| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_021214 | 454940 = | 323 (0.930) | 6 (0.020) | 5/434 | 25.0 | 1.8% | coding (1064/1104 nt) | TMARI_RS02195 | pectate trisaccharide‑lyase |
| ? | NC_021214 | 1085145 = | 326 (0.980) | coding (728/759 nt) | TMARI_RS05450 | DeoR/GlpR transcriptional regulator | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
GTACTCTGCATTCAGTTCCCTGAGGTACTTTGTGACGAGAATGTACGTTGCTTTCAACCTTTCTTCGTCGATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAGATGTGCCAGCGATCTTTTTCCTATTTTGCTGAAGTCAGCGAGTACGAAGATCTCTTCCGCTCTTTCCACGAAAATTCCTTTTATTCCCATTTCCATGGTGTTTATTTCGTAGGTTCCTTCTTCCGCAGTCACTCCTCTACAGGAGACAAAGGCTTTTTTCACAGAGA > NC_021214/1084907‑1085382 | gtACTCTGCATTCAGTTCCCTGAGGTACTTTGTGACGAGAATGTACGTTGCTTTCAACCTTTCTTCGTCGATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGaa < 1:157925/240‑1 (MQ=255) ctGCATTCAGTTCCCTGAGGTACTTTGTGACGAGAATGTACGTTGCTTTCAACCTTTCTTCGTCGATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATAtt > 1:103034/1‑239 (MQ=255) tGCATTCAGTTCCCTGAGGTACTTTGTGACGAGAATGTACGTTGCTTTCAACCTTTCTTCGTCGATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTc > 2:1148483/1‑240 (MQ=255) cATTCAGTTCCCTGAGGTACTTTGTGACGAGAATGTACGTTGCTTTCAACCTTTCTTCGTCGATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCat > 2:1208726/1‑240 (MQ=255) tCCCTGAGGTACTTTGTGACGAGAATGTACGTTGCTTTCAACCTTTCTTCGTCGATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGAt < 1:592659/238‑1 (MQ=255) tCCCTGAGGTACTTTGTGACGAGAATGTACGTTGCTTTCAACCTTTCTTCGTCGATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGAt < 1:924980/238‑1 (MQ=255) cccTGAGGTACTTTGTGACGAGAATGTACGTTGCTTTCAACCTTTCTTCGTCGATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGAttt > 1:211210/1‑239 (MQ=255) gACGAGAATTTACGTTTCTTTCAACCTTTCTTCGTCGAGGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTc < 2:17066/240‑1 (MQ=255) gACGAGAATGTACGTTGCTTTCAACCTTTCTTCGTCGATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTc < 2:549746/240‑1 (MQ=255) gACGAGAATGTACGTTGCTTTCAACCTTTCTTCGTCGATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTc > 2:753844/1‑240 (MQ=255) aCGAGAATGTACGTTGCTTTCAACCTTTCTTCGTCGATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCg > 2:609372/1‑240 (MQ=255) aTGTACGTTGCTTTCAACCTTTCTTCGTCGATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGtgatg < 1:1104850/240‑1 (MQ=255) aCGTTGCTTTCAACCTTTCTTCGTCGATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTgatgaga < 2:1369214/239‑1 (MQ=255) tGCTTTCAACCTTTCTTCGTCGATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAgatgat < 2:698968/239‑1 (MQ=255) ccTTTCTTCGTCGATGTCCATCAGTACCAGTCTAGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTc < 2:340739/240‑1 (MQ=255) tcgtcgATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCgggg > 1:471516/1‑239 (MQ=255) cgtcgATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTa < 2:268206/240‑1 (MQ=255) cgtcgATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTa < 2:103034/240‑1 (MQ=255) gATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATCCAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTACACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAg < 2:314164/240‑1 (MQ=255) aTGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCa > 2:1257499/1‑238 (MQ=255) gTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCATCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGCCTTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGGGATGCGACGATCGATTTTTTCTGCGTGTATCAGCTGTGCCAGCg > 2:507964/1‑240 (MQ=25) gTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAGATGTGCCAGCg > 2:1246701/1‑240 (MQ=255) acaaGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCACCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAGATGTGCCAGCGa > 1:855199/4‑239 (MQ=255) cAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAGATGTGCCAGCGATCt > 2:924638/1‑240 (MQ=255) tGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAGATGTGCCAGCGATCttttt > 1:292150/1‑238 (MQ=255) tGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAGATGTGCCAGCGATCttttt > 2:626328/1‑238 (MQ=255) cccATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAGATGTGCCAGCGATCTTTTTCCTAt < 1:1025886/240‑1 (MQ=255) aTACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGc > 2:1126460/1‑204 (MQ=255) aTACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAGATGTGCCAGCGATCTTTTTCCTAtttt > 2:25822/1‑240 (MQ=255) aTACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAGATGTGCCAGCGATCTTTTTCCTAtttt > 1:964433/1‑240 (MQ=255) aTACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAGATGTGCCAGCGATCTTTTTCCTAtctt > 2:1098645/1‑240 (MQ=255) aaTCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAGATGTGCCAGCGATCTTTTTCCTATTTTGCTGa < 1:599795/240‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAGATGTGCCAGCGATCTTTTTCCTATTTTGCTGa > 1:1195478/1‑240 (MQ=255) ggTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAGATGTGCCAGCGATCTTTTTCCTATTTTGCTGAAGTCa < 2:349480/240‑1 (MQ=255) gtCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAGATGTGCCAGCGATCTTTTTCCTATTTTGCTGAAGTCAGCg < 2:1190160/240‑1 (MQ=255) gtCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAGATGTGCCAGCGATCTTTTTCCTATTTTGCTGAAGTCAGCg < 2:123312/240‑1 (MQ=255) gtCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAGATGTGCCAGCGATCTTTTTCCTATTTTGCTGAAGTCAGCg > 1:426253/1‑240 (MQ=255) 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2:895086/1‑240 (MQ=255) | GTACTCTGCATTCAGTTCCCTGAGGTACTTTGTGACGAGAATGTACGTTGCTTTCAACCTTTCTTCGTCGATGTCCATCAGTACCAGTCTTGACCCATACAAATCCGGTGTCTTCGCCAGGTCCCCTACCAGCTTGATCGTGTACCTCACACTCCCCGCTCCTACAAATACTATGGTAGGCATGTGTGCACCTCCCTGTTGAATTAATCAATAAACAATTTCCACACCTTTTTCCCTGAATATTTCATATTGATTTTCTGGAGGTTTTCTGTCGGTGATGAGATGATCGATTTTTTCTGCGGGTATCAGATGTGCCAGCGATCTTTTTCCTATTTTGCTGAAGTCAGCGAGTACGAAGATCTCTTCCGCTCTTTCCACGAAAATTCCTTTTATTCCCATTTCCATGGTGTTTATTTCGTAGGTTCCTTCTTCCGCAGTCACTCCTCTACAGGAGACAAAGGCTTTTTTCACAGAGA > NC_021214/1084907‑1085382 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |