| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | CP016816 | 87903 = | 678 (0.600) | intergenic (+30/‑830) | JCVSYN2_00345/JCVSYN2_00350 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L31 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 962 total aligned reads displayed.
TGTGTAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAAT‑CC‑A‑‑TTTTTTTTT‑TT‑TTTT‑AAT‑AAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTTAG > CP016816/87776‑88030 | tgtAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAAT‑CC‑A‑‑ttt > 2:113184/1‑128 (MQ=255) tAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAAT‑CC‑A‑‑ttttt > 1:1770010/1‑128 (MQ=255) aCAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAAT‑CC‑A‑‑ttttttt > 2:1375526/1‑128 (MQ=255) aCAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAAT‑CA‑A‑‑ttttttt > 1:1089150/1‑128 (MQ=255) 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cattatattttttttttt‑tt‑tttt‑AAT‑AAAAAGAATAACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAata < 1:1745566/119‑1 (MQ=255) atacatttttttttt‑tt‑tttt‑AAT‑AAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAAtatta < 2:301365/122‑1 (MQ=255) ccatttttttttt‑tt‑tttt‑AAA‑AAAAAAACACACAAAATTGAGGCAATTGCGTTTATTTAATTTTTAATTATTATTTGATAAAATATTTACCTTTATTTAGTTAACAAATTAATTACataataattat > 1:1028472/5‑123 (MQ=255) tttttttttttt‑tt‑tttt‑AAT‑AAAAAGTCTCACTTAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTAttt < 1:1552870/125‑1 (MQ=255) aatttttttttt‑tt‑tttt‑AAT‑AAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTAttt < 1:1398635/125‑1 (MQ=255) ttttttttt‑tt‑tttt‑AAT‑AAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTTAg < 2:808680/128‑1 (MQ=255) | TGTGTAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAAT‑CC‑A‑‑TTTTTTTTT‑TT‑TTTT‑AAT‑AAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTTAG > CP016816/87776‑88030 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |