| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 34945 | 1548 (0.690) | 685 (0.270) +AAA |
111/216 | 15.2 | 28.7% | intergenic (+49/+117) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH |
| ? | CP016816 | 34946 = | 1720 (0.670) | intergenic (+50/+116) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 832 total aligned reads displayed.
TTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/34819‑34945‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCTT > CP016816/34946‑35072 ||||| TTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGATGAACCAAGTACAAAGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGAATAAACCAAATACATTGTGTTTTGTATTTTTATTTAATATTG‑‑A > 1:1491088/1‑128 TTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTTTGTTTGGATATTTTATTTACTATTG‑‑AA > 1:4628851/1‑128 TACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAATTTTATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTCTGTTTGTTTTTTTTATTTACTATTA‑‑AAA > 1:2706221/1‑128 ACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTATGTTTTTTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAA > 1:2537411/1‑128 CTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAA > 1:2939504/1‑128 TCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGGGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTAACTATTG‑‑AAAAAAA > 1:3750958/1‑128 TCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAA > 1:458714/1‑128 TCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAA > 1:3202720/1‑128 TTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATTAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAA > 2:4982038/1‑128 TTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTTTTTTGTTTTTTTATTTACTATTT‑‑AAAAAAAAA > 1:2107814/1‑128 TTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAt > 2:5183065/1‑127 TTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAA > 1:352789/1‑128 TATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTTAGTTTGTTTTATTTATTTACTATTT‑‑AAAAAAAAAAA > 1:227734/1‑128 ATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAACCCAAATAGATTGAGTTTGGATTTTTTATTTACTATTG‑‑Atataataacaa > 1:966586/1‑117 ATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTT‑‑AAAAAAAAAAAA > 2:4564410/1‑128 ATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAAAA > 2:3642468/1‑128 TGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAAAAA > 1:4282981/1‑128 GAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAAAAAA > 2:318977/1‑128 AGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑ATAAAAAAAAAAAAA > 1:1814060/1‑128 AGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAAAAAAt > 1:4170040/1‑127 AGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAAAAAAA > 2:3489523/1‑128 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CAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAaa > 2:1079003/1‑126 CAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTATGGTTTTTTTATTTACTATTA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAaa > 1:1888579/1‑126 CAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACAAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAAAAAATAAAaa > 1:4028125/1‑126 CAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAaattt > 1:614672/1‑123 AAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAtaaaaaaa > 2:808337/1‑120 AGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGTTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAaaaatat > 2:1517595/1‑121 GAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAATTAAAATtacaa > 1:1650946/1‑123 AGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAA‑‑AATATAATTTTCA > 1:5209914/1‑128 GTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAAAAAAAATATAATAatttgaat > 2:571032/1‑120 GTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAaaaattttaa > 1:5323187/1‑118 GTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAtaattt > 1:861281/1‑122 GTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAA‑‑AATAGAATTTGCAT > 1:4250898/1‑128 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |