New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP016816 105365 =972 (0.660)138 (0.110) 84/222 12.7 14.1% intergenic (+860/+66) JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430 translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
?CP016816 = 105361 831 (0.640)intergenic (+856/+70) JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430 translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff.
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 1101 total aligned reads displayed.

AAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCATAAC  >  CP016816/105238‑105492
                                                                                                                                |                                                                                                                                
 aaaTAACTTATTATATTATGAAATAATAAATATTAATTTTAAAATAAATTATAAAATTATTTATTATGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATa‑aaaa                                                                                                                                 <  2:564402/128‑1 (MQ=255)
  aaTAACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATATTAATATAAATTATCTAATTATTTATTATTATTTATTAGTTTATTTATAATTTTAATATAATAAATTTAATTAAAAAATTTAAATa‑aaaaa                                                                                                                                >  1:1877799/1‑128 (MQ=255)
   aTCACTTATTATAGTATTAAATAATAAATATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATa‑aaaaaa                                                                                                                               <  2:2428882/128‑1 (MQ=255)
   aTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGTATTTATTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATATAATTAAAATAATATaaaa‑aaaaaa                                                                                                                               >  1:1063749/1‑128 (MQ=255)
    tCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATa‑aaaaaaa                                                                                                                              >  1:1742543/1‑128 (MQ=255)
       cTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGAATATTTTATTTATCATATAAATATAATTAATTTAATTAAAATAATTTAATa‑aaaaaaaaaa                                                                                                                           >  1:2275641/1‑128 (MQ=255)
         tattatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATa‑aaaaaaaaaaaa                                                                                                                         >  2:2557227/1‑128 (MQ=255)
           ttatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAATa‑aaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                       >  2:722263/1‑128 (MQ=255)
            tataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATa‑aaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                      >  1:1000026/1‑128 (MQ=255)
             ataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATa‑aaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                     >  1:706203/1‑128 (MQ=255)
              tattATGAAATAATAAATATTAATGTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTATTATTGATTATTTTATTTAACATTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATa‑aaaaaaaaaaaaaaaac                                                                                                                    <  2:1467234/125‑2 (MQ=255)
              aattATGAAATAATAAATTTTAATTTTAATATTAATTATCTAAGTTTTTATTTGTATTGTTTTTTTTTTTTTTCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAaaa‑aaaaaaaaaaaaaaaca                                                                                                                    <  1:2617253/125‑3 (MQ=255)
                 tATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATa‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaac                                                                                                                 >  1:2511477/1‑125 (MQ=255)
                  aTGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAAATAAAATATATTAATA‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                >  1:2385970/1‑127 (MQ=255)
                   tttaataatAAATATTAATTTTAATATAAATTATCTAATTTTTTATTAGGATTTAATAGTTTATTAAACCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGAc                                                                                                              <  2:2124594/125‑1 (MQ=255)
                     aaaTAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTTATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                             >  2:237072/1‑124 (MQ=255)
                      aataatAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaata                                                                                                            >  1:1164773/1‑123 (MQ=255)
                       ataataAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATa‑aaaaaaaaaaaaaaacaatacataat                                                                                                           >  1:2568464/1‑117 (MQ=255)
                       ataataAACATTTATTTTAAAATAACTTATCTTATTTTTTATTTTTTTTTTTATGTTTATTTATTCTTTTAATATAATGTATTTTATTAAAATATTTTAAT‑‑‑TAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑at                                                                                                        <  1:769267/128‑1 (MQ=255)
                         aaaaaaTATTAATTTTAAAATAAATTTTGTAATTATTTTTTATTTTTTATTATTTTAATTTTAATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAAATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ata                                                                                                       <  2:2453566/125‑1 (MQ=255)
                          ataaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatattt                                                                                                        >  1:400902/1‑119 (MQ=255)
                          ataaAGAATAATTTTTATAAAAATTTATTTAGTATTTATTATTTTTTTTTATGTTTTTTATTCTTTTAAATTAATTAATTATATTAAAATATTTTAAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ata                                                                                                       <  1:2002020/128‑1 (MQ=255)
                           taaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaaatatt                                                                                                       >  2:768922/1‑118 (MQ=255)
                           taaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaataat                                                                                                       >  2:2932004/1‑118 (MQ=255)
                                aTTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAACAA‑ATATTTTTaa                                                                                                >  1:2480247/1‑128 (MQ=255)
                                   aaTGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGAGTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATATAAAAAAAATAAAAAAAAACAGACCTATATATT‑TTaaa                                                                                               >  1:2935899/1‑128 (MQ=255)
                                     ttttAAAATAAATAAGCTTATTATTTATTATGATTTATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACaa                                                                                          <  2:1336354/126‑1 (MQ=255)
                                         aaTATAAATTAGCAAATTATTTATTATGTTTTTTTATTTTATTTTACCATTTAATATAATTTAATTAATTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACaatt                                                                                        <  2:1625512/128‑1 (MQ=255)
                                          atatAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAACATA‑AAATTTTTAAAAAAaattaa                                                                                      >  1:2680517/1‑128 (MQ=255)
                                           tataAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAATA‑ATATTTTTAAAAAaaataaat                                                                                     >  1:2906787/1‑128 (MQ=255)
                                           tataAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAAAA‑ATATTTTAAAAAAAaattaat                                                                                     >  1:3046143/1‑128 (MQ=255)
                                              aaaTTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATATTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAATACATA‑AAATTTTTTAAAACAAttaaataa                                                                                  >  1:1693830/1‑128 (MQ=255)
                                               aaTTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTATTA‑AAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAAAA‑AAATTATTAAAAAAAAtaaataaaa                                                                                 >  1:3160396/1‑127 (MQ=255)
                                                    gCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACATA‑TAATTTTTAAAAAAAAAAAATTAAgaattt                                                                            >  1:2869901/1‑123 (MQ=255)
                                                     cTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAAAA‑AAATTTTTAAAAAAAAataaataataattaa                                                                           >  1:3093341/1‑121 (MQ=255)
                                                       aaGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAA‑AACACAAA‑AAATTTTTAAAAAAAATAAAATAAAtatttatt                                                                         >  1:1624534/1‑128 (MQ=255)
                                                         gtttttattAGGTTTGTTTTTTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATtta                                                                       <  1:2826135/125‑1 (MQ=255)
                                                           atttattATGATTTATTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTaa                                                                   <  2:276527/128‑1 (MQ=255)
                                                           atttattAGTTTTGATTAGTTTTATTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATttat                                                                      <  2:1236469/128‑1 (MQ=255)
                                                            attattattaTTTTTTATTTTATTTAAAAATTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATttatt                                                                     <  2:2609642/127‑1 (MQ=255)
                                                             ttattaGGTATTATTATTTTATTTATCATTTAAATATAATTAATTTAATAAAAATATTTTAA‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTaa                                                                   <  2:812447/128‑1 (MQ=255)
                                                              tattttgtttgattATTATATTTAACCTTTTAAAAAAATTAATTTAATTAAAAAATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTaa                                                                   <  1:983049/120‑1 (MQ=255)
                                                                ttaTGATTTATTATTTTATTTTTCCTTTTAAAATAATTAATTTAATTAAAATTTTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAata                                                                <  2:406152/128‑1 (MQ=255)
                                                                attgtatttattATTTTATTTATTCTTTTATTATAATGAATTTTATTTAATTATTTTAATA‑AAAAAAAAAATTAAAAACAAGAACTT‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTatat                                                                 <  1:2441996/123‑1 (MQ=255)
                                                                 taGGATTGATTATTTTATTTATACTTTTAATAAAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAatat                                                               <  1:2730567/128‑1 (MQ=255)
                                                                    gattgattAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAACA‑AAAACATA‑AAATTTTTAAAAACAAATAATTAATTATTTATTTATAAAAaattat                                                            >  1:178277/1‑128 (MQ=255)
                                                                     attgattATTTTATTTATCCTTTTAATAAAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTAttt                                                          <  2:1664947/128‑1 (MQ=255)
                                                                      tttttatttttatttaTAATTTTAATATAATGTATTTAAATAAAAAATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTAttt                                                          <  2:265080/120‑1 (MQ=255)
                                                                      tttattattTTAATAATAATTTTAATAAAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTAttt                                                          <  2:2897536/125‑1 (MQ=255)
                                                                      ttgttttttttatttaTACTTTTAAAATAATGAAATTATTTAAAAATTTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTAttt                                                          <  1:3004425/120‑1 (MQ=255)
                                                                          tttttttatttaTCATTTTAA‑AAAATTTATTTAAATAAAAAATTTTAA‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTaa                                                     <  2:3052883/124‑1 (MQ=255)
                                                                           tattttatttaTACTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTaa                                                     <  2:2692049/125‑1 (MQ=255)
                                                                            attttatttaTACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAAc                                                    <  2:2835669/126‑1 (MQ=255)
                                                                             gTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA‑‑TA‑ATATTTTAAAAAAAAATTAAAAAATTATTTAATAATAAAAAAATATTTTTTAaaaa                                                  >  2:1721007/1‑128 (MQ=255)
                                                                                 ttttatAATTTTAATATAATTATTTTAATTAAAATATTTTTA‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAAtt                                               <  1:297186/127‑1 (MQ=255)
                                                                                 atttatCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAATTTTTAAAAAAAATAAAATAATAATTAAATTAATAAAAATTATTTTTTAAAAAAt                                                >  1:21150/1‑128 (MQ=255)
                                                                                 aattaaacTTTTAATAAAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAAtt                                               <  2:199299/121‑1 (MQ=255)
                                                                                   ttatCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAA‑AATACATA‑ATATTTTTAAAAAAAAATAAATAATTATATATTAATTAAAAATTATTTATTAAAAAAtata                                             >  2:479645/1‑128 (MQ=255)
                                                                                   ttatCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAATACATA‑ATATTGTTAAAAAAAATTAATTAATTATTTATTTATTAAATATTATTTTTTAAAAAAATTaa                                            >  2:633792/1‑127 (MQ=255)
                                                                                      tcattttAATATAATTAATTTAATTAAAATAATTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCt                                          <  2:2502404/125‑1 (MQ=255)
                                                                                       ccTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAA‑‑AAGAACTA‑ATTTTTTAAAAAAAAAATAATTATATTTTGATTTATTAATTATTTTTTTTTAAAAATTTTaaattt                                        >  1:1381950/1‑123 (MQ=255)
                                                                                       ccTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAAACAAA‑ATATTTTTAAAAAAAATTAATAAATTATTTATTAATAAAATATTAAATTTTAAAAAATTTAcata                                         >  2:231084/1‑125 (MQ=255)
                                                                                       aattttAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCt                                          <  2:1790391/126‑1 (MQ=255)
                                                                                        cTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAAACCAA‑AAATTTTTAAAAAAAATTAATTAATTATTTATTTATAAAATATTATTTTTTAAAAAAttaaaatta                                        >  1:835850/1‑121 (MQ=255)
                                                                                         ttttAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGa                                       <  2:680323/128‑1 (MQ=255)
                                                                                           ttAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAAACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATAAATTAAGTCTTATTTTATTAAATATTATTTTTTAAAAAATTTACATTGAGca                                    >  1:1587014/1‑127 (MQ=255)
                                                                                            tAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAA‑ATATTTTTAAAAAAAATTAAATAAATATTAATTAATAAAAAATAATTTTTTAACAAATTTaaaataatc                                     >  1:531034/1‑120 (MQ=255)
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                                                                                                                   tatTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCttt             <  2:2957770/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    atTTTAAT‑‑‑AAAAAAAATAAAAATACATGACCTA‑ATATTGTTAAAAACTATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAg           <  2:3028284/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    aatatttta‑ataaAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTTTTAAAAACAATTAATTAATTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGAGTTTCATCCACCttt             >  2:875018/8‑128 (MQ=255)
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                                                                                                                       tttaaa‑aaaaaaaaaaaaaaaaaCAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGt          <  2:314834/123‑1 (MQ=255)
                                                                                                                         tttaataaaaaaaaaaaaaaaaCAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGtc         <  2:1865722/122‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           aa‑aaaaaaaaaaaaaaaaaCAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCa      <  2:363932/127‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            atataaaaaaaaaaaaaaaCAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAATTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCa      <  2:2063460/124‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            ataaaaaaaaaaaaaaaaaCAAGAACTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCa      <  2:1523675/126‑1 (MQ=255)
                                                                                                                              aaaaaaaaaaaaaaaaaCAAGACCTA‑ATATTTTTAAAAACAATAAATTAATTATTTATTTTTTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGAAAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCaga    >  1:2226812/1‑126 (MQ=255)
                                                                                                                              aaaaaaaaaaaaaaaaaCAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCATa    <  2:1160594/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                |                                                                                                                                
AAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTA‑ATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCATAAC  >  CP016816/105238‑105492

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.