| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 143769 | 1816 (1.230) | 67 (0.050) | 37/226 | 22.1 | 3.9% | intergenic (+28/‑134) | JCVSYN2_00565/JCVSYN2_00570 | acetate kinase/phosphoenolpyruvate‑‑protein phosphotransferase |
| ? | CP016816 | = 143772 | 1632 (1.230) | intergenic (+31/‑131) | JCVSYN2_00565/JCVSYN2_00570 | acetate kinase/phosphoenolpyruvate‑‑protein phosphotransferase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1847 total aligned reads displayed.
ATTAATTTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATAAAAGAAAGTAATAAATTATTATAATTCAAATTGATTATAAAGTTGTTTTTTTATCTTAGTAGATTAAAATTAATAATAGTTATTTATTTTATAGTAAGGATAAA > CP016816/143645‑143899 | attaattTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATTAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTaaa < 1:1560587/128‑1 (MQ=255) ttaattTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTaaaa < 1:2955247/128‑1 (MQ=255) attTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGc > 2:2514395/1‑128 (MQ=255) tttCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAG‑AAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGc < 2:1844434/126‑1 (MQ=255) cTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAg < 1:2657443/128‑1 (MQ=255) cTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAg > 2:19836/1‑128 (MQ=255) tAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGt > 1:2272593/1‑128 (MQ=255) aGTGAAGAATCAAAAATTCCTGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGtt < 1:924650/128‑1 (MQ=255) tGAAGAATCAACAAATCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGtttt < 1:1920636/128‑1 (MQ=255) tGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAATAAACAAGGATTTGTTTAGATACTTTAAACGTAATTAATTATCAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGATTAAAAAGATTAGtatt > 1:2077052/1‑128 (MQ=255) aagaaTCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAATAAGCTAAGTTTtta > 2:3117592/1‑128 (MQ=255) aagaaTCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTtta > 2:400351/1‑128 (MQ=255) tcaaTAAAAAATTCAATTTAATGAAATAATAAAAAATTATTAAAAAATCATTTGTTAATATAATTTAAAATTAATTAAAAAAAACATA‑AAAACGTAAAAAACCTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTttaat < 2:60130/126‑1 (MQ=255) agaaTCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAACCTTTATTAAATAAAAGATATAATATATTAAAAACTTAGCTTAGATAGCAAAAttttata > 1:2551855/1‑125 (MQ=255) gaaTCAAAAATTACAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATTATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTttaat < 1:1747505/128‑1 (MQ=255) aTCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGATTAAAAAGCTAAGTTTttaatat > 2:2333229/1‑128 (MQ=255) cAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTttaatatta > 1:1330130/1‑128 (MQ=255) cAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTttaatatta < 1:984697/128‑1 (MQ=255) aaaaTTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTttaatattaat > 1:1493582/1‑128 (MQ=255) aTTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATaaa < 1:3003651/128‑1 (MQ=255) aTTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATaaa > 2:1363287/1‑128 (MQ=255) ttCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAATATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGATAAGTTTTTAATATTAATaaaa > 2:350186/1‑128 (MQ=255) 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tGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATAAAAGAAAGtaata > 2:3187475/1‑128 (MQ=255) aGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATAAAAGAAAGTAATAAattatt < 1:2859913/128‑1 (MQ=255) gAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATAAAAGAAAGTAATAAAttatta < 1:1063053/128‑1 (MQ=255) gAAAAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATAAAAGAAAGTAATAAAttatta < 1:3076308/128‑1 (MQ=255) aaCAAATTAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATAAAAGAAAGTAATAAATtattat < 1:2148365/128‑1 (MQ=255) aaCAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATAAAAGAAAGTAATAAATtaatat > 2:1720034/1‑128 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |