| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913_3_pae_pgi | 3,440,077 | Δ11 bp | coding (943‑953/990 nt) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913_3_pae_pgi | 3440077 | 3440087 | 11 | 38 [0] | [0] 38 | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 3440076 | 0 (0.000) | 37 (0.840) | 35/274 | 0.3 | 100% | coding (954/990 nt) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | 3440088 = | 0 (0.000) | coding (942/990 nt) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit | |||||
AGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAG > NC_000913_3_pae_pgi/3439943‑3440235 | ttgcggaacatagcctggcgatggctgctgttgcggttcagttgacgaccactcttacgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCaga < 1:247421‑M2/4‑1 (MQ=255) gcggaacatagcctggcgatggctgctgtagcggttcagttgacgaccactcttccgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAgaga < 1:677057‑M2/6‑1 (MQ=255) ctggcgatggctgctgttgcggttcagttgacgaccactcttacgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGa > 1:531694‑M2/132‑149 (MQ=255) atggctgctgttgcggttcagttgacgaccactcttacgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAg > 1:230237‑M2/126‑149 (MQ=255) atggctgctgttgcggttcagttgacgaccactcttacgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAg < 1:384157‑M2/24‑1 (MQ=255) gcggttcagttgacaacttctcttacgatggcgcatgacctcatacttttcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAt < 1:457785‑M2/36‑1 (MQ=255) ggttcagttgacgaccactcttacgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAtct > 1:595922‑M2/112‑149 (MQ=255) ttgacgaccactcttacgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCCCGTCTTTAATCTCCGTCag > 1:686996‑M2/105‑149 (MQ=255) ttcttacgatggcgcatgacctcatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGACAACAGATCCTGTTGAATCTCAGTAAGAGATTTTTTa < 2:759185‑M2/55‑1 (MQ=255) ctcttacgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCGCAGTAAGAGATTGTTTa > 1:249045‑M2/95‑149 (MQ=255) acgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAg > 2:626533‑M2/90‑149 (MQ=255) gcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtagccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGCTTTTTTAccaaggtccgccg > 1:729477‑M2/82‑143 (MQ=255) atgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGtt < 2:230237‑M2/70‑1 (MQ=255) gaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAg > 2:782928‑M2/78‑137 (MQ=255) gaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAg < 1:782928‑M2/60‑1 (MQ=255) cttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAATGTTAGGCGTTTTAAg < 1:626533‑M2/75‑1 (MQ=255) gatccttgccagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGa < 1:36387‑M2/77‑1 (MQ=255) tccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGc > 1:125478‑M2/71‑149 (MQ=255) cttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTATCAAGTTTAGGCGTTTTAAGGagccc > 2:654293‑M2/69‑147 (MQ=255) cttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTaa < 1:49731‑M2/74‑1 (MQ=255) cttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTaa > 2:49731‑M2/69‑142 (MQ=255) cttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTc > 2:778579‑M2/69‑149 (MQ=255) cgcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAAc < 1:90722‑M2/84‑1 (MQ=255) ccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGGTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGc > 1:192031‑M2/56‑149 (MQ=255) ttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTGCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTg > 1:669157‑M2/54‑149 (MQ=255) tgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAg > 2:608986‑M2/48‑149 (MQ=255) gatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCGGTACCAGATc > 2:68636‑M2/45‑149 (MQ=255) ctcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAg < 2:125478‑M2/115‑1 (MQ=255) cagcgacgcttgccggtggccagtttcccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCACGGTTATTCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGAt < 1:68636‑M2/120‑1 (MQ=255) agcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGAACGCTGTACCACATCACCGGTATAGGGGATa > 1:161877‑M2/29‑149 (MQ=255) ttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGc > 2:26888‑M2/21‑149 (MQ=255) gccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGGTAGCTTCTGCtt > 1:466288‑M2/19‑149 (MQ=255) ggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCCGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAACGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTaa < 2:595922‑M2/134‑1 (MQ=255) tggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAgg < 2:476798‑M2/136‑1 (MQ=255) ccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAggccg > 2:393565‑M2/11‑147 (MQ=255) ccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAg < 2:531694‑M2/139‑1 (MQ=255) cagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGt > 1:85625‑M2/10‑149 (MQ=255) cCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTGAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCCGATCACCTCTCTAGTGGATGGCTTCTGCATTAAGGCCATTAGCagag > 1:600585‑M2/2‑149 (MQ=255) | AGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAG > NC_000913_3_pae_pgi/3439943‑3440235 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |