| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 34944 | 765 (0.430) | 703 (0.400) +TAA |
96/246 | 33.3 | 48.5% | intergenic (+48/+118) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH |
| ? | CP016816 | 34945 = | 765 (0.430) | intergenic (+49/+117) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 714 total aligned reads displayed.
CTTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/34818‑34944‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GAAAAAAA‑AAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTG > CP016816/34945‑35068 ||||| CTTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAATTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTATTTTTGTTTTTTTTATTTAATATTT > 2:1492209/1‑128 TTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAATTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTTTTTGGTTTTTTTATTTAATATTT‑‑A > 1:1581140/1‑128 TACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGATGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGATTTTTTTATTAACTATTT‑‑Ata > 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ATTT‑‑AA‑AAAATAA‑TAAAAAAATATTATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTT < 2:1923252/128‑1 ||||| CTTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/34818‑34944‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GAAAAAAA‑AAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTG > CP016816/34945‑35068 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |