| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913_3_pae_pgi | 3,440,077 | Δ11 bp | coding (943‑953/990 nt) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913_3_pae_pgi | 3440077 | 3440087 | 11 | 38 [0] | [0] 38 | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 3440076 | 0 (0.000) | 37 (0.840) | 35/274 | 0.3 | 100% | coding (954/990 nt) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | 3440088 = | 0 (0.000) | coding (942/990 nt) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit | |||||
TTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGC > NC_000913_3_pae_pgi/3439932‑3440224 | ttGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcaga < 1:247421‑M1/149‑5 (MQ=255) gCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTAGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTCCGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagaga < 1:677057‑M1/149‑7 (MQ=255) cTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacggga > 1:531694‑M1/1‑131 (MQ=255) aTGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccag > 1:230237‑M1/1‑125 (MQ=255) aTGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccag < 1:384157‑M1/149‑25 (MQ=255) gCGGTTCAGTTGACAACTTCTCTTACGATGGCGCATGACCTCATACTTTTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaat < 1:457785‑M1/149‑37 (MQ=255) ggTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatct > 1:595922‑M1/1‑111 (MQ=255) ttGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcccgtctttaatctccgtcag > 1:686996‑M1/1‑104 (MQ=255) ttcttACGATGGCGCATGACCTCATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggacaacagatcctgttgaatctcagtaagagatttttta < 2:759185‑M1/148‑56 (MQ=255) ctctTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatcgcagtaagagattgttta > 1:249045‑M1/1‑94 (MQ=255) aCGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaag > 2:626533‑M1/1‑89 (MQ=255) gcATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTAGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagcttttttaccaaggtccgccg > 1:729477‑M1/1‑81 (MQ=255) aTGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgtt < 2:230237‑M1/149‑71 (MQ=255) gACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaag > 2:782928‑M1/1‑77 (MQ=255) gACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaag < 1:782928‑M1/137‑61 (MQ=255) cTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaatgttaggcgttttaag < 1:626533‑M1/149‑76 (MQ=255) gatCCTTGCCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaagga < 1:36387‑M1/148‑78 (MQ=255) tCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagc > 1:125478‑M1/1‑70 (MQ=255) cTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttatcaagtttaggcgttttaaggagccc > 2:654293‑M1/1‑68 (MQ=255) cTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctc > 2:778579‑M1/1‑68 (MQ=255) cTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaa < 1:49731‑M1/142‑75 (MQ=255) cTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaa > 2:49731‑M1/1‑68 (MQ=255) cgcagTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaac < 1:90722‑M1/147‑85 (MQ=255) ccTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcggtttaaggagctcaacctcggtacgc > 1:192031‑M1/1‑55 (MQ=255) ttAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtgcacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaacctcggtacgctg > 1:669157‑M1/1‑53 (MQ=255) tgtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaacctcggtacgctgtaccag > 2:608986‑M1/1‑47 (MQ=255) gATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaacctcggtacgcggtaccagatc > 2:68636‑M1/1‑44 (MQ=255) cTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaacctcggtacgctgtaccagatcaccgatatag < 2:125478‑M1/149‑116 (MQ=255) cAGCGACGCTTGCCGGTGGCCAGTTTCCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccacggttattcgttttaaggagctcaacctcggtacgctgtaccagatcaccgatatagtggat < 1:68636‑M1/149‑121 (MQ=255) aGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaacctcggaacgctgtaccacatcaccggtataggggata > 1:161877‑M1/1‑28 (MQ=255) ttGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaacctcggtacgctgtaccagatcaccgatatagtggatagcttctgc > 2:26888‑M1/1‑20 (MQ=255) gCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaacctcggtacgctgtaccagatcaccgatatagtgggtagcttctgctt > 1:466288‑M1/1‑18 (MQ=255) ggTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctccgtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaacgagctcaacctcggtacgctgtaccagatcaccgatatagtggatagcttctgctttaa < 2:595922‑M1/149‑135 (MQ=255) tGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaacctcggtacgctgtaccagatcaccgatatagtggatagcttctgctttaagg < 2:476798‑M1/149‑137 (MQ=255) ccAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaacctcggtacgctgtaccagatcaccgatatagtggatagcttctgctttaaggccg > 2:393565‑M1/1‑10 (MQ=255) ccAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaacctcggtacgctgtaccagatcaccgatatagtggatagcttctgctttaaggcag < 2:531694‑M1/149‑140 (MQ=255) cAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaacctcggtacgctgtaccagatcaccgatatagtggatagcttctgctttaaggcagt > 1:85625‑M1/1‑9 (MQ=255) ccagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtgagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaacctcggtacgctgtacccgatcacctctctagtggatggcttctgcattaaggccattagcagag > 1:600585‑M1/1‑1 (MQ=255) | TTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGC > NC_000913_3_pae_pgi/3439932‑3440224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |