| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913_3_KO_pgi | 1,299,499 | Δ1,199 bp | intergenic (+254/‑485) | ychE → / → oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913_3_KO_pgi | 1299499–1300695 | 1300697 | 3–1199 | 57 [0] | [0] 57 | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_KO_pgi | = 1299498 | 0 (0.000) | 56 (1.130) | 46/278 | 0.1 | 100% | intergenic (+253/‑1684) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| ? | NC_000913_3_KO_pgi | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+1453/‑484) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
TGGGGATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTCAA > NC_000913_3_KO_pgi/1300552‑1300843 | ctcaaattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata > 2:283749‑M2/147‑149 (MQ=255) tcaaattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa > 1:123776‑M2/146‑149 (MQ=255) aaattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataata < 1:703950‑M2/6‑1 (MQ=255) aattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgatgaaggataggggaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataa > 1:433813‑M2/143‑149 (MQ=255) cagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAAt > 2:905468‑M2/138‑149 (MQ=255) ttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCATTTGt > 1:135136‑M2/135‑149 (MQ=255) aaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgatcaATAATAA‑CCACtttttaatcaat > 2:398966‑M2/127‑144 (MQ=255) atttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaatgattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtactacAAAATAA‑TCAACTGTTAAATTATtgtg > 2:657965‑M2/123‑149 (MQ=255) cttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCAttt > 1:853542‑M2/118‑149 (MQ=255) ctgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagagtaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTTTTAATTTATTGTACATTTCccta > 2:426786‑M2/113‑149 (MQ=255) ctgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCacta < 1:738509‑M2/37‑1 (MQ=255) gcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:283749‑M2/39‑1 (MQ=255) ttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtaggggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAATACTgg > 1:597381‑M2/109‑149 (MQ=255) ttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTgg > 1:515685‑M2/109‑149 (MQ=255) tcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAc < 2:123776‑M2/44‑1 (MQ=255) ctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaacag > 1:184359‑M2/104‑147 (MQ=255) tcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGt < 2:322775‑M2/47‑1 (MQ=255) accatcctgttattttcgccacatcataaccctgggctttctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgccttttgtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTaa < 2:480982‑M2/49‑1 (MQ=255) accatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTTTTCATTTCATTACTGGAACTTTaa > 1:32952‑M2/101‑149 (MQ=255) tgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTATTCAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGgaa > 1:165428‑M2/94‑149 (MQ=255) gttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaaaa < 1:272570‑M2/57‑1 (MQ=255) gttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACGGCTTGAACTGTAATCAGaaaa < 2:878697‑M2/57‑1 (MQ=255) ttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg > 2:573221‑M2/92‑149 (MQ=255) ttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa < 1:759506‑M2/63‑1 (MQ=255) ataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGcc > 1:140616‑M2/76‑149 (MQ=255) tcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAtc > 2:179575‑M2/72‑149 (MQ=255) ttggcttgctgaagaattagtgaaattatattattaattccactgcctttggtagaggaaattgctaaTTTATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGCCTTTCTTAGCCAATctct < 2:335002‑M2/81‑1 (MQ=255) tgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATctct < 2:335004‑M2/81‑1 (MQ=255) tgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTa > 2:716206‑M2/60‑130 (MQ=255) tgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTa < 1:716327‑M2/71‑1 (MQ=255) tgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTa < 1:716206‑M2/71‑1 (MQ=255) tgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTa > 2:716327‑M2/60‑130 (MQ=255) tgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttgagagaggaaagtgctgcAAGAGAA‑TAAATTGTTAAATCATTATGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATATCTATttgcttg > 2:871641‑M2/60‑149 (MQ=255) aattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGaaa < 2:433813‑M2/98‑1 (MQ=255) ttgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGc > 1:745283‑M2/50‑122 (MQ=255) ttgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGc < 2:745283‑M2/73‑1 (MQ=255) aatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGAAATGCTTAGCCAATCTCTATTTTATTGAATAGAAAGAtgtt > 2:220363‑M2/46‑149 (MQ=255) atgatattattaattccactggcgtttggagaggaaagtgtgaaATAATAA‑TCAATTTTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgttt < 2:368910‑M2/105‑1 (MQ=255) tattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGTTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGGTGTTTGTTa > 2:765936‑M2/41‑149 (MQ=255) aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCACTATAAACGCCGGTTAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATg < 1:670435‑M2/116‑1 (MQ=255) tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAAGTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGAt < 1:271114‑M2/119‑1 (MQ=255) cccctggctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGCAACTGTAATCAGAAAAGATAGACAGGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATg < 1:372472‑M2/120‑1 (MQ=255) actgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAAATGTTTGTTAAGCCATGAATGCa > 2:15171‑M2/28‑149 (MQ=255) actgcctttggtagaggaaagtgataaATAATGA‑TCAATTGTGAACTTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATgcc > 1:715291‑M2/28‑148 (MQ=255) cctttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCt > 2:390649‑M2/24‑149 (MQ=255) tttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCtat < 1:482447‑M2/128‑1 (MQ=255) tttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCtat < 1:179575‑M2/128‑1 (MQ=255) tttggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGGGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCCGAATAGATAGACATGCTTAGCCAATCACTATTTGATTAAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCtat > 2:512425‑M2/22‑149 (MQ=255) tttggtagaggaaagtactaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCtat > 1:788678‑M2/22‑149 (MQ=255) ttggtagaggaaagtgctaaATACTAACGCCATTG‑TGTGTTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGACATGGATGAAAGCtata > 2:420187‑M2/21‑149 (MQ=255) ggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGa > 1:75086‑M2/19‑149 (MQ=255) ggtagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGa < 1:190649‑M2/131‑1 (MQ=255) tagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAAt > 2:417043‑M2/17‑66 (MQ=255) tagaggaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAAt < 1:417043‑M2/50‑1 (MQ=255) gaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGAt > 1:145946‑M2/12‑149 (MQ=255) gaaagtgctaaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAAGTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGAt > 1:344610‑M2/12‑149 (MQ=255) taaATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTCaa < 2:593979‑M2/146‑1 (MQ=255) | TGGGGATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAA‑TCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTCAA > NC_000913_3_KO_pgi/1300552‑1300843 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |