| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 34945 | 2129 (0.790) | 436 (0.150) +AAA |
87/216 | 20.9 | 15.7% | intergenic (+49/+117) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH |
| ? | CP016816 | 34946 = | 2395 (0.780) | intergenic (+50/+116) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 2953 total aligned reads displayed.
TTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAT‑AATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCTTTA > CP016816/34819‑35074 | tACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAAAGCTAAGTGAAGATGAAGAAAAATAAAAGATTAAACCAAATACATTA‑AGTATCTAATTTTTATT‑A‑ACTA‑AT‑‑‑G‑‑‑aaa > 2:6394296/1‑128 (MQ=255) tcttTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑aaaaaaa > 2:6195809/1‑128 (MQ=255) tcttTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGAATAAACCAAATACATTA‑TATTTGGTTTTATTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑aaaaaaa > 2:3586558/1‑128 (MQ=255) ttATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACAAAATACATTG‑TGATTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑aaaaaaaaaa > 2:5294466/1‑128 (MQ=255) attaGTTTCAACAAAAAGAGTAACCAATCCTGAACAAAGTAAAATTCTAATTTAAGTTTTTGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑aaaaaaaaaaaa < 1:4313192/125‑1 (MQ=255) attaGTTTAAAAAAAAATAGTAATAAATGCTGAAACAATTACAATGCTAATTGAAGTTTATTAATAATAAAATATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑T‑‑‑aaaaaaaaaaaa < 1:6507729/125‑1 (MQ=255) taGTTTAAACAAAAATAGAAAGAAATGCTGAACCAACTACAATGTTAATTGAAGTTTATTAAAAATAAAATAAAAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑T‑‑‑aaaaaaaaaaaaaa < 1:1825317/127‑1 (MQ=255) aGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAAACAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGCTTTTTTTATA‑T‑AATA‑TT‑‑‑G‑‑‑aaaaaaaaaaaaaaa > 1:3976305/1‑128 (MQ=255) caacaaAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGATTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑AAAAAAAAAAAAAaat‑aatt > 1:5133350/1‑127 (MQ=255) acaaAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑aaaaaaaaaaaaaaaa‑aaatat > 1:6333287/1‑124 (MQ=255) aaaaaGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑TAAAAAAAAAAAAaat‑aattaaat > 1:2584688/1‑123 (MQ=255) aaaaGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAT‑AATATAAtt > 1:2386323/1‑128 (MQ=255) aaaGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑GA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAT‑AATATAAtt > 1:3673695/1‑128 (MQ=255) agatTAATAAATTCTTAACCAATTACAATGATAATTTAATTTTATTAATAATAAAATATTAAACAAAATAAATTT‑TTTTTGTTTTTTTTATT‑T‑AATA‑TT‑‑‑T‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAT‑AATATAATTTGc < 1:882619/128‑1 (MQ=255) agTAAGAAATGCTGAACCAAGTACATTGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGAATAAACCAAATACATTG‑TGTTTGTTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑AAAAAAAAAAAACAaa‑aatataaaattaaa > 1:3304647/1‑121 (MQ=255) aaGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑GA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAT‑AATATAAttttaaaaa > 1:4527695/1‑122 (MQ=255) aaaTGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑GA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAA‑AATATAAttttaataaaaa > 1:4668858/1‑119 (MQ=255) aaaTGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAat‑aatataatataaaaaatata > 2:1782124/1‑116 (MQ=255) aaaTGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAT‑AATATAATTTGAATACTATaaa > 1:6210024/1‑128 (MQ=255) aaaTGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGATTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAA‑AATATAAattaaataataaa > 2:3112819/1‑118 (MQ=255) gCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGTTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAT‑AAAATAATTATAATAATATaaaaa > 1:4903528/1‑128 (MQ=255) gCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑GA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAT‑AATATAATTTTAATAATATaaaa > 1:5334590/1‑128 (MQ=255) tGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAT‑AAAATAATTTTAATATTATAAAAAAt > 1:1313228/1‑128 (MQ=255) ccAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑T‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAATATTTTAAATACTATAAAAAAtttat > 1:2668084/1‑125 (MQ=255) ccAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTATGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAATAATTTAAAAAAAATaaaaaaatttt > 2:2096105/1‑123 (MQ=255) aaGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAA‑AATATAATTTGAATACTATAAAAAATTGtttt > 1:2907592/1‑128 (MQ=255) aGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAT‑AAAATAATTTTAATAATAAAAAAAATTTtattt > 1:993794/1‑128 (MQ=255) cTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGTTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑AAAAAAAAAAAAAATA‑AAAAAAATTTGAAACATAAAAAAAATttttttaaaaaaaatt > 2:824787/1‑118 (MQ=255) aaGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑GAAAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAATAATTTGAAAAAAAAAAAAAATTGTTTTTAaaaaaat > 2:4191763/1‑127 (MQ=255) aaGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAT‑AATATATTTTGCATACTATAAAAAATTTTTTTTCAAATAAGTAt > 1:6099090/1‑128 (MQ=255) aaGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAT‑AATATAATTTTAATAATATAAAAAATTTTTTATAAAAAAAatat > 2:2385642/1‑128 (MQ=255) aaGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAT‑AATATAATTTGAATACTAAAAAAAATTGTTTTTCAAATAattatt > 2:6308740/1‑128 (MQ=255) agtgtattttttgaATATTAATAGAATAAACAAAATAAATTT‑TGTTTGGTTTTTTTTTT‑T‑AATA‑TT‑‑‑‑‑‑‑TAAAAAAAAAAAAAAT‑AATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTc < 2:3416817/117‑1 (MQ=255) aaGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAT‑AATATAATTTGCATACTATAATAAATTGTTTTTCAATTAAGTATTCatg > 1:5033109/1‑126 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TTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTG‑TGTTTGGTTTTTTTATT‑T‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAT‑AATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCTTTA > CP016816/34819‑35074 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |