| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_021214 | = 1724963 | 334 (1.490) | 6 (0.030) | 5/440 | 14.8 | 2.1% | coding (45/870 nt) | TMARI_RS08945 | ABC transporter permease |
| ? | NC_021214 | = 1725091 | 248 (1.140) | coding (173/870 nt) | TMARI_RS08945 | ABC transporter permease | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
CGAGAACATCTTCAGAATACCAGGTTTGGGACAACTCTTTGCTAATGCAGCAGTCACTAGAGACTATCCACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTAATAGGGGGAGTTTTTGTTTTAATCCTTATAGCACTTGCAATACTGGCTCCCTATATTGCTCCATATCCTTACGACGAGCCTCACTATATCAGGGCTTTCGAGGGACCAAGCAAGGATTTCATATTCGGAACTGACGCATTGGGAAGAGATCTTTTCAGTAGAATTCTGTATAGTTTGAGAAACGCATGTATTATAGGTTTCG > NC_021214/1724727‑1725201 | gagaACATCTTCAGAATACCAGGTTTGGGACAACTCTTTGCTAATGCAGCAGTCACTAGAGACTATCCACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCt > 2:125030/1‑237 (MQ=255) aCAACTCTTTGCTAATGCAGCAGTCACTAGAGACTATCCACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATgg < 1:631312/238‑1 (MQ=255) aCTCTTTGCTAATGCAGCAGTCACTAGAGACTATCCACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGt > 2:50898/1‑239 (MQ=255) ctctTTGCTAATGCAGCAGTCACTAGAGACTATCCACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCCTTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTa > 1:272789/1‑239 (MQ=255) ctctTTGCTAATGCAGCAGTCACTAGAGACTATCCACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTa > 2:659331/1‑239 (MQ=255) ctctTTGCTAATGCAGCAGTCACTAGAGACTATCCACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGAACATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTa > 2:485449/1‑239 (MQ=255) tGCAGCAGTCACTAGAGACTATCCACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAATGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTAATAGGGGGAGt > 2:852680/1‑239 (MQ=255) gcagTCACTAGAGACTATCCACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCa > 1:72562/1‑221 (MQ=255) cttAGAGACTATCCACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTAATAGGGGGAGTTTTTGTTTTa < 2:545446/237‑1 (MQ=255) tAGAGACTATCCACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTAATAGGGGGAGTTTTTGTTTTAAt < 1:717014/239‑1 (MQ=255) tAGAGACTATCCACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTAATAGGGGGAGTTTTTGTTTTAAt < 2:553356/239‑1 (MQ=255) tAGAGACTATCCACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTAATAGGGGGAGTTTTTGTTTTAAt < 2:680743/239‑1 (MQ=255) aCTATCCACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTAATAGGGGGAGTTTTTGTTTTAATCCTta > 2:138434/1‑239 (MQ=255) cTATCCACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTAATAGGGGGAGTTTTTGTTTTAATCCTtat > 1:872262/1‑239 (MQ=255) aTCCACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTAATAGGGGGAGTTTTTGTTTTAAt > 1:55859/1‑231 (MQ=255) aTCCACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTAATAGGGGGAGTTTTTGTTTTAATCCTTATAg > 1:80370/1‑239 (MQ=255) 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ccACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTAATAGGGGGAGTTTTTGTTTTAATCCTTATAGc > 2:159924/1‑238 (MQ=255) ccACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTAATAGGGGGAGTTTTTGTTTTAATCCTTATAGc > 2:943057/1‑238 (MQ=255) ccACTTTTAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTAATAGGGGGAGTTTTTGTTTTAATCCTTATAGCa > 2:223383/1‑239 (MQ=255) ttttAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTAATAGGGGGAGTTTTTGTTTTAATCCTTATAGCACtt > 2:72439/1‑238 (MQ=255) ttttAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTAATAGGGGGAGTTTTTGTTTTAATCCTTACAGCACTTg < 1:776620/239‑1 (MQ=255) tttAGTAACTTCCACATTTATACTTGCCCTTACCGTTATGATCATGAACCTTATAGTTGATGTTCTTTATGCAATTCTCGATCCCAGAATAAAACTGGATTAAGGAGGTAATAAATCGGCATGTTAAGAAAAAATAAAACGGAATCCATTGGTTACTGGAAAGCCTTCTGGTTAAGATTCAAAAAAAACAAAATGGCAGTAATAGGGGGAGTTTTTGTTTTAATCCTTATAGCACTTGc < 1:50898/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |