| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 382385 = | 2194 (1.210) | 95 (0.060) | 54/226 | 59.0 | 4.6% | intergenic (‑165/+30) | JCVSYN2_01645/JCVSYN2_01650 | DNA polymerase III subunit alpha/tyrosine‑‑tRNA ligase |
| ? | CP016816 | 382417 = | 1997 (1.230) | coding (1243/1245 nt) | JCVSYN2_01650 | tyrosine‑‑tRNA ligase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 2282 total aligned reads displayed.
TAAGTTTAAAAAATATCAAAAAATAAGCTATTAAACAAATTATAAAACTACAAAGTAAAGCAATAAATTAATAGTATTTTTGAAAATATAAACAAAAAAATCTAAGTTTTAAACAACTTAGATTTTTATTTTATTAAAATAACAAAATATTTTTTCTTACCTTTTTTAACTAATAGATATTTATTTTGAATTAAATCAAAACTACTTATTAAAGTGTTTTCATCTTCTATTATTTGATTATTAATCATAATTGCT > CP016816/382290‑382544 | taAGTTTAAAAAATATCAAAAAATAAGCTATTAAACAAATTATAAAACTACAAAGTAAAGCAATAAATTAATAGTATTTTTGAAAATATAAACAAAAAAATCTAAGTTTTAAACAACTTAGATtttta < 2:936199/128‑1 (MQ=255)taAGTTTAAAAAATATCAAAAAATAAGCTATTAAACAAATTATAAAACTACAAAGTAAAGCAATAAATTAATAGTATTTTTGAAAATATAAACAAAAAAATCTAAGTTTTAAACAACTTAGATtttta < 2:2261476/128‑1 (MQ=255) ttAAAAAATATCAAAAAATAAGCTATTAAACAAATTATAAAACTACAAAGTAAAGCAATAAATTAATAGTATTTTTGAAAATATAAACAAAAAAATCTAAGTTTTAAACAACTTAGATttttatttta > 1:251514/1‑128 (MQ=255) ttAAAAAATATCAAAAAATAAGCTATTAAACAAATTATAAAACTACAAAGTAAAGCAATAAATTAATAGTATTTTTGAAAATATAAACAAAAAAATATAAGTTTTAAACAACTTAGATttttatttta > 1:781896/1‑128 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |