| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 87902 | 1109 (0.590) | 402 (0.190) +TTT |
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| ? | CP016816 | 87903 = | 1275 (0.600) | intergenic (+30/‑830) | JCVSYN2_00345/JCVSYN2_00350 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L31 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 1682 total aligned reads displayed.
TTGTGTAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCC‑A‑‑TTTTTTTTTTTTTTT‑AATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTT > CP016816/87775‑88028 | gtgtAACAAAAGTGTTTATTGATTTTCAAGTAAATTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATTAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCC‑A‑‑tt < 1:2313080/128‑1 (MQ=255) tttAAAAAAATTGGTTTTTGTTTTGCAATTAAATTTAAAATTTATAATAAAATTTATATTTATGGAAAGTCAAATTAATATTTAGATTTTTAATATCTTATTTAAATGGATTATTAAACAATCC‑A‑‑ttt < 1:3690304/126‑1 (MQ=255) gtAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATTAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAAACC‑A‑‑tttt > 2:1201587/1‑128 (MQ=255) tAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCC‑A‑‑ttttt > 1:1493937/1‑128 (MQ=255) aCAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCC‑A‑‑tttttat > 2:4494853/1‑126 (MQ=255) aCAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCA‑A‑‑ttttttt > 2:756005/1‑128 (MQ=255) cAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTATACAATCC‑A‑‑tttttttt > 1:634768/1‑128 (MQ=255) cAAAAGTGGGTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTAAGATTTTGAATAGCTGATTTATATGGATTATTAAACAATCC‑A‑‑tttttttt > 1:1064556/1‑128 (MQ=255) aaaaTTGGTTATTTAGTTGCAATTAAAGTTTAAATTTATAATAAAATTGATATTCATTGAAATTCAAATTAATATTTATATTTTTAATAGCTTATTTAAATGGTTTATTAAAAAATCC‑A‑‑ttttttttt < 1:2848983/128‑1 (MQ=255) aaaaGTGGTTATTGAGTTGCAAGTTAATTTAAAATTGATAATAAAATTTTTATTTATGGAAATTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATATCTGATTTAAATGGATTATTAAAAAATCA‑A‑‑ttttttttt < 1:4214714/128‑1 (MQ=255) 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ttAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGAAATTCATGGAAATTAAAAAGAATATTTATATTTTGAATATCTGATTTAAATGGTTTAATAAACAATCC‑AT‑TTTTTTTTTTTTTTT‑AATAAAAAGACTcac < 2:4287559/127‑1 (MQ=255) ttAAAGTTAAAATTTAAAAAAAAATTCTAATTCATGCAAAGTAAAATTAATATTTTTTTTTTTAATACCTTATATAAATGATTTATTAACAAAACC‑A‑‑TTTTTTTTTTTTTTT‑AATAAAAAGACTcact < 1:1729190/127‑2 (MQ=255) aaaGTTCAAATTGAAAATAAAATTGAAATTCATGGAAACTCAAAAGAATATTTAGATTTTGAATAGCTTATTTAAATTGATTAATAAACAATCC‑AT‑TTTTTTTTTTTTTTT‑AATAAAAAGACTcactt < 1:3887035/128‑3 (MQ=255) aatttaaaaTTTTTAATAAAATTTAAATTAATTGTAACTCAAATTAATATTTATATTTTGAATATCTGATTTAAATGGTTTATTTAAAAATCC‑A‑‑TTTTTTTTTTTTTTT‑AATAAAAAGACTCACATaa < 2:4221030/122‑1 (MQ=255) aatttCAAATTTATAATAAAATTGTTATTAATGTTAATTAAAATTAATATTTAGATTTTGAATAGCTTATTTAAATGGATTATTAAAAAATCC‑A‑‑‑TTTTTTTTTTTTTT‑AATAAAAAGACTCACATAAg < 1:3357810/125‑1 (MQ=255) aGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCC‑A‑‑TTTTTTTTTTTTTTT‑AAAAAAAAGACTcacaatag > 1:1642984/1‑124 (MQ=255) aGTTAAAATTTATAAAAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAACCC‑AT‑TTTTTTTTTTTTTTT‑AATAAAAAGACTCACTTat < 1:511159/128‑2 (MQ=255) ggtcaacatGATAAAAAAATTGATAATCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAAAGGATTATTAAACAAACC‑A‑‑‑TTTTTTTTTTTTTT‑AATAAAAAGACTCACTTAtgtg < 2:1841586/120‑1 (MQ=255) gTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCC‑AT‑TTTTTTTTTTTTTTT‑AATaaaaaaaataaaataaa > 2:1264871/1‑116 (MQ=255) cAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCC‑A‑‑TTTTTTTTTTTTTTA‑AAAAAAAATACTCAAATAAGTTAg > 2:2439315/1‑128 (MQ=255) cAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCC‑A‑‑‑TTTTTTTTTTTTTT‑AATAAAAATAATCAAATaatttata > 2:2094637/1‑122 (MQ=255) aaaTTTATAATAAAATTTATATTCATGGAAAGTCAAATTAATATTTATATTTTTAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAAAAATCC‑A‑‑TTTTTTTTTTTTTTT‑AATAAAAAGACTCACATAAGTGAGt < 2:3539009/128‑1 (MQ=255) atttttaataaAATTGTTTTTAATTGAAATTTAAAATTATATTTTTTATTTTAATACTTGATTTTAATTTATTATTAAAAAATCC‑A‑‑‑ATTTTTTTTTTTTT‑AATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCaa < 2:2856084/123‑1 (MQ=255) aTTGTTAATAAAATTTAATTTCTTGGAAAGTAAAATGTATTTTTTGTTTTTGAATAGCTGATTTTAATTGATTATTAAACAATAC‑AT‑TTTTTTTTTTTTTTT‑AATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTc < 1:2594826/128‑1 (MQ=255) aTTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTATATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCA‑A‑‑TTTTATTTTTTTTTT‑AATAAAAATACTAACATaatttataaa > 2:4137964/1‑120 (MQ=255) aTTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGAGTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACGATCC‑A‑‑TTTTTTATTATTTTT‑AATAAAACTCCTCACAGAAGTTAGACa > 1:2469772/1‑128 (MQ=255) attataaaaAAATTTATATTCATTGAAATTCAAATTAATATTTAGATTTTGATTATCAGTATTAAATGGATTATTAAACAAACCAA‑‑TTTTTTTTTTTTTTT‑AATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCa < 1:4373429/125‑1 (MQ=255) gATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAAAGTATTATTAAACAATCC‑A‑‑‑TTTTTTTTTTTTTT‑AAAAAAAAGAATCAAATaatatctaaaatga > 1:1974548/1‑116 (MQ=255) 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TTGTGTAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCC‑A‑‑TTTTTTTTTTTTTTT‑AATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTT > CP016816/87775‑88028 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |