New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP016816 = 105361638 (0.350)351 (0.170)
+AAA
94/210 19.7 32.1% intergenic (+856/+70) JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430 translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
?CP016816 105362 = 779 (0.370)intergenic (+857/+69) JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430 translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff.

Only 100 of 1184 total aligned reads displayed.

TGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCAT  >  CP016816/105235‑105489
                                                                                                                                          |                                                                                                                                  
   aaaaTCAATTTATATATTATTAAATAATAAATATTAATTTTAATATAAAATAGATAATTATTTATTATGATTTATTATTTTTATTAAACTTTTAAAATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aaaa                                                                                                                                <  2:3134330/128‑1 (MQ=255)
    aaaTAACTTATTTAAGTATGAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTTGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aaaaa                                                                                                                               <  2:4238238/128‑1 (MQ=255)
     aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aaaaaa                                                                                                                              >  1:2043201/1‑128 (MQ=255)
     aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aaaaaa                                                                                                                              >  1:1163302/1‑128 (MQ=255)
     aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGATAATATAAATTAGATAAGTATTTATTATTATTCATAAGTTTATATATCCTATTAATATAAAGAATATAATTAAAAAATATT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aaaaaa                                                                                                                              >  1:3260442/1‑128 (MQ=255)
     aaTCAATTATTATAGTATGTATTAATAAATATTAATTTTAATATAAATTTGCTTATTATTTATTAGGTTTTTTTTGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATTTTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aaaaaa                                                                                                                              <  1:2459732/128‑1 (MQ=255)
           ttattaTAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCAAAGTATTTATTATTATTGATTAGTTTATTTATAATTTTAATATAATAAAAAAAATTAAAATATTAT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aaaaaaaaaaaa                                                                                                                        >  2:303146/1‑128 (MQ=255)
              ttatAGTATGAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTAGATAATTAAATATTAGTATTTATTAGTTTATTTATCATTATAATATAATTAATTTAATAAAAATATATT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                     >  1:925789/1‑128 (MQ=255)
              ttatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAATTATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                     >  1:4329422/1‑128 (MQ=255)
               tataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATATT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                    >  2:4524374/1‑128 (MQ=255)
                atatTATTAAAAAATAATTATTAATTTTAATATAAATTATATAATTATTTATTATTATTTTTTATTTTATTTAAAATTTTAATAAAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑aa‑‑a‑‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                   <  2:2770320/128‑1 (MQ=255)
                ataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTTATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATAAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                   >  1:1618993/1‑128 (MQ=255)
                  aGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTATTATTGATTATTTTAATTATACTTTTAATATAATAAATAAAATAAAAATATAAA‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                 >  1:764792/1‑127 (MQ=255)
                  aGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAAATAACTAAGTATTAATAAGTAATCATTATTTTATATATAAATTTAATATAATTAATATAATAAAAAAATAAT‑‑‑‑Aa‑‑a‑‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                 >  1:2142983/1‑127 (MQ=255)
                    tATGAAATAATAAATATTAATGTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTAGGATTGTTTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAAATTTT‑‑‑‑AA‑‑A‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACaa                                                                                                               <  1:3598244/128‑1 (MQ=255)
                     ttgaataaataatGTTTAATTTTTATATAAATTATCTAAGTATTTTTTTTGATTGTTTTTTTTTTTTATCCTTTTTATTTAATTTATTTAATTAAAAAATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaacaa                                                                                                              <  1:1094077/121‑5 (MQ=255)
                     attaaaTATAAAAAATTAATTTTAAAATAAATATTCTAAATTTTTTTTATGATTTATTATTTTATTTATACTTTTAAAATAATTTATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑Aa‑‑a‑‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaacaa                                                                                                              <  2:2989727/125‑5 (MQ=255)
                     attaaaTAAAAAATATATATTTTAATATAAATATACTAATTATTTTATAGTATTTATTAATTTATATAAACTTTTAATAAAATTAATTTAATTAAAAATTTTT‑‑‑‑Aa‑‑a‑‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaacaa                                                                                                              <  2:792157/125‑5 (MQ=255)
                       gAAATAATAAATATTAATGTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTATGATTTATTATTTTATTTATCCTTTTAATAAAATTAATTTAATTAAAAAATTTT‑‑‑‑AA‑‑A‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGAc                                                                                                            <  2:1111365/128‑1 (MQ=255)
                        aaaTAATAAATATTAATTTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTATTATTTATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑TA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGAc                                                                                                            <  2:2482206/128‑1 (MQ=255)
                        aaaTAATAAATATTAATGTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑A‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGAcc                                                                                                           <  2:4105651/128‑1 (MQ=255)
                        aaaTAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                           >  2:3956042/1‑124 (MQ=255)
                         aataatAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTATTTTATTTATAATTTTAATATAATTAATTAAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                          >  1:1744582/1‑123 (MQ=255)
                         aataatAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                          >  1:3534865/1‑123 (MQ=255)
                            aataaataTAAATTTTAATATAAATTATCTAATTATTTATAATGATTTATTATTTTATTTATCCTTTAAATAAAATTAATTTAATTAAAAAATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAatat                                                                                                    <  2:1239636/128‑1 (MQ=255)
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                                 acataaaTTTTAAAATATATTAGCTAATTATTTATTATGATTGTTTATTTTATTTAACATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGtt                                                                                                <  1:1397809/123‑1 (MQ=255)
                                  taTTAATTTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTATTATTTATTTTTTTATATAACCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑TA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGt                                                                                                 <  2:2154470/127‑1 (MQ=255)
                                   aTTAATTTTAATATAAATTATTAATTTTTTTAATATTATTTTTTTTTTTATTTATCATTTTAAAATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTg                                                                                                  <  2:149425/128‑1 (MQ=255)
                                    ttAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATAATATTGTaaaa                                                                                             >  1:3963341/1‑128 (MQ=255)
                                    ttAATGTTAATATAAAATTTCTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTTATTTATATATTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTaa                                                                                              <  1:3894293/128‑1 (MQ=255)
                                      aaTGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTAATAtttataa                                                                                              >  1:3722251/1‑123 (MQ=255)
                                        ttttAATATAAATTATTTAAGTATTTTTTATGATTTATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑A‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAc                                                                                          <  2:1052563/126‑1 (MQ=255)
                                             atatAAATTAGCTAAGGATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATATATTTAAAATATTAT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATAATAATTGTTATaaaaaaaa                                                                                      >  1:4439788/1‑126 (MQ=255)
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                                                                 tattatgtttttttattttattTATACTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑TA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATttatta                                                                 <  2:2691811/116‑1 (MQ=255)
                                                                 tattaGGATTTATAATTTAAATTAAACTTTTAATAAAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTaa                                                                <  2:1857699/128‑1 (MQ=255)
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                                                                                     tttatACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAAtt                                            <  2:2261680/128‑1 (MQ=255)
                                                                                       tataCTTTTAATAAAATGAATTTAATTAAAAAATTTTAA‑‑AA‑‑A‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAAtt                                            <  2:4038490/128‑1 (MQ=255)
                                                                                       tatCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAATAATTTTTTTAAAAAAAATAAATTAAATATTTATTAATAAAATATTTTTTTTTAAAAAAtt                                            >  2:529905/1‑128 (MQ=255)
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                                                                                                                     aaTATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAATATTTTTAAAAAAAATTAATTAAGTATTGATTTATTAAATATTATTTTTTAAAAAATTTACATTTACAAAAATTAACGTTtccaacaca             >  1:1553239/1‑122 (MQ=255)
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                                                                                                                      atatTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCttt          <  1:3795024/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           ttt‑‑‑‑AA‑‑TA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACATGACATAATTTTTTTAAAAAAAATTAATTAATTATTTATTTATTAAATTTTTTTTTTTAACAAATTTACCTTGAGATAAATAAGCTTTtccacaaaaattt         >  2:4347259/1‑118 (MQ=255)
                                                                                                                           ttt‑‑‑‑AA‑‑TA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTTTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTa         <  1:3398435/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  tttaataaaaaaaaaaaaaaaaaaaaCAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCttt          <  2:4478501/120‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                        taaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaAGCCCAAATTTTGTTAAAAAAAATAAATTAAGGTTTTATTTTTAAAATATTATTTTTTAAAAAAATTAACTTATGATAAATTAGGGTGTCCTCCACATTTTGtcaa    >  1:2275002/3‑126 (MQ=255)
                                                                                                                                        aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaCAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGtctc    <  2:576592/126‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                          |                                                                                                                                  
TGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCAT  >  CP016816/105235‑105489

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.