| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 34945 | 2129 (0.790) | 436 (0.150) +AAA |
87/216 | 20.9 | 15.7% | intergenic (+49/+117) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH |
| ? | CP016816 | 34946 = | 2395 (0.780) | intergenic (+50/+116) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 2822 total aligned reads displayed.
CTTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑ATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAA‑TTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCTT > CP016816/34818‑35072 | cTTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑g > 1:5285258/1‑128 (MQ=255)cTTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑g > 1:4953715/1‑128 (MQ=255) tttACTTCTTAATGAGTTTAAACAAAAATAGTAATAAATGCTTAACCAAGTACAATGCTAATTGAAGTTGATTAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑a < 2:4991452/128‑1 (MQ=255) tACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑aaa > 1:1792168/1‑128 (MQ=255) tttATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑aaaa‑aaaaa > 2:6298876/1‑128 (MQ=255) ttATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑aaaa‑aaaaaa > 2:1053380/1‑128 (MQ=255) aTGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGAGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑aaaa‑aaaaaaaa > 1:6557521/1‑128 (MQ=255) gTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑aaaa‑aaaaaaaaataa > 1:5495932/1‑125 (MQ=255) caacaaAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑aaaa‑aaaaaaaaataaatat > 2:576042/1‑121 (MQ=255) caacaaAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAAACAAATAAATTTTATTTTATATTATTATTT‑A‑ATA‑TT‑‑G‑‑aaaa‑aaaaaaaaaa‑aaaaaa > 2:4154191/1‑126 (MQ=255) acaaAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑ataatata > 1:5374500/1‑128 (MQ=255) caaAAAGAGTAAGAAATGCTTAACCAAGTACAATTCTAATTTAATTTAATGAATAATAAAATATTAAAACAAATACATTTAATTTTATTTTTTTAATT‑A‑ATA‑TT‑‑A‑‑aaaa‑aaaaaaaaaa‑aaaaaaaaa > 2:4718424/1‑123 (MQ=255) aaaaaGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑GA‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑ataataatt > 1:559846/1‑125 (MQ=255) aaaaaGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑taaatataat > 2:6535120/1‑128 (MQ=255) aaaaTAGAAATAAATGCTGAACAAATTAAAATGATATTTTAATTTTATTAAAAAAAAAATATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑T‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑ATAATATAAtt < 1:448032/128‑1 (MQ=255) aaGATTATGAAATGCTGAACCAAGTACAATGGAAAGTGAAGTTGATTAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTTTTT‑A‑CTA‑TT‑‑‑‑‑TAAA‑AAAAAAAAAA‑ATAATATAATTTGc < 2:819387/128‑1 (MQ=255) aaGAGTAAGAAATGCTGATCCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑A‑AATATAATTTGc > 1:5174631/1‑128 (MQ=255) atcgTAATAAATGCTTAACCAATTAAAATGCTAATTTAATTTTATTAATAATAAAATATTAAACCAAAAAAATTGTTTTTGGTTTTTTTTTTT‑A‑ATATTT‑‑A‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑ATAATATAATTTg < 2:672909/125‑1 (MQ=255) atattAACAAATGCTTAACCAATTACAATTTTAATTTATGTTTATTAATAATAAAATATAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTGTTTTTTTTATTT‑A‑ATATTT‑‑A‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑ATAATATAATTTg < 1:3733070/124‑1 (MQ=255) agagTAATAAATTCTTAACCAATTAAAATGCTAATTTAATTTTTTTAATAATAAAATATTAAACCAAATAAATTTTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑ATA‑TT‑‑‑‑‑‑TAA‑AAAAAAAAAA‑ATAATATAATTTGCAt < 1:4572931/128‑1 (MQ=255) gacaaataaaTTCTTAACCAATTACAATGCTAAGTGAATTTTATTAATAATAAAATATAAAACAAAAAACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTA‑A‑ATA‑TT‑‑T‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑ATAATATAAATTGCa < 1:2730052/121‑1 (MQ=255) gTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGATTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑ATAATATAAttttaata > 1:6466467/1‑123 (MQ=255) 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aaTGCTGAACCAAGTACAATGATTAGTTAATTTTATTAATAATAAAAAATTAAAAAAAATAAATTTTTTTTTGTTTTTTTATTT‑A‑ATA‑TT‑‑G‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑ATAATATAATTTGCATACTATaa < 1:2987793/128‑1 (MQ=255) aTGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAATATTAAACCAAATACATTGTTTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑ATA‑TT‑‑G‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑AAAATATAATTTAAataaaataaa > 2:2453965/1‑128 (MQ=255) tGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑GA‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑ATAATAAAAtttaaaaaataaaaa > 2:1540334/1‑116 (MQ=255) ggttaaaaaaGTATAATGCTAAGTTAAGTTTATTAAAAATAAAATATTAAACCAAATAAATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑ATA‑TT‑‑T‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑ATAATATAATTTGCATACTATaaaaa < 1:3080243/120‑1 (MQ=255) gCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑ATAATAAAATTTTCATAATATaaaaa > 2:2622119/1‑128 (MQ=255) aaCCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑ATAATATAATTTGCATAATATAAAAAATTg > 1:6377996/1‑128 (MQ=255) ccAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑ATAAAATTATTTGAATAATATAAAAAATtttt > 1:579435/1‑128 (MQ=255) ccAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑ATAATATAATTTGAATACTATAAAAAAtttttt > 2:3529617/1‑128 (MQ=255) cAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑AAAATAAAATTTTAATAAAAAAAAAAAtttttt > 2:3033524/1‑128 (MQ=255) aaGTATAATGATTAGTGATGTTTTATATTAATTAAAGTTTTTACAATATAAATTGAGTTTGGTTTATTTTTTT‑A‑ATA‑TT‑‑‑‑‑TAAA‑AAAAAAAAAA‑ATAATATAATTTGCATACTATAAATAATTGttttt < 1:4046699/128‑1 (MQ=255) aaGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑ATAATAAAATTTGAATACTATAAAAAATtttttt > 1:6153253/1‑128 (MQ=255) aaGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTT‑A‑CTA‑TT‑‑G‑‑AAAA‑AAAAAAAAAA‑AAAATATAATTATAATACTATAAAAAATTGtttt > 2:1451831/1‑128 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |