| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 165049 | 3507 (1.060) | 134 (0.050) | 67/220 | 43.3 | 4.2% | intergenic (+13/‑529) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| ? | CP016816 | = 165050 | 2994 (1.030) | intergenic (+14/‑528) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 3586 total aligned reads displayed.
ATAAATGATTATCAATTTGATTATTTAAAACATTATTTAGATTTAAAAAAACATTTTATTAAAATTGATGATGATAATAAATTAAATCCTTTATATATAAAAAGTTTTATTTAAAAAAAGACTTTCTTAGAAAGTCTTTTTTTGTATTAATTATTTATATCTCCTTTCTATTTACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAA > CP016816/164923‑165177 | ataaATGATTATCAATTTGATTATTTAAAACATTATTTAGATTTAAAAAAACATTTTATTAAAATTGATGATGATAATAAATTAAATCCTTTATATATAAAAATTTTTATTTAAAAAAAGACTTTCtt > 1:3558478/1‑128 (MQ=255)ataaATGATTATCAATTTGATTATTTAAAACATTATTTAGATTTAAAAAAACATTTTATTAAAATTGATGATGATAATAAATTAAATCCTTTATATATAAAAAGTTTTATTTAAAAAAATACTTTCtt > 2:51749/1‑128 (MQ=255)ataaATGATTATCAATTTGATTATTTAAAACATTATTTAGATTTAAAAAAACATTTTATTAAAATTGATGATGATAATAAATTAAATCCTTTATATATAAAAAGTTTTATTTAAAAAAAGACTTTCtt > 2:903573/1‑128 (MQ=255)ataaATGATTATCAATTTGATTATTTAAAACATTATTTAGATTTAAAAAAACATTTTATTAAAATTGATGATGATAATAAATTAAATCCTTTATATATAAAAAGTTTTATTTAAAAAAAGACTTTCtt > 1:5501824/1‑128 (MQ=255)ataaATGATTATCAATTTGATTATTTAAAACATTATTTAGATTTAAAAAAACATTTTATTAAAATTGATGATGATAATAAATTAAATCCTTTATATATAAAAAGTTTTATTTAAAAAAAGACTTTCtt > 1:6801791/1‑128 (MQ=255)ataaATGATTATCAATTTGATTATTTAAAACATTATTTAGATTTAAAAAAACATTTTATTAAAATTGATGATGATAATAAATTAAATCCTTTATATATAAAAAGTTTTATTTAAAAAAAGACTTTCtt > 2:1273541/1‑128 (MQ=255)ataaATGATTATCAATTTGATTATTTAAAACATTATTTAGATTTAAAAAAACATTTTATTAAAATTGATGATGATAATAAATTAAATCATTTATATATAAAAAGTTTTATTTAAAAAAAGACTTTCtt > 2:5910598/1‑128 (MQ=255) taaATGATTATCAATTTGATTATTTAAAACATTATTTAGATTTAAAAAAACATTTTATTAAAATTGATGATGATAATTAATTAAATCCTTTATATATAAAAAGTTTTATTTAAAAAAAGACTTTCTTa < 1:6918775/128‑1 (MQ=255) taaATGATTATCAATTTGATTATTTAAAACATTATTTAGATTTAAAAAAACATTTTATTAAAATTGATGATGATAATAAATTAAATCCTTTATATATAAAAAGTTTTATTTAAAAAAAGACTTTCTTa < 1:475084/128‑1 (MQ=255) taaATGATTATCAATTTGATTATTTAAAACATTATTTAGATTTAAAAAAACATTTTATTAAAATTGATGATGATAATAAATTAAATCCTTTATATATAAAAAGTTTTATTTAAAAAAAGACTTTCTTa < 1:7054277/128‑1 (MQ=255) 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ATAAATGATTATCAATTTGATTATTTAAAACATTATTTAGATTTAAAAAAACATTTTATTAAAATTGATGATGATAATAAATTAAATCCTTTATATATAAAAAGTTTTATTTAAAAAAAGACTTTCTTAGAAAGTCTTTTTTTGTATTAATTATTTATATCTCCTTTCTATTTACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAA > CP016816/164923‑165177 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |