| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 496355 = | 4154 (1.140) | 212 (0.060) | 84/232 | 57.0 | 5.4% | intergenic (‑55/+29) | JCVSYN2_02275/JCVSYN2_02280 | HPr(Ser) kinase/phosphatase/ECF transporter S component |
| ? | CP016816 | 496379 = | 3670 (1.090) | intergenic (‑79/+5) | JCVSYN2_02275/JCVSYN2_02280 | HPr(Ser) kinase/phosphatase/ECF transporter S component | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 4169 total aligned reads displayed.
CTAGTTTATCTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCATAAGT > CP016816/496228‑496482 | cTAGTTTATCTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATaaa > 1:4456560/1‑128 (MQ=255) tAGTTTATCTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATaaaa < 1:2617193/128‑1 (MQ=255) gTTTATCTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATaaaaaa > 2:5080292/1‑128 (MQ=255) gTTTATCTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATaaaaaa > 2:2590148/1‑128 (MQ=255) gTTTATCTTGTCCAGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATaaaaaa < 2:5248676/128‑1 (MQ=255) tttATCTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACTTTAATATAATTTTACTATATTAATGATTAAACATaaaaaaa > 2:3113315/1‑128 (MQ=255) ttATCTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAg > 2:3002543/1‑128 (MQ=255) aTCTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtg < 1:3368440/128‑1 (MQ=255) aTCTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAACATCTTTTATGGTAATTTTTTCCATATCATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtg < 1:2339205/128‑1 (MQ=255) tattGTACTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgc < 1:7693912/126‑1 (MQ=255) tCTTGTCCTTAAATAATTTCAAATTATAGATTATCAGTAAGATCTTTTATTGTAAATTTTTCCATATAATCTACTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgc < 1:1590539/128‑1 (MQ=255) tCTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgc < 1:5418483/128‑1 (MQ=255) cTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgct > 1:4308763/1‑128 (MQ=255) cTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgct < 2:1078723/128‑1 (MQ=255) ttGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTTGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgcta < 2:5375312/128‑2 (MQ=255) ttGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgctt < 2:3905813/128‑1 (MQ=255) ttGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgctt > 2:6336480/1‑128 (MQ=255) ttGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgatt > 1:2852446/1‑128 (MQ=255) tGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgcttg < 1:7167636/128‑1 (MQ=255) tGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgcttg < 1:3864602/128‑1 (MQ=255) tGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgctag < 1:5720131/128‑3 (MQ=255) tGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgctag < 2:857040/128‑3 (MQ=255) tCCTGAATTAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgcttgct < 1:4154854/128‑1 (MQ=255) tCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGtgcttgct > 2:233540/1‑128 (MQ=255) cTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAg < 1:6416173/128‑1 (MQ=255) cTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAg < 1:187549/128‑1 (MQ=255) tGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGc > 1:1164909/1‑128 (MQ=255) tGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTACATATAATCTCCTTATAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATCTATAAACATAAAAAAAGTTCTTGATAGc > 1:5064077/1‑128 (MQ=255) 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aTAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCAt > 2:6180965/1‑128 (MQ=255) tAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCATa > 1:6090766/1‑128 (MQ=255) aaaaaaaGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAatat > 2:6800090/1‑105 (MQ=255) aaaaaaaGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCATaa < 2:3244971/128‑1 (MQ=255) aaaaaaaGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGAATCATTTATTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCATaa < 1:7014835/128‑1 (MQ=255) aaaaaaGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCATAAg < 1:1000174/128‑1 (MQ=255) | CTAGTTTATCTTGTCCTGAAATAATTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCATAAGT > CP016816/496228‑496482 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |