| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_hsa_pgi | = 4235606 | 936 (13.930) | 47 (0.750) | 34/262 | 1.0 | 5.0% | intergenic (‑2373/‑328) | lysC/yjbE | lysine‑sensitive aspartokinase 3/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| ? | NC_000913_3_hsa_pgi | = 4235611 | 920 (14.640) | intergenic (‑2378/‑323) | lysC/yjbE | lysine‑sensitive aspartokinase 3/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1016 total aligned reads displayed.
GGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATT > NC_000913_3_hsa_pgi/4235462‑4235760 | ttCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATgtcg > 1:824430‑M2/1‑146 (MQ=255) cgcATCCGGGAACCGATGCTGGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATATCCTAAAGATCAATGCCGACGTTATGTCGGCAtttt < 2:853120/150‑1 (MQ=39) ccGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTAt < 1:1119044/150‑1 (MQ=255) ccGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATAAGTACATCGTATTAGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTAt < 2:726494/150‑1 (MQ=255) cGGCAACCGATGCCTGATGCAACGCGGTCGCGTCTTCTCAGGCCTACAGGTCGCTGCCGTTATGTGCATCGTAATCGGCAATTGATACATAGCACGATTGATTAAATCACCTGAATAACAATGCCGACGTTATGTCAGCATTTTCTTaaa > 2:369247/1‑148 (MQ=255) ggCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCa > 2:660599/1‑150 (MQ=255) aaCCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGAt > 1:413109/1‑150 (MQ=255) aCCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATa > 1:1037649/1‑150 (MQ=255) ccGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATaa < 1:326385/150‑1 (MQ=255) aTGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATATATc > 2:319489/1‑150 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATcc > 2:211341/1‑150 (MQ=255) agCCGGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATcc < 1:1133825/149‑1 (MQ=255) gCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATccc > 1:394654/1‑150 (MQ=255) gCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATccc > 1:685115/1‑150 (MQ=255) gCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATccc > 1:63099/1‑150 (MQ=255) ggATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGCCGATGCCGATATGTACTTCGCAATCGGCACTTAGTACATAAGACGATTGATTAAATAATCTTAATAACAATGCCGACGTTTTTTTGGCATTTTTTTATTAGATAAATctcttt > 2:345309/2‑145 (MQ=255) cGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTg < 1:1010905/150‑1 (MQ=255) aCGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATCCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTa > 1:782457/1‑150 (MQ=255) cgcgTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAAc > 1:861964/1‑150 (MQ=255) cgcgTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAAc < 2:867630/150‑1 (MQ=255) gcgTCTTATCGGGCCTACAGGTAGATGCCGATATGTACATCGTATTCGACAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAAACTTAATAAAAATGCCGACGTTATGTTGGCATTTTTTTATCAGATAAATATACTTGTCTGTAATTTAACg > 2:944462/1‑150 (MQ=255) gcgTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACg < 1:1160003/150‑1 (MQ=255) gTCTGATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGa < 1:853275/150‑1 (MQ=255) tttATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGaaa < 1:13949/149‑1 (MQ=255) cTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGaaa < 1:1102531/150‑1 (MQ=255) ttATCAGGGCTCCAGGTCGACGCCGTTATGTAGATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTGAATTACAATGCCGACGTTATGTCGTCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAAt < 2:233164/150‑1 (MQ=255) tATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATc > 2:1081896/1‑150 (MQ=255) tCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATGCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATgtcggcattgttattaaggttatttaatcaatcgtgctatgtattaaccttaat < 1:725212‑M2/150‑55 (MQ=255) cAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATa < 1:989175/150‑1 (MQ=255) cAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATa > 1:50278/1‑150 (MQ=255) aGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATAc > 1:314022/1‑150 (MQ=255) aGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATAATAc > 1:886102/1‑150 (MQ=255) ggCCTACAGGGCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATAcc < 1:447718/150‑1 (MQ=255) gCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAAt < 1:568668/132‑1 (MQ=255) gCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATCGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCg > 2:892551/1‑150 (MQ=255) cTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTg > 2:910102/1‑150 (MQ=255) ccAGGTCGATGCCGATATGTACAGCGTATTCGGTAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACCAAGACGACGTTAGTTCGGCATTTTTTTATCATATAAGTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAg < 2:68202/149‑1 (MQ=255) cAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGGGAgg > 1:466920/1‑150 (MQ=255) 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aCAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATAcc > 2:761313/1‑73 (MQ=255) aaaTGCCGACATAACGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGc < 1:595840/125‑1 (MQ=255) aaaTGCCGACATAACGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt < 2:648645/149‑1 (MQ=255) aaTGCCGACGTTATgtcggcattgttattaaggttatttaatcaatcgtgctatgtattaattgccgaatacgatgtacatat > 2:294173‑M2/1‑14 (MQ=255) aaTGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTTTAATTTAACGGTAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttattt > 1:282443/1‑150 (MQ=255) aaTGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTGAAATAGACTTTTAATCGTTGTTTATTTCCGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttattt > 1:1052673/1‑150 (MQ=255) aTGCCGACGTTCTGCCCGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttt < 1:698980/150‑1 (MQ=255) ccGACATAACGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCtt < 2:788022/134‑1 (MQ=255) cGAGGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGt < 2:623272/150‑1 (MQ=255) cGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGAGTAATTGCTTTTGTttttat > 1:380880/1‑143 (MQ=255) gACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat > 1:183476/1‑142 (MQ=255) 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GGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATT > NC_000913_3_hsa_pgi/4235462‑4235760 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |