Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F14 I0 R1
|
206 |
76.7 |
3255580 |
98.8% |
3216513 |
146.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
2,824,518 |
A→C |
20.8% |
E44A (GAG→GCG) |
PP_2478 → |
isoquinoline 1‑oxidoreductase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 2,824,518 | 0 | A | C | 20.8%
| 82.9
/ 6.9
| 51 | E44A (GAG→GCG) | PP_2478 | isoquinoline 1‑oxidoreductase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/26); new base C (8/3); total (22/29) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.92e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTGAGGAGGCGTGAGATGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGTATTGCCATGATGGTCGCC > NC_002947_CJ‑RC/2824373‑2824666
|
ttGAGGAGGCGTGAGATGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAggc < 1:49653/149‑1 (MQ=255)
aggaggCGTGAGATGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGcggcgg > 8:313001/1‑148 (MQ=255)
ggCGTGAGATGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGc < 5:145389/148‑1 (MQ=255)
tGAGATGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCgg > 6:321844/1‑146 (MQ=255)
tGAGATGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCa < 5:363864/148‑1 (MQ=255)
tGAGATGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCCCCGCGGCGGCTGGGGCAg > 3:47064/1‑149 (MQ=255)
gaTGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGt < 6:56296/148‑1 (MQ=255)
aaaaaGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCCGCCGCCGAGGCGGCGGCGGCAGggcggcg > 4:373773/1‑148 (MQ=255)
aaaGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCtt < 5:239042/148‑1 (MQ=255)
cTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCTGCGGTATCGCCCTCTGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGa < 5:280895/148‑1 (MQ=255)
cTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGa < 7:20073/148‑1 (MQ=255)
gACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCACCCCCCCCGGCGGGGGCGGCAGGGCGGCTTGGTGATGACAAcgcg > 7:353821/1‑148 (MQ=255)
cTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAg < 1:71937/149‑1 (MQ=255)
cTGTTGATATGTCCCGGCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCgg < 5:340134/147‑1 (MQ=255)
gTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAgg > 8:241618/1‑148 (MQ=255)
ttGATATGTCCCGGCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCTGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAgg < 1:25606/147‑1 (MQ=255)
tGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAggcg > 7:127149/1‑109 (MQ=255)
tGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAggcg < 8:127149/109‑1 (MQ=255)
tatGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTAc < 5:321844/148‑1 (MQ=255)
tGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCCCCGACGCGGCGGGGGCCGGTGGGGGTGGTGTTAACACCCCGGCGGGtttaggt > 3:177013/1‑144 (MQ=255)
tCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGc > 2:237118/1‑149 (MQ=255)
cccGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGc < 5:250212/148‑1 (MQ=255)
cGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCt > 6:207258/1‑148 (MQ=255)
cGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCACCCGCCCAGGCGGCTGCCGCAGGGCGGCGTGGTGTACACTACCCGGACGGTTAAGGTGGCt > 8:383705/1‑148 (MQ=255)
gTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCCCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCttt > 2:74769/1‑149 (MQ=255)
gccTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCCCCCAGGCGGCGGCGGCAGGGCGGCGTGGTGATAACTCCGCGGTGGGTTAGGGGGGCATTGTGCg > 4:223698/1‑148 (MQ=255)
ctctTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCa < 5:207258/148‑1 (MQ=255)
ctTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCCGCCGCCGCGGCGGCGGGGGCCGGTGGGCTTGGTGGTCACTCCCCGGGGGGTTTAGGTGCCTTTGTCCGccat > 8:43523/1‑145 (MQ=255)
aTCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGCGGCGGCGGCGGCCGGTCGGCGTGGTGAGCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGGCGTTGTACGCATTGGCCCCGATGGCGTgg > 8:87847/1‑148 (MQ=255)
tCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTc < 4:109524/149‑1 (MQ=255)
gcgctctGTGGCTTGGGGTTTTTTCCGTGGCTACCGCGGCTGGTGCCAAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGGTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCAc < 1:396771/146‑1 (MQ=255)
ccTCTGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACgg < 4:127171/149‑1 (MQ=255)
tCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTACGCGGAGGGTTACGGTGCCGTTGTCCGCATTGGCCCCGAAGGCGTGGTCACGGt > 6:283095/1‑148 (MQ=255)
gTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCAGGTGGCCAAAAGCGCCGCCGCCGCGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACACCGCGGAGGGTTACGGTGCCGTTGTGCGCATTGGGCCCGATGGCGTGGTCACGGTgc > 8:268990/1‑146 (MQ=255)
gCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGAtctc < 2:240455/148‑1 (MQ=255)
cTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCg < 7:313001/148‑1 (MQ=255)
ttGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCCCCCCGGCCGCGGCGGCAGGGCGGCGTGGTGGTCACACCGCGGAGGGTTTAGGTGGCTTTTTGCGCATTGGCCCCCAAGGCGGGGTAACGGGGATGTAGcc > 4:194257/1‑149 (MQ=255)
tGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTGGGCTTGGTGTTAACTCCGCGGAGGGTTTAGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATTGCGTGGTGACGGTTATCTCGGCGaaaaa > 6:264027/1‑147 (MQ=255)
gAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAAtt < 1:237118/148‑1 (MQ=255)
gAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCGGCGGCAGGGCGGCTTTGTGATAACACCGCGGAGGGTTAAGGTGGCTTTGTCCGCATTTGCCCCCATTGCGGGGTCACGGTGATGTCGCCGgaaaat > 4:125786/1‑146 (MQ=255)
tACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGaaa < 2:132013/149‑1 (MQ=255)
ccTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAAt < 7:398857/148‑1 (MQ=255)
cTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGCGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATg < 6:352394/148‑1 (MQ=255)
gCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCCCCCCCCGCGGCGGCGGGGGCAGGGCGGCGTTGTGGTGACTTCCCGGAGGGTTAAGGTGCCGTTTTGCGCAATTGGCCCGATGGCGTGGGGACGGTGATGTGGCCGAAAATTTAAATGGGc > 8:166711/1‑148 (MQ=255)
gCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGcc < 4:47064/149‑1 (MQ=255)
ggCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCg < 2:323906/149‑1 (MQ=255)
cAAACGCGCCGCCGCGGCGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGt < 5:268853/148‑1 (MQ=255)
aaGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGTATTg < 4:177013/149‑1 (MQ=255)
gcAGCCGCCTCGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCaaa > 2:135632/1‑136 (MQ=255)
gcAGCCGCCTCGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCaaa < 1:135632/136‑1 (MQ=255)
cgccgAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGTATTGCCatgatg < 7:388536/148‑1 (MQ=255)
ccgAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGTATTGCCATGATGGt > 7:303377/1‑148 (MQ=255)
aGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGTATTGCCATGATGGTCGcc > 2:14737/1‑149 (MQ=255)
|
TTGAGGAGGCGTGAGATGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGTATTGCCATGATGGTCGCC > NC_002947_CJ‑RC/2824373‑2824666
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
