| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 496355 = | 4154 (1.140) | 212 (0.060) | 84/232 | 57.0 | 5.4% | intergenic (‑55/+29) | JCVSYN2_02275/JCVSYN2_02280 | HPr(Ser) kinase/phosphatase/ECF transporter S component |
| ? | CP016816 | 496379 = | 3670 (1.090) | intergenic (‑79/+5) | JCVSYN2_02275/JCVSYN2_02280 | HPr(Ser) kinase/phosphatase/ECF transporter S component | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 4191 total aligned reads displayed.
TTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCATAAGTTAATAGTGAATATAAAACTAATTC > CP016816/496252‑496506 | tttCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACttatta > 1:4562702/1‑128 (MQ=255) ttCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATTGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTAt < 2:1470808/128‑1 (MQ=255) tCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATc > 1:5615722/1‑128 (MQ=255) aaaTTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCaa > 2:2323310/1‑128 (MQ=255) aaaTTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCaa < 1:1868248/128‑1 (MQ=255) aaaTTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCaa > 1:6717782/1‑128 (MQ=255) aaTTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAAt > 2:5581288/1‑128 (MQ=255) aTTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAAtt > 2:2834398/1‑128 (MQ=255) aTTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAAtt > 2:4497682/1‑128 (MQ=255) ttttAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTa > 2:4628062/1‑128 (MQ=255) tttAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAg > 1:1721208/1‑128 (MQ=255) tttAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAg > 2:6983343/1‑128 (MQ=255) tAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCGTATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGaa > 1:2062367/1‑128 (MQ=255) gATTATCAGTAAGATATTTTATGTTAAATTTTTACATATAATCTGCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAata < 1:575755/128‑1 (MQ=255) ttATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATAtt < 1:6135519/128‑1 (MQ=255) tATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTa > 2:3000790/1‑128 (MQ=255) tATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTa < 2:4770485/128‑1 (MQ=255) aTCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTAc < 2:3343160/128‑1 (MQ=255) tCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACa < 1:161521/128‑1 (MQ=255) cAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAg > 1:283333/1‑128 (MQ=255) aGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGc > 1:3508368/1‑128 (MQ=255) tAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTAc > 2:6686799/1‑123 (MQ=255) gATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGcatcat > 2:6011259/1‑128 (MQ=255) tAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAAATTTACTATATTCATGTATAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTc < 1:5991549/128‑1 (MQ=255) aaaTTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCa < 1:7008521/128‑1 (MQ=255) aTTTTTCCATATAATCTCCTTATAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCAtt < 2:8858/128‑1 (MQ=255) tttCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTc > 2:5188240/1‑128 (MQ=255) tttCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTc > 2:3614162/1‑128 (MQ=255) ttCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCt > 2:3213953/1‑128 (MQ=255) ttCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCt > 1:6309483/1‑128 (MQ=255) ccATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTAt > 2:7144218/1‑128 (MQ=255) cATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTAtt < 1:3076731/128‑1 (MQ=255) atatAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGcatc > 1:5494694/1‑103 (MQ=255) ataATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTAttttt > 2:6524097/1‑128 (MQ=255) ataATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTAttttt > 2:6872829/1‑128 (MQ=255) ataATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTAttttt > 2:7866975/1‑128 (MQ=255) aaTCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTg < 2:6193170/128‑1 (MQ=255) aaTCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTg > 2:2184530/1‑128 (MQ=255) aTCTACTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGt < 1:3627735/128‑1 (MQ=255) tctcCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTa < 2:2431597/128‑1 (MQ=255) 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TTTCAAATTTTAGATTATCAGTAAGATCTTTTATGGTAAATTTTTCCATATAATCTCCTTTTAAACGTTAATATAATTTTACTATATTAATGTTTAAACATAAAAAAAGTGCTTGCTAGCACTTTTTATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCATAAGTTAATAGTGAATATAAAACTAATTC > CP016816/496252‑496506 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |