| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 496355 = | 1948 (1.070) | 89 (0.050) | 54/232 | 60.2 | 4.8% | intergenic (‑55/+29) | JCVSYN2_02275/JCVSYN2_02280 | HPr(Ser) kinase/phosphatase/ECF transporter S component |
| ? | CP016816 | 496379 = | 1767 (1.060) | intergenic (‑79/+5) | JCVSYN2_02275/JCVSYN2_02280 | HPr(Ser) kinase/phosphatase/ECF transporter S component | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 396 total aligned reads displayed.
TCACTATTAACTTATGCTTCAATAAGAGTGATCTATATTTTAATTAAAAAAGATTTAAATACAAAAAATAGACAATGAATATTAAGAAATGATGCTGTAATATTCTAATTGATAAAAAGTGCTAGCAAGCACTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/496491‑496355‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agcactttttATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCATAAGTTAATAGTGAATATAAAACTAATT > CP016816/496379‑496505 TCACTATTAACTTATGCTTCAATAAGAGTGATCTATATTTTAATTAAAAAAGATTTAAATACAAAAAATAGACAATGAATATTAAGAAATTATGCTGTAATATTCTAATTGATAAAAAGTGCTATCAA > 1:837101/1‑128TCACTATTAACTTATGCTTCAATAAGAGTGATCTATATTTTAATTAAAAAAGATTTAAATACAAAAAATAGACAATGAATATTAAGAAATGATGCTGTAATATTCTAATTGATAAAAAGTGCTAGCAA < 2:1783400/128‑1TCACTATTAACTTATGCTTCAATAAGAGTGATCTATATTTTAATTAAAAAAGATTTAAATACAAAAAATAGACAATGAATATTAAGAAATGATGCTGTAATATTCTAATTGATAAAAAGTGCTAGCAA < 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CP016816/496491‑496355‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agcactttttATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCATAAGTTAATAGTGAATATAAAACTAATT > CP016816/496379‑496505 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |