| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_hsa_tpiA | 2996361 = | NA (NA) | 30 (0.720) | 25/284 | 0.9 | 90.9% | intergenic (‑1/+11) | ygeO/insD1 | pseudogene, orgA family, part of T3SS PAI ETT2 remnant/IS2 transposase TnpB |
| ? | NC_000913_3_hsa_tpiA | 3725924 = | 3 (0.070) | coding (38/996 nt) | wecH | O‑acetyltransferase for enterobacterial common antigen (ECA) | |||||
ACGAATTTCCTTAAGCCTCTATAAGCTGTAGTGATAAAACTCAGATTATTCCAGTGCGCCAACCAAATGATTTATCGGTCAGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGTTCTGAATTCTGCCTCTCGTGTCAGCGTGCCGCTATTTTTCATGATTTCCGGC > NC_000913_3_hsa_tpiA/3725776‑3726072 | caaagacccgtgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataaaagacgtctggaaatataggggcaaatccag < 2:6881‑M2/1‑1 (MQ=255)caaagaaccttgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatccag < 1:12796‑M2/1‑1 (MQ=255)caaagaaccttgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatccag > 2:478727‑M2/149‑149 (MQ=255) 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cTTAAGGCTCTATAAGCAGTAGAGAGAAGACTCTGATTATTCCAGTGCGCCAACCAAATGATTTATCCGGCAGACTTTTTTTAACCAGATACACAGACACAGATGCAGCGCAAACTTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGaaatcgac > 2:590466/1‑142 (MQ=255) cTTAAGCCTCTATAAGCTGTAGTGATAAAACTCAGATTATTCCAGTGCGCCAACCAAATGATTTATCGGTCAGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATCAACTGCACGGGATAtagac < 2:294376‑M2/149‑6 (MQ=255) cTTAAGCCTCTATAAGCTGTAGTGATAAAACTCAGATTATTCCAGTGCGCCAACCAAATGATTTATCGGTCAGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAtagac > 1:41836‑M2/1‑144 (MQ=255) tAAGCCTCTATAAGCTGTAGTGATAAAACTCAGATTATTCCAGTGCGCCAACCAAATGATTTATCGGTCAGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAtagactg > 2:600818‑M2/1‑142 (MQ=255) tAAGCCTCTATAAGCTGTAGTGATAAAACTCAGATTATTCCAGTGCGACAACCAAATGATTTATCGGTCAGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGACACAGACGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGAATaaaggagg < 2:629114/149‑8 (MQ=255) tAAGCCTCAATAAGCTGTAGTGATAAATTTCAGATTATTCCAGTGCGCCAACCAAATGATTTATCGGTCAGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAtagactg > 1:492183‑M2/1‑142 (MQ=255) gcagaggcgttcgagcattaaaacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaataactgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatatcggggcaaatccaGGATAGCGTGtt < 1:542684‑M2/12‑1 (MQ=255) gcagaggccttcgagaattataacgaatggcatccgcacagtgctctggtttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataaaagatgtctggaaatataggggcaaatccaGGATAGCGTGtt < 1:180638‑M2/12‑1 (MQ=255) ccgccTCTATAAGCTGTAGTGATAAAACTCAGATTATTCCAGTGCGCCAAGCAAATGATTTATCGGTCAGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAtagactgg > 2:541044‑M2/3‑141 (MQ=255) gCCTCTATAAGCTGTAGTGATAATACTCAGATTATTCCAGTGCGCCAACCAAATGATTTATCGGTCAGACTATTTTTAACCAGATCCAGCGACACAGATGCAGCCCAAAATGTACTGGATTGATAACCTGCGCGGGATAtagactggcc < 2:663780‑M2/149‑11 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |