New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP016816 | 76896 = | 1458 (0.790) | 234 (0.140) | 116/224 | 16.5 | 15.6% | intergenic (‑145/+40) | JCVSYN2_00300/JCVSYN2_00305 | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/hypothetical protein |
? | CP016816 | = 76892 | 1223 (0.740) | intergenic (‑141/+44) | JCVSYN2_00300/JCVSYN2_00305 | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 1608 total aligned reads displayed.
AAATTTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCAATTATTAGAATTTCAATTTCACAGATGAATTGATTTCTTCTAATAATTTGTCTATATAGATGTTTTTTATATCTAAATCAGTGATCTT > CP016816/76765‑77019 | aaaTTTATATATTTTAGTGAAATTAAGGTTGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAAACCAAATTCCCCTTTAAATTAAAATAACATTATATAAATATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAc < 2:1053914/128‑1 (MQ=255) aaTTTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑t > 2:3106682/1‑128 (MQ=255) aTTTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑tt > 1:770636/1‑128 (MQ=255) ttATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑tttt > 2:453905/1‑128 (MQ=255) atatatatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑tttttt > 1:1004602/1‑128 (MQ=255) tatatatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑ttttttt > 1:1949356/1‑128 (MQ=255) tatattatatAACTTAACTAAGTATAAAACAAATTAAATAAAACTGTACAACCAAAAATTCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGAAAAATTTTTTAAATAAAAATATTAAAAC‑‑ttttttttt < 1:1626111/128‑1 (MQ=255) tatatTAGTTAAATTTATGATTTTATATAAAAATTAATAATAAATGTACAACCCAAATTACACTTTAAATTAAAAAAAAATTATATAAAGATAAATTTTTTAAATAAAAATATTAAAAC‑‑ttttttttt < 2:2939583/128‑1 (MQ=255) tatatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATCCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑ttttttttt > 2:2620702/1‑128 (MQ=255) tatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAGGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑ttttttttttt > 1:1351851/1‑128 (MQ=255) atTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑tttttttttttt > 1:324449/1‑128 (MQ=255) atTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCAAAATTCCACTTTAAATTCAAATAACATTATATAAATATAAAATTTTTAAATAAAAATATTACAAC‑‑tttttttttttt > 1:70204/1‑128 (MQ=255) ttaatgtaattAAGGTTGTATAATTCAAATTAATAAAAAATGTTCAACCCAAATTCCCCTTTAAATTAAAAAAACATTATTAAAATATAAATTTTTTAAATAAAAATATTACAAA‑‑ttttttttttttt < 2:1153749/119‑1 (MQ=255) tAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑tttttttttttttt > 2:1290577/1‑128 (MQ=255) gAACTTAAGGATGTATAAAACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑tttaattttttttttaaa > 1:3101898/1‑125 (MQ=255) aatgATTTATAATAAAAATTAATAAAAACTGTACAAACCAAATTACCCTTTAAAATTAAAAAACATTATATAAATATAAATTTTTTAAATAAAAATATTACAAA‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTGGAACTaa < 2:927831/125‑1 (MQ=255) 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AAATTTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCAATTATTAGAATTTCAATTTCACAGATGAATTGATTTCTTCTAATAATTTGTCTATATAGATGTTTTTTATATCTAAATCAGTGATCTT > CP016816/76765‑77019 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |