| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 437880 | 406 (0.110) | 1478 (0.320) +ATAT |
183/188 | 1.7 | 74.9% | intergenic (‑184/+238) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease |
| ? | CP016816 | 437881 = | 502 (0.100) | intergenic (‑185/+237) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease | |||||
Only 100 of 2494 total aligned reads displayed.
TTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAAT‑‑‑‑GATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAGATTTTTAATAT > CP016816/437759‑438010 | ttatttttgtagttgtaagtttcatttttaataaatattagaaataaaaattgtatttttaaaataaatattttaggaaatgaagcaaagcaaaaacctccatattacctatagagttaatgatatat < 2:977809‑M2/2‑1 (MQ=255)ttatttttgtagttgtaagtttcatttttaataaatattagaaataaaaattgtatttttaaaataaatattttaggaaatgaagcaaagcaaaaacctccatattacctagagagttaatgatatat > 1:9778258‑M2/127‑128 (MQ=255) atttttgtagttgtaagtttcatttttaataaatattagaaataaaaattgtatttttaaaataaatattttaggaaatgaatcaaagcaaaaacctccatattacatatatagttaatgatatatat > 2:10445988‑M2/125‑128 (MQ=255) tttttgtagttgtaagtttcatttttaataaatattagaaataaaaattgtatttttaaaataaatattttaggaaatgaagcaaagcaaaaacctccatattacctatagagttaatcatatatata > 1:582967‑M2/124‑128 (MQ=255) 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agtttcatttttaataaatattagaaataaaaattgtatttttaaaataaatattttaggaaatgaagcaaagcaaaaacctccatattacctatagagttaatgatatatatatatatatatatata > 1:2232514‑M2/110‑128 (MQ=255) tttttatttttatTAAATATTATTAATAAAATTTTTATTTTTATAATAAATATTTTTGGATATGTATAAAATAAAAAAACTCTATATTAACTATAGAGTTATT‑‑‑‑Gatatatatatatatatatatatat < 1:789796/127‑1 (MQ=255) gtttcatttttaataaatattagaaataaaaattgtatttttaaaataaatattttagtaaatgaagcaaatcaaaaaactacatattacctatagatttaatgatatatatatatatatatatatat > 1:7183468‑M2/109‑128 (MQ=255) ttcatttttaataaatattagaaataaaaattgtatttttaaaataaatattttaggaaatgaagcaaagcaaaaacctccatattacctatagagttaatgatatatatatatatatatatatatat > 2:7401070‑M2/107‑128 (MQ=255) tcatttttaataaatattagaaataaaaattgtatttttaaaataaatattttaggaaatgaagcaaagcaaaaacctccatattacctatagagttaatgatatatatatatatatatatatatata > 2:1544577‑M2/106‑128 (MQ=255) tatttttttATAAATATAATATATAAAAAATTTATTTTTATAATAAATATTTTTTTATATTAATAAAATAAAAAAAATCAATATTAAATATAGAGTTATT‑‑‑‑tatatatatatatatatatatatatata < 1:1120728/125‑1 (MQ=255) 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aataaatattagaaataaaaattgtatttttaaaataaatattttaggaaatgaagcaaagcaaaaacctccatattacctatagagttaatgatatatatatatatatatatatatatgaaagctat > 2:232581‑M2/98‑119 (MQ=255) ataaatattagaaataaaaattgtatttttaaaataaatattttaggaaatgaagcaaagcaaaaacctccatattacctatagagttaatgatatatatatatatatatatatatatatatgcaagc > 2:6251329‑M2/97‑122 (MQ=255) ataaatattagaaataaaaattgtatttttaaaataaatattttaggaaatgaagcaaagcaaaaacctccatattacctatagagttaatgatatATATATATATATATATATATATATATATTCaa > 2:8580356‑M2/97‑128 (MQ=255) taaatattagaaataaaaattgtatttttaaaatatatattttattaaatgaatcaaagcaaaaacctccatattaactatagagttaatgatatatatatatatatatatatatatatatgcaagcg < 2:9162993‑M2/33‑8 (MQ=255) taaatattagaaataaaaattgtatttttaaaataaatattttaggaaatgaagcaaagcaaaaacctccatattatctatagagttaattatatATATATATATATATATATATATATATATGCAAg < 1:7364174‑M2/33‑1 (MQ=255) aaataTTAGAAATAAAAATTTTATTTTTTAAATATATATTATATGATAATAATAAAATAAAAAAACTCAATATAAACTATAGAGTTTATTA‑‑TATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGa < 1:7553613/128‑1 (MQ=255) 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TTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAAT‑‑‑‑GATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAGATTTTTAATAT > CP016816/437759‑438010 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |