| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 177536 | 1765 (1.190) | 69 (0.050) | 38/226 | 21.8 | 4.2% | coding (643/645 nt) | JCVSYN2_00735 | hypothetical protein |
| ? | CP016816 | = 177541 | 1535 (1.160) | intergenic (+3/+16) | JCVSYN2_00735/JCVSYN2_00740 | hypothetical protein/translation initiation factor IF‑2 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 484 total aligned reads displayed.
TGCTTATTTAAATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/177397‑177536‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaagacagactTTTCTAGTCTGTC‑TTTTTTTTATACAAATTTTCTTTAAACTTTAAAAGTTCTTCATATTCTTTTTGTTTAGAAAGTTTGTATTCTTGTTTTTTAATTTGTTTTAATTGTTTTTTTGTTGGTACTATT < CP016816/177541‑177415 TGCTTATTTAAATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAA < 2:1693820/128‑1 gaTTATTTAAATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAA < 1:374398/126‑1 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TTTAAATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGA < 2:1723381/128‑1 TTTAAATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGA < 1:120626/128‑1 TTTAAATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGA < 2:1415626/128‑1 TTTAAATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGA < 1:3151220/128‑1 TTAAATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAATATTAGTATAAAAAAAATAC > 2:1948917/1‑128 TTAAATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGAC > 2:1812445/1‑128 TTAAATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGAC < 1:2664635/128‑1 TTAAATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGAC < 1:2484636/128‑1 TAAATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAATGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACA < 2:909995/128‑1 TAAATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACA < 1:1813853/128‑1 TAAATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACA < 2:2035116/128‑1 TAAATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAGAAAAAAAAGACA > 2:689209/1‑128 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AATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGA > 1:1413066/1‑128 ATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTTAAGAAAATTTGTATAAAATAAAGACAGAC > 2:2805394/1‑128 ATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGAC < 1:1433694/128‑1 TAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAGCAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGACT < 2:2600492/128‑1 TAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAATAAGACAGACT > 2:1581420/1‑128 TAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGACT < 2:2391577/128‑1 TAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGACT < 2:31746/128‑1 TAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGACT < 1:1680525/128‑1 TAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGACT < 1:633111/128‑1 TAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGACT < 1:2384658/128‑1 TAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGACT < 1:260694/128‑1 AATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGACTT < 1:2357613/128‑1 CAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGACTTTTC < 2:1906214/128‑1 AAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGACTTTTCT < 1:593672/128‑1 AAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGACTTTTCT < 2:2336596/128‑1 AATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGACTTTTCTA < 2:559222/128‑1 GTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGACTTTTCTAGTCT < 2:829524/128‑1 GTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGACTTTTCTAGTCT < 1:1558180/128‑1 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2:784119/1‑127 GACTTTTCTAGTCTGTC‑TTTTTTTTATACAAATTTTCTTTAAACTTTAAAAGTTCTTCATATTCTTTTTGTTTAGAAAGTTTGTATTCTTGTTTTTTAATTTGTTTTAATTGTTTTTTTGTTGGTACT < 1:392525/128‑1 GACGTTTCTAGTCTGTC‑TTTTTTTTATACCAATTTTCTTTAAACTTTTAACGTGCTTCATATTCTTTTTGTTTAGAAAGTTTGTATTCTTGTTTTTTAATTTGTTTTAATTGTTTTTTTGTTGGTACT < 1:2554051/128‑1 ACTTTTCTAGTCTGTC‑TTTTTTTTATACAAATTTTCTTTAAACTTTAAAAGTTCTTCATATTCTTTTTGTTTAGAAAGTTTGTATTCTTGTTTTTTAATTTGTTTTAATTGTTTTTTTGTTGGTACTA > 2:1298772/1‑128 ACTTTTCTAGTCTGTC‑TTTTTTTTATACAAATTTTCTTTAAACTTTAAAAGTTCTTCATATTCTTTTTGTTTAGAAAGTTTGTATTCTTGTTTTTTAATTTGTTTTAATTGTTTTTTTGTTGGTACTA < 1:2283607/128‑1 ACTTTTATAGTCTTTA‑TTTTTTTTATACAAATTTTCTTTAAACTTTAAAAGTTCTTAATATTCTTTTTGTTTAGAAAGTTTGTATTCTTGTTTTTTAATTTGTTTTAATTGTTTTTTTGTTGGTACTA < 1:2190212/128‑1 CTTTTCTAGTCTGTC‑TTTTTTTTATACAAATTTTCTTTAAACTTTAAAAGTTCTTCATATTCTTTTTGTTTAGAAAGTTTGTATTCTTGTTTTTTAATTTGTTTTAATTGTTTTTTTGTTGGTACTAT > 1:840503/1‑128 CTTTTCTAGTCTGTC‑TTTTTTTTATACAAATTTTCTTTAAACTTTAAAAGTTCTTCATATTCTTTTTGTTTAGAAAGTTTGTATTCTTGTTTTTTAATTTGTTTTAATTGTTTTTTTGTTGGTACTAT > 2:2247071/1‑128 CTTTTCTAGTCTGTC‑TTTTTTTTATACAAATTTTCTTTAAACTTTAAAAGTTCTTCATATTCTTTTTGTTTAGAAAGTTTGTATTCTTGT > 1:3059031/1‑90 TTTTCTAGTCTGTC‑TTTTTTTTATACAAATTTTCTTTAAACTTTAAAAGTTCTTCATATTCTTTTTTTTTATAACGTTTTTATTCTTGTTTTTTAATTTGTTTTAATTTTTTTTTTGTTGGTACTATT > 2:1679178/1‑128 TTTTCTAGTCTGTC‑TTTTTTTTATACAAATTTTCTTTAAACTTTAAAAGTTCTTCATATTCTTTTTGTTTAGAAAGTTTGTATTCTTGTTTTTTAATTTGTTTTAATTGTTTTTTTGTTTGTACTATT > 1:2096983/1‑128 TTTTCTAGTCTGTC‑TTTTTTTTATACAAATTTTCTTTAAACTTTAAAAGTTCTTCATATTCTTTTTGTTTAGAAAGTTTGTATTCTTGTTTTTTAATTTGTTTTAATTGTTTTTTTGTTGGTACTATT > 1:2879180/1‑128 TTTTCTAGTCTGTA‑TTTTTTTTATACATATTTTCTTTAATCTTTTAAAGTTCTTCATATTCTTTTTGTTTAGAAAGTTTGTATTCTTGTTTTTTAATTTGTTTTAATTGTTTTTTTGTTGGTACTATT < 1:2172887/128‑1 TGCTTATTTAAATAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAGACAGACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/177397‑177536‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaagacagactTTTCTAGTCTGTC‑TTTTTTTTATACAAATTTTCTTTAAACTTTAAAAGTTCTTCATATTCTTTTTGTTTAGAAAGTTTGTATTCTTGTTTTTTAATTTGTTTTAATTGTTTTTTTGTTGGTACTATT < CP016816/177541‑177415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |