New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP016816 | 76896 = | 1458 (0.790) | 234 (0.140) | 116/224 | 16.5 | 15.6% | intergenic (‑145/+40) | JCVSYN2_00300/JCVSYN2_00305 | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/hypothetical protein |
? | CP016816 | = 76892 | 1223 (0.740) | intergenic (‑141/+44) | JCVSYN2_00300/JCVSYN2_00305 | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 1674 total aligned reads displayed.
TTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑TTTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCAATTATTAGAATTTCAATTTCACAGATGAATTGATTTCTTCTAATAATTTGTCTATATAGATGTTTTTTATATCTAAATCAGTGATCTTTACT > CP016816/76769‑77023 | atatatatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑tttttt > 1:1004602/1‑128 (MQ=255) atatatTTTTTAAATTAAGGTTGTATAATTAAAATTAATAATAACTGTACAAACCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑TAAAAATATTAAAAA‑tttttttt < 2:1705617/128‑1 (MQ=255) atatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑tttttttttt > 2:1033688/1‑128 (MQ=255) tatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAGGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑ttttttttttt > 1:1351851/1‑128 (MQ=255) tatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑ttttttttttt > 1:3228581/1‑128 (MQ=255) atTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑tttttttttttt > 2:1553379/1‑128 (MQ=255) atTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAAAATTACAAC‑ttttgatttttt > 1:2592317/1‑128 (MQ=255) ttAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑ttttttttttttt > 2:2768138/1‑128 (MQ=255) tAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑tttttttttttttt > 1:2940968/1‑128 (MQ=255) gAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑tttttttattttttatta > 2:1210685/1‑124 (MQ=255) atttattttttataATAAAAATTTAAAAAAAATTTAAAACCCAAAATTCCCTTTAAAATAAAATAAAAATATAAAAAAATAAATTTTTTAAA‑TAAAAATATTA‑AAA‑ATTTTTTTTTTTTTTTGGAACt < 2:3314425/118‑1 (MQ=255) tAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑tttttttttttttttttaaaaaa > 1:968718/1‑121 (MQ=255) tAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTGGAACTaa > 2:3818964/1‑128 (MQ=255) aaGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑ttttttttttttttgtaaataaaa > 1:3997047/1‑118 (MQ=255) aGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATATATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑tttttttttttttttgaaaatacat > 2:2520882/1‑118 (MQ=255) aGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑ttttttttttttttttttaaataaa > 1:744880/1‑119 (MQ=255) aTGTTTAATACAAATTAATAATAACTTTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTAAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑TAAAAATATTAAAAC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACAtata < 2:1821637/128‑1 (MQ=255) aTGTATAATAAAAATTAATAATAACTGTAAAAACCAAAATACCATTTAAATTAAAATAAAATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATaa < 2:3194139/128‑1 (MQ=255) tGTATAATAAAAATTAAATATAAATGTTCATACAAAATTACTCTTTTAATTAAAATTAAATTAAATAAATTTAATTTTTTTAAT‑TAAAAATATTACAAT‑TTTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACatat < 2:3696639/128‑1 (MQ=255) ttataATTAAAATTAATAATAATTGTACAACACAAATTACCATTTAAATTAATATAAATTTATATAAATATAAATTTTTTAAA‑TAAAAATATTACAAC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAAt < 2:2610789/127‑1 (MQ=255) tctaataCAAAATACTAAAAAAAGTTAAAACCAAAAAACCCTTTTAAATAAAATAAAATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑TAAAAAAATTACAAC‑‑‑ATTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAAtt < 1:1688068/126‑1 (MQ=255) tataATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑TTTTTTTTTTTTTTTT‑AAACTAAAATATaaa > 1:2322946/1‑127 (MQ=255) tataATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑TTTTTTTTTTTTTTT‑‑GAACTAACATATAAtt > 2:3955867/1‑128 (MQ=255) aCAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑TTTTTTTTTTTTTTT‑‑GAACTAACATATAATTTTAcaa > 1:1258659/1‑126 (MQ=255) cAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTGTAACTAAAATATAATTTTaaaa > 2:3264615/1‑125 (MQ=255) aaaTTAAAAAAAACTGTACAAAACAAAATTCCATTTAAATTAAAATTAAATTATATAAATATAAAATTTTTAAA‑TAAAAAAAATAAAAC‑TTTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCa < 1:146273/128‑1 (MQ=255) aaatattaataaCTTTAAAAACAAAAATACCATTTAAATTAAAATAAAATTATATAAATATAAATTTTTTAAA‑TAAAAATATTAAAAC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCAat < 1:2170685/122‑1 (MQ=255) aTTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTGGAAATAACATTTAATTTTACAAatt > 2:1886807/1‑128 (MQ=255) taataaATGTAAAAACAAAATTTCTTTTTAAATTAAATTAATATTTAATTAATTTATTTTTTTTAAA‑GAATAATATTACAAC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCAATTATTAGa < 2:3392029/128‑1 (MQ=255) aaataaATTTAAAAACCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAAAATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑TAAAAATATTACAAC‑‑‑ATTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCAATTATTAGa < 1:155972/127‑1 (MQ=255) ataaCTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTGGAAATAACATATAATTTTACCAAtttttatat > 2:1769352/1‑125 (MQ=255) taaCTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTGTAACTAACATATAATTTTACAAATTATTAGaat > 1:2483232/1‑128 (MQ=255) taaCTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCAATTATTAGaat > 1:3836654/1‑128 (MQ=255) taaCTGTAAAACCCAAATTCACCTTTAAATTAAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑TAAAAATATTAAAAC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCAATTATTAGaat < 1:2815273/128‑1 (MQ=255) 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TTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAA‑GAAAAATATTACAAC‑TTTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCAATTATTAGAATTTCAATTTCACAGATGAATTGATTTCTTCTAATAATTTGTCTATATAGATGTTTTTTATATCTAAATCAGTGATCTTTACT > CP016816/76769‑77023 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |