| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 143769 | 4160 (1.140) | 231 (0.070) | 82/226 | 56.6 | 5.8% | intergenic (+28/‑134) | JCVSYN2_00565/JCVSYN2_00570 | acetate kinase/phosphoenolpyruvate‑‑protein phosphotransferase |
| ? | CP016816 | = 143772 | 3772 (1.150) | intergenic (+31/‑131) | JCVSYN2_00565/JCVSYN2_00570 | acetate kinase/phosphoenolpyruvate‑‑protein phosphotransferase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 4228 total aligned reads displayed.
ATTAATTTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATAAAAGAAAGTAATAAATTATTATAATTCAAATTGATTATAAAGTTGTTTTTTTATCTTAGTAGATTAAAATTAATAATAGTTATTTATTTTATAGTAAGGATAAA > CP016816/143645‑143899 | attaattTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTaaa < 2:6561713/128‑1 (MQ=255)attaattTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTaaa < 1:3193835/128‑1 (MQ=255)attaattTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTaaa < 2:721682/128‑1 (MQ=255)attaattTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTaaa < 1:962077/128‑1 (MQ=255) aattTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAg > 1:3356942/1‑128 (MQ=255) aattTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAg > 1:6018584/1‑128 (MQ=255) ttCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTa < 2:2864964/128‑1 (MQ=255) ttCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTa < 1:7690954/128‑1 (MQ=255) ttCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTa < 1:2466408/128‑1 (MQ=255) tCTAGGGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTaa < 2:5389541/128‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |