| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 87902 | 1109 (0.590) | 402 (0.190) +TTT |
94/216 | 20.4 | 24.5% | intergenic (+29/‑831) | JCVSYN2_00345/JCVSYN2_00350 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L31 |
| ? | CP016816 | 87903 = | 1275 (0.600) | intergenic (+30/‑830) | JCVSYN2_00345/JCVSYN2_00350 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L31 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 1770 total aligned reads displayed.
TGTGTAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTT‑TTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTTAG > CP016816/87776‑88030 | tggtAACAAAAGTGGTTAATGAGTTTCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCAAGGAAATTCAAATGAATATTTATATTTTGAATATCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑tt < 1:2329822/126‑1 (MQ=255) tgtAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑ttt > 2:341425/1‑128 (MQ=255) tgtAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑ttt > 1:1466153/1‑128 (MQ=255) tgaaaCAAAATTGGTTATTGAGTTGCAATTAAAGTTAAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑ttt < 2:4583784/125‑1 (MQ=255) gtAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑tttt > 2:2965783/1‑128 (MQ=255) aaCAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑tttttt > 2:149297/1‑128 (MQ=255) aCAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑Ca‑‑‑‑tttattt > 2:2310504/1‑128 (MQ=255) cAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑tttttttt > 1:4183900/1‑128 (MQ=255) aaaaGTTGTTATTGAGTTGCAATTAAAGTTAAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAAAATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑ttttttttt < 2:3963036/128‑1 (MQ=255) aaaGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑tttttttttt > 2:3640753/1‑128 (MQ=255) aaGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑ttttttttttt > 1:1611528/1‑128 (MQ=255) aGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑tttttttttttt > 1:248752/1‑128 (MQ=255) aGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑ttatttttttat > 2:1013121/1‑126 (MQ=255) gTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAATTTCAAATTTATAATAAAATTGATATTCATGGAAATTCAAATTAATATTTAGATTTTTAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑ttttttttttttt < 2:182305/128‑1 (MQ=255) gTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑ttttttttttttt > 2:4637038/1‑128 (MQ=255) ttgtttttgttttGCAATTAAATTTTAAAATTTTTATAAAATTTTTATTTATTGTAATTCAAATTAATATTTATATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGT‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑ttttttttttttt‑t < 1:2007557/117‑1 (MQ=255) ggTTTTTGAGTTGCAATTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGTAATTCAATTGAATATTTTGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑ttttttttttttt‑tt < 1:2152158/128‑1 (MQ=255) ggTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGATAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑ttttttttttttt‑tt > 1:2928585/1‑128 (MQ=255) ggTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑Ca‑‑‑‑tttttttattttt‑tt > 1:3177827/1‑128 (MQ=255) acgatcttaGTTTCAATTAAATTTAAAATTGATAATAAAATTTATATTAATGGAAATTCAAATTAATATTTATATTTTTAAAATCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAAAC‑CA‑‑‑‑ttttttttttttt‑tt < 2:528889/120‑1 (MQ=255) gTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTGTT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑ttttttttttttt‑ttt > 2:1391097/1‑127 (MQ=255) gTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑ttttttttttttt‑taa > 2:2236605/1‑126 (MQ=255) 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TGTGTAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGA‑TTATT‑AAACAATC‑CA‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTT‑TTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTTAG > CP016816/87776‑88030 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |