Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F24 I1 R1
|
60 |
68.7 |
2919236 |
98.6% |
2878366 |
146.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
1,555,877 |
G→T |
intergenic (‑64/‑220) |
PP_1366 ← / → purU‑II |
transcriptional regulator MvaT/formyltetrahydrofolate hydrolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 1,555,877 | 0 | G | T | 98.5%
| 225.9
/ ‑6.5
| 67 | intergenic (‑64/‑220) | PP_1366/purU‑II | transcriptional regulator MvaT/formyltetrahydrofolate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (30/36); minor base A (1/0); total (31/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
ATCCTGCGACAGATTGGCCAGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAAGTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCGGGCTTGCATATGCCATCGC > NC_002947_CJ‑RC/1555733‑1556021
|
aTCCTGCGACAGATTGGCCAGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTaaa > 6:287755/1‑149 (MQ=255)
tCCTGCGACAGATTGGCCAGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTaaa > 4:271038/1‑148 (MQ=255)
tCCTGCGACAGATTGGCCAGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAAc < 8:312862/149‑1 (MQ=255)
cGACAGATTGGCCAGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATa < 3:95620/147‑1 (MQ=255)
aCAGATTGGCCAGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGAt > 4:123078/1‑149 (MQ=255)
gATTGGCCAGGCGGGCCTGAAGTTCATTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCATTACTCGCAATTAAACATAAGATTgg > 5:45421/1‑149 (MQ=255)
aGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTaa < 8:52605/149‑1 (MQ=255)
aGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTaa < 7:302202/149‑1 (MQ=255)
aGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTa > 3:158182/1‑148 (MQ=255)
cGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTTGGTCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTg < 2:290993/149‑1 (MQ=255)
cGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTg < 2:119787/149‑1 (MQ=255)
gggCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGt < 1:4436/149‑1 (MQ=255)
ggCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGTGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGtt < 1:294796/149‑1 (MQ=255)
cTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGttaat > 1:132187/1‑149 (MQ=255)
aaGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGttaattaa < 6:348211/149‑1 (MQ=255)
aaGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGttaatt < 6:302703/147‑1 (MQ=255)
aGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGTGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGTGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAg < 6:184743/149‑1 (MQ=255)
cTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCtgt < 1:45017/148‑1 (MQ=255)
gATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGa > 6:267947/1‑147 (MQ=255)
gATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGa < 8:294351/147‑1 (MQ=255)
aTGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAg < 8:267810/149‑1 (MQ=255)
aTGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAg > 2:36610/1‑149 (MQ=255)
ggTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTAc < 5:42176/149‑1 (MQ=255)
gcgcGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGa < 3:271038/149‑1 (MQ=255)
gcgGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGaa > 7:89488/1‑148 (MQ=255)
gTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAAtttt < 8:123831/148‑1 (MQ=255)
gTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTa > 6:185694/1‑149 (MQ=255)
gTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAAAGTGTGGGGCAATAATAGACAGACCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGTTCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTa > 7:44328/1‑149 (MQ=255)
tCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACatat < 6:248766/149‑1 (MQ=255)
aGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGc < 2:42438/149‑1 (MQ=255)
gggACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTctct < 5:30584/124‑1 (MQ=255)
gggACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTctct > 6:30584/1‑124 (MQ=255)
ggACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGccc > 8:153694/1‑149 (MQ=255)
tGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGc < 7:366626/149‑1 (MQ=255)
tGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGc < 6:219647/149‑1 (MQ=255)
ttCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTcc < 4:246536/148‑1 (MQ=255)
ttCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTcc < 4:243691/148‑1 (MQ=255)
ttCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCct > 7:305933/1‑149 (MQ=255)
ttCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCct > 7:238518/1‑149 (MQ=255)
ttCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCct < 7:104300/149‑1 (MQ=255)
ccTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACCTAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCctc < 8:164266/148‑1 (MQ=255)
ccTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCctc < 8:169392/148‑1 (MQ=255)
ccTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCctc < 3:223394/148‑1 (MQ=255)
cTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCtt > 8:90457/1‑149 (MQ=255)
cTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCtt > 6:258266/1‑149 (MQ=255)
cTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCtt < 5:267947/149‑1 (MQ=255)
cTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTATACATATGCACCGTGCGTTTCATCtt > 8:363541/1‑149 (MQ=255)
aaTGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTtgt < 1:290464/148‑1 (MQ=255)
aTGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGAGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATCTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTtgtct < 4:158182/149‑1 (MQ=255)
cAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAg > 6:298985/1‑149 (MQ=255)
aGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAgc > 7:81026/1‑149 (MQ=255)
gAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAgcg > 1:99998/1‑149 (MQ=255)
aaaTGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAgcgc > 5:263939/1‑149 (MQ=255)
gtgGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCgtgt > 7:71900/1‑149 (MQ=255)
gggCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGc > 4:26518/1‑149 (MQ=255)
ggCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCg > 2:57559/1‑149 (MQ=255)
ataGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCgg < 8:170021/148‑1 (MQ=255)
ataGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCgg < 6:256727/148‑1 (MQ=255)
ataGACAGCCCATACTCGCAAATAAACAAAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCggg > 3:48261/1‑149 (MQ=255)
taGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGTGTTTCGGGc < 5:298985/149‑1 (MQ=255)
gACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCAGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCGGGCtt < 8:194830/149‑1 (MQ=255)
cAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCGGGCTTGc < 5:287755/149‑1 (MQ=255)
cccATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCGGGCTTGCata > 8:82704/1‑149 (MQ=255)
aTACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCGGGCTTGCATATGc > 1:273397/1‑149 (MQ=255)
tCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCGGGCTTGCATATGCCATc > 1:78746/1‑149 (MQ=255)
cGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCGGGCTTGCATATGCCATcg > 8:73192/1‑149 (MQ=255)
gCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCGGGCTTGCATATGCCATcgc > 5:99114/1‑149 (MQ=255)
|
ATCCTGCGACAGATTGGCCAGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAAGTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCGGGCTTGCATATGCCATCGC > NC_002947_CJ‑RC/1555733‑1556021
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGTCATCCTGCGACAGATTGGCCAGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAAGTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCGGGCTTGCATATGCCATCGCG > NC_002947_CJ‑RC/1555729‑1556022
|
TGTCATCCTGCGACAGATTGGCCAGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATT > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21501:17275:18747/1‑150 (MQ=60)
GCGACAGATTGGCCAGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAA < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11207:3010:17232/149‑1 (MQ=60)
AGATTGGCCAGGCGGGCCTGAAGTTCATTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCATTACTCGCAATTAAACATAAGATTGGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11410:7934:6179/1‑151 (MQ=60)
CAGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAAC < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21510:19607:10688/151‑1 (MQ=60)
CAGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAA > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11307:12903:17239/1‑150 (MQ=60)
CGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTT < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11101:6711:16635/151‑1 (MQ=60)
GGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGTGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTA < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21210:15922:2114/151‑1 (MQ=60)
CCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATT > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11301:5652:14009/1‑151 (MQ=60)
CCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11109:10885:4286/150‑1 (MQ=60)
CGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11409:2575:12128/151‑1 (MQ=60)
GGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAA < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21208:24093:8436/151‑1 (MQ=60)
CGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAAC > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11505:6569:13674/1‑150 (MQ=60)
CGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAAAGTGTGGGGCAATAATAGACAGACCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGTTCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTAC > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11409:18369:5863/1‑151 (MQ=60)
AGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTA < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11407:5954:5182/126‑1 (MQ=60)
ATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21611:14685:4880/151‑1 (MQ=60)
GTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21511:23522:5061/1‑151 (MQ=60)
GTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21410:8497:8309/1‑151 (MQ=60)
GTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTC < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11508:7005:9239/151‑1 (MQ=60)
TCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21108:16543:18241/150‑1 (MQ=60)
CCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21505:24419:16841/151‑1 (MQ=60)
TAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTC < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21209:6072:5579/150‑1 (MQ=60)
CAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11504:19801:2167/1‑151 (MQ=60)
AGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11207:12919:10254/1‑151 (MQ=60)
GAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21504:15726:19697/1‑151 (MQ=60)
TGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTG > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11502:11585:6769/1‑151 (MQ=60)
AATAGACAGCCCATACTCGCAAATAAACAAAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCGGGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11110:11912:12629/1‑151 (MQ=60)
ATAGACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGTGTTTCGGGCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21512:23039:2510/151‑1 (MQ=60)
ACAGCCCATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCGGGCTTGCA < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21509:10409:17288/151‑1 (MQ=60)
CATACTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCGGGCTTGCATATGCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21205:13636:15557/1‑151 (MQ=60)
CTCGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCGGGCTTGCATATGCCATCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11203:15546:9919/1‑151 (MQ=60)
CGCAATTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCGGGCTTGCATATGCCATCGCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11508:4726:12705/1‑151 (MQ=60)
|
TGTCATCCTGCGACAGATTGGCCAGGCGGGCCTGAAGTTCCTTGATGGCTTCTTCGGTGGCGCGGTACTCGTTGATCAGGGACATGGAGTGTTCCTTAATGCGTGTTCAGAAATGTGTGGGGCAATAATAGACAGCCCATACTCGCAAGTAAACATAAGATTGGGCAATTAACTGTTAATTAAGCTGTGACAGCATTTCTCTACGTGAACAAAATTTTACATATGCCCCGTGCGTTTCCTCTTGTCTGTCAGGCAGCGCCCGTGTGGCGTTTCGGGCTTGCATATGCCATCGCG > NC_002947_CJ‑RC/1555729‑1556022
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
