| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913_3_pae_pgi | 1,299,499 | Δ1,199 bp | intergenic (+254/‑485) | ychE → / → oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913_3_pae_pgi | 1299499–1300696 | 1300697 | 2–1199 | 46 [0] | [0] 46 | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 1299498 | 0 (0.000) | 45 (1.150) | 44/272 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑1684) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+1453/‑484) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
TCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_pae_pgi/1299354‑1299498‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTCA > NC_000913_3_pae_pgi/1300698‑1300842 TCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAA < 1:653097/149‑1 AAATTACAGTTAGTTATAGGTATGTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCTCATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAATTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATA < 2:650929/149‑1 tgACATTTAGTTATAAGTATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGTTTGCTGAAGAATAATGGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATC < 2:102584/147‑1 TAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTT < 1:238688/149‑1 TTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTAACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTTCCTTT‑TCAGATGGAAAGTGCCAAATAATAATCAATACTTAAt > 2:164082/1‑148 AGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATT > 2:2474/1‑149 GGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCGGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAAAAATAATCAATTGTTAAATGATaa > 2:421906/1‑147 CCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAA > 1:598268/1‑119 CCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAA < 2:598268/119‑1 TTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTC > 1:102586/1‑149 TAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAACGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCA < 1:533636/149‑1 AACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:655901/1‑149 CTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTCTTGTGCATTTCACTA > 1:433459/1‑149 TGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCG‑CACGTTATCGATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTAC > 1:534172/1‑149 TTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGG > 1:327839/1‑149 TCCTCGCCATCATGTTATTGTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAC < 1:55032/149‑1 CCTCAACCTTATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑TGAAAGTGCTCAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACT < 2:355705/149‑1 TCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAA < 1:453602/109‑1 TCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAA > 2:453602/1‑109 ACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTG > 2:608186/1‑140 ACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTG < 1:608186/140‑1 CATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAAGGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTAACTACTGGAACAGTAATC > 1:677515/1‑149 ATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTACTTCCGCTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATCATTAAATTATTGTGAATTTTACTACTGGACCTGacatcc > 2:285485/1‑143 TTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG > 1:412158/1‑149 TTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAG > 1:154649/1‑149 TTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGA < 1:144101/149‑1 tactTCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGC < 2:165002/145‑1 CACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAAAAACGATAAACATGC > 2:112080/1‑149 acTCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTACTTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTGCATTATTGTGCATTTTACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAA < 1:285485/147‑1 CTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAGCTC > 1:567901/1‑149 GCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATTCTTAGCCAATCTCTATT > 1:425977/1‑149 CTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTACCCAATCTCTATTggctt > 1:2905/1‑144 AATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTG > 1:17827/1‑149 TAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAA < 2:17827/149‑1 ATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTT < 1:112080/149‑1 TGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAGTTGAAAGATGTTTG > 2:576302/1‑149 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGT < 2:416484/146‑1 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGT > 1:416484/1‑146 CACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGC > 2:57315/1‑101 CACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGC < 1:57315/101‑1 TGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAG < 1:502945/149‑1 GAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGAT > 2:72138/1‑149 GAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTA < 1:613443/82‑1 GAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTA > 2:613443/1‑82 TGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGT < 2:327839/149‑1 CTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTCA < 2:154649/149‑1 TCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_pae_pgi/1299354‑1299498‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTCA > NC_000913_3_pae_pgi/1300698‑1300842 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |