAACATATTGAAATCCGGCAGACGAatcat > 1:470612/1‑149 (MQ=255) tggtAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGCTGTGCCCCCAGGTATCGCTCAACATATTGAAATCCGGCAGACGAATCATCATCACGATccc < 1:183025/149‑1 (MQ=255) gaCGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGCTGTGCCCCCAGGTATCGCTCAACATATTGAAATCCGGCAGACGAATCATCATCACGATCCCGTgg < 2:671771/148‑1 (MQ=255) aaCGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGCTGTGCCCCCAGGTATCGCTCAACATATTGAAATCCGGCAGACGAATCATCATCACGATCCCGTgg > 2:776863/1‑149 (MQ=255) aaCGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGCTGTGCCCCCAGGTATCGCTCAACATATTGAAATCCGGCAGACGAATCATCATCACGATCCCGTgg < 1:198958/149‑1 (MQ=255) | ACCAATGTGGATCATATCGTCGCGATCGAGCATTTTATTGTTCGGCAAGGTATCAACGGCTTTGATTAACTGACCGGCGATGCTCTCTGCCTCTTTTAACGTCCGGTGCGGTAACAGCGCAGCAAAATCACTGCGGTGGTAACGCGCCAGCAGTGCGCCAGGGTAGCGCATCATAAATGTCGACAGCAGATTCGTCAGAGTGAAGAACTGTTCTTCAACCTGGCTGTGCCCCCAGGTATCGCTCAACATATTGAAATCCGGCAGACGAATCATCATCACGATCCCGTGG > NC_000913_3_bme_pgi/3402283‑3402571 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |