| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 496355 = | 1948 (1.070) | 89 (0.050) | 54/232 | 60.2 | 4.8% | intergenic (‑55/+29) | JCVSYN2_02275/JCVSYN2_02280 | HPr(Ser) kinase/phosphatase/ECF transporter S component |
| ? | CP016816 | 496379 = | 1767 (1.060) | intergenic (‑79/+5) | JCVSYN2_02275/JCVSYN2_02280 | HPr(Ser) kinase/phosphatase/ECF transporter S component | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1958 total aligned reads displayed.
CTAGTTTATCTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCATAAGT > CP016816/496228‑496482 | cTAGTTTATCTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATaaa > 1:2471245/1‑128 (MQ=255) tCTTGTCCTGAAATAAATTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgc < 1:2516783/128‑1 (MQ=255) tCTTGTCATGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgc < 2:787306/128‑1 (MQ=255) cTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgct > 2:3879652/1‑128 (MQ=255) cTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgct < 1:1262301/128‑1 (MQ=255) ttGTACTGTAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTTTGTTATATTTTTACATATTATCTCCTTTTATAAGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgctt < 2:646800/128‑1 (MQ=255) tGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgcttg > 1:3323340/1‑128 (MQ=255) tGTCATGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCATTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgcttg < 2:2912851/128‑1 (MQ=255) gTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgctttc > 2:3628587/1‑126 (MQ=255) tCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTATACATAAAAAAAGtgcttgct > 2:1083849/1‑128 (MQ=255) tCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgcttgct < 1:662937/128‑1 (MQ=255) tCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgcttgct > 2:2518941/1‑128 (MQ=255) tCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgcttgct < 1:2769907/128‑1 (MQ=255) tcttaaaTAATTTCAAATTTTAGTTTATCAGTAATATTTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAAAGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTa < 2:2116899/124‑1 (MQ=255) ccTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTa < 2:3567967/128‑1 (MQ=255) cTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAg < 1:196507/128‑1 (MQ=255) gAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCa > 1:876706/1‑128 (MQ=255) gAAATAATTTCAAATTTTAGAATATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTACCATATAATCTCCTTATAAACGTAAATATAATTTTACTATATTAATGTATAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAgaa > 1:3365200/1‑126 (MQ=255) aatTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTTATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACtttt > 1:2594976/1‑128 (MQ=255) tttCAAATTTTAGATTATCAGTTAGATGTTTTATTGTAATTTTTTCCATATAATCTCCTTTTTAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTa < 2:2729292/128‑1 (MQ=255) tttCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTa > 1:3822909/1‑128 (MQ=255) ttCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAATTTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTAt > 2:2034707/1‑128 (MQ=255) tCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATc < 1:946517/128‑1 (MQ=255) ttttAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTa > 2:923862/1‑128 (MQ=255) tttAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACAT‑AAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGa > 2:493047/1‑128 (MQ=255) ttAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGa < 1:3949267/128‑1 (MQ=255) ttAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGa > 2:329501/1‑128 (MQ=255) gATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAata > 2:3189977/1‑128 (MQ=255) gATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAata > 1:1450148/1‑128 (MQ=255) gATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAata < 1:1126207/128‑1 (MQ=255) gATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTACTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAAtgaatatt > 2:2599528/1‑121 (MQ=255) ttATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATAtt < 2:3345869/128‑1 (MQ=255) ttATCAGTAAGATCTATTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATAtt < 2:1547199/128‑1 (MQ=255) tATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTa > 1:1820814/1‑128 (MQ=255) aTCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTAGCAATTAGATTATTAc > 1:2104772/1‑128 (MQ=255) tCAGTTAGATCTTTTATTGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACa < 2:3779570/128‑1 (MQ=255) tAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGcat > 1:2328932/1‑128 (MQ=255) tAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGcat > 2:187869/1‑128 (MQ=255) gagtttttATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAATCATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGcatcat < 2:1701398/124‑1 (MQ=255) aTCTTTTATTGTAAATTTTTACATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTAATATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCAtt < 2:1250970/128‑1 (MQ=255) ttttATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCt > 1:3741599/1‑128 (MQ=255) tttATTGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCtt < 2:246882/128‑1 (MQ=255) tATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTATCACTTATTATCAATTAGATTATTACAGCATCATTTCTTaa > 1:160127/1‑128 (MQ=255) gTAAATTATTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATAtt < 1:1087757/128‑1 (MQ=255) aaTTTATCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGATTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCAt < 1:2063445/128‑1 (MQ=255) aTTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCAtt > 2:3420835/1‑128 (MQ=255) 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cATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCa > 2:2350211/1‑128 (MQ=255) aTAAAAAAAGTGCTTGCTATCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCAt < 1:3543085/128‑1 (MQ=255) tAAAATAAGTGATTGATAGGACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGAATCATTTCTTAATATTTATTGTATATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCATa < 2:2662033/128‑1 (MQ=255) tAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCATa > 2:130966/1‑128 (MQ=255) tAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCATa > 1:428758/1‑128 (MQ=255) aaaaaaaGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCATaa > 2:1141610/1‑128 (MQ=255) | CTAGTTTATCTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCATAAGT > CP016816/496228‑496482 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |