| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 117946 = | 2200 (1.190) | 66 (0.040) | 55/210 | 30.8 | 3.5% | intergenic (+67/+792) | JCVSYN2_00460/JCVSYN2_00465 | ABC transporter substrate‑binding protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
| ? | CP016816 | = 117942 | 1807 (1.160) | intergenic (+63/+796) | JCVSYN2_00460/JCVSYN2_00465 | ABC transporter substrate‑binding protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 2274 total aligned reads displayed.
AAATTGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑TATTATTATTATTATTATTATTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACTATATTTAAAC > CP016816/117819‑118073 | aaaTTGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tatt < 2:691030/128‑1 (MQ=255) gaagagaagaATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattattat > 2:3217521/1‑128 (MQ=255) aagagaagaATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTATTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattattatt > 2:520255/1‑128 (MQ=255) agagaagaATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattattatta < 2:2522934/128‑1 (MQ=255) gagaagaATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattattattat < 2:2354374/128‑1 (MQ=255) agaagaATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattattattatt > 1:3294942/1‑128 (MQ=255) gaagaaTGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTAATAAAAATACAAATTTTGAACAGCAACAA‑‑‑tattattattatta > 1:1057105/1‑128 (MQ=255) aagaaTGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattattattattat > 2:2184171/1‑128 (MQ=255) aagaaTGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattattattattat < 2:3283212/128‑1 (MQ=255) agaaTGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattattattattatt > 1:4017672/1‑128 (MQ=255) agaaTGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattattattattatt > 1:2268914/1‑128 (MQ=255) gaaTGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattattattattatta > 1:343282/1‑128 (MQ=255) aaTGAAAAAAAGACTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattattattattattat < 1:2577747/128‑1 (MQ=255) aTGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattattattattattatt < 1:3531225/128‑1 (MQ=255) aaaaaGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tatta < 2:1198458/109‑1 (MQ=255) aaaaaGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑TATTATTATTATTATTATTattaa < 1:3834813/128‑1 (MQ=255) 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acaa‑‑‑TATTATTATTATTATTATTATTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACtata > 2:927713/1‑128 (MQ=255) aa‑‑‑TATTATTATTATTATTATTATTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAATCTGAAACTATAtt > 2:167849/1‑128 (MQ=255) tcattattattattattattattatTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACtata < 1:1418786/124‑1 (MQ=255) a‑‑‑tatTATTATTATTATTATTATTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACTATAttt < 2:3680918/128‑1 (MQ=255) a‑‑‑tatTATTATTATTATTATTATTAATTATAAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACTATAttt < 1:3023157/128‑1 (MQ=255) tattattattattattattatTAATTATCAAGCATATAAAATTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAACATGAAAAAAGATTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACTATATTTa > 2:2037217/1‑128 (MQ=255) | AAATTGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑TATTATTATTATTATTATTATTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACTATATTTAAAC > CP016816/117819‑118073 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |