Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F53 I1 R1
|
62 |
81.2 |
3465250 |
98.6% |
3416736 |
145.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
2,541,913 |
C→G |
P149P (CCC→CCG) |
PP_2234 → |
AraC family transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 2,541,913 | 0 | C | G | 100.0%
| 255.1
/ NA
| 70 | P149P (CCC→CCG) | PP_2234 | AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (33/37); total (33/37) |
CGCCGCTGTGCCTGCTGCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCCAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGACGACGGTGGCTCAGGAGACCGCTCGCTA > NC_002947_CJ‑RC/2541768‑2542056
|
cgccgcTGTGCCTGCTGCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGATGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAg < 7:297748/148‑1 (MQ=255)
cgccgcTGTGCCTGCTGCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAg > 2:161198/1‑148 (MQ=255)
gcTGTGCCTGCTGCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTg < 3:74447/148‑1 (MQ=255)
gcTGTGCCTGCTGCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTg > 2:74037/1‑148 (MQ=255)
tgtgCCTGCTGCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCg < 8:404824/148‑1 (MQ=255)
tgCCTGCTGCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCg < 7:280594/146‑1 (MQ=255)
gCCTGCTGCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCggg > 2:358769/1‑147 (MQ=255)
ctgctgCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTag < 7:112558/148‑1 (MQ=255)
ctgcACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTagag < 3:180399/147‑1 (MQ=255)
cACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTA‑TTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTc < 2:92900/147‑1 (MQ=255)
cACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTA‑TTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTc < 2:86632/147‑1 (MQ=255)
aCGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCt > 5:393538/1‑146 (MQ=255)
cGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGCGTTTTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGGGGGTAGAGGCTcag > 4:64676/1‑148 (MQ=255)
ggCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTcag > 5:372304/1‑146 (MQ=255)
gTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGtt < 7:139017/148‑1 (MQ=255)
tACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTg > 2:225776/1‑148 (MQ=255)
tACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTg < 2:99980/148‑1 (MQ=255)
aCGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGc > 8:206188/1‑148 (MQ=255)
ggTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTg < 1:358769/148‑1 (MQ=255)
tGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGa < 5:340549/148‑1 (MQ=255)
ggCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGAc > 6:403714/1‑148 (MQ=255)
tCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGc > 8:435296/1‑147 (MQ=255)
tGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCg < 1:23059/148‑1 (MQ=255)
tGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCg < 4:10717/148‑1 (MQ=255)
aTCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGa < 1:74037/148‑1 (MQ=255)
tCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGAc > 3:285709/1‑148 (MQ=255)
ggTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCt < 2:392238/148‑1 (MQ=255)
ggTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCt > 4:191953/1‑148 (MQ=255)
tATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCt > 6:52463/1‑121 (MQ=255)
tATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCt < 5:52463/121‑1 (MQ=255)
cATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGtt > 4:366277/1‑147 (MQ=255)
ttGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGTGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGAt > 3:383253/1‑148 (MQ=255)
ttGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGAt > 2:386014/1‑148 (MQ=255)
cgccAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGcc < 6:222530/148‑1 (MQ=255)
cgccAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGcc < 7:287526/148‑1 (MQ=255)
cAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTgg < 5:146166/148‑1 (MQ=255)
cAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTg > 7:427389/1‑147 (MQ=255)
gCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTggac > 1:373435/1‑148 (MQ=255)
cGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTggacg > 2:290490/1‑148 (MQ=255)
cGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTggacg < 8:288916/148‑1 (MQ=255)
cTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTc < 4:285709/147‑1 (MQ=255)
tCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTTTGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCgg > 6:205445/1‑148 (MQ=255)
gACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCgg < 4:250490/146‑1 (MQ=255)
cGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTg < 4:239209/148‑1 (MQ=255)
ggCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTgcg > 7:68148/1‑148 (MQ=255)
gcgcCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTgcgc > 2:64765/1‑148 (MQ=255)
cGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCctgct < 8:318448/148‑1 (MQ=255)
ccTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGa < 1:225776/148‑1 (MQ=255)
tGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAgc > 6:365813/1‑148 (MQ=255)
cacTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCtttt < 3:366277/148‑1 (MQ=255)
acTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCttttt < 8:353355/148‑1 (MQ=255)
acTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCttttt > 6:353273/1‑148 (MQ=255)
cTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTGGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTg < 7:18093/148‑1 (MQ=255)
cTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTg < 1:194612/148‑1 (MQ=255)
cTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTg < 7:435296/148‑1 (MQ=255)
ggAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTggg > 3:21499/1‑148 (MQ=255)
tgttCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGTCGGCGACATCGTGACCTCGGCAGTGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGacgacg < 3:236646/148‑1 (MQ=255)
tgCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGACGACGGt < 1:161198/148‑1 (MQ=255)
tgCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCGCAGCAGCCGTTGCTGGAGGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGACGACgg < 6:267592/147‑1 (MQ=255)
gCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGACGACGGTg > 2:294446/1‑148 (MQ=255)
aTGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGACGACGGTGGc > 6:99430/1‑148 (MQ=255)
aTGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGACGACGGTGGc > 3:82656/1‑148 (MQ=255)
cgcTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGACGACGGTGGCTCa < 3:64676/148‑1 (MQ=255)
cTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGACGACGGTGGCTCAg > 2:124635/1‑147 (MQ=255)
tGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGACGACGGTGGCTc > 2:282628/1‑143 (MQ=255)
tGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGACGACGGTGGCTc < 1:282628/143‑1 (MQ=255)
tGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGACGACGGTGGCTCAg > 7:253391/1‑145 (MQ=255)
cTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGACGACGGTGGCTCAGGAGACcgctcgc < 6:372304/148‑1 (MQ=255)
tCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGACGACGGTGGCTCAGGAGACCGCTCGCTa > 2:192541/1‑148 (MQ=255)
tCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGACGACGGTGGCTCAGGAGACCGCTCGCTa > 4:385906/1‑148 (MQ=255)
|
CGCCGCTGTGCCTGCTGCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCCAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGACGACGGTGGCTCAGGAGACCGCTCGCTA > NC_002947_CJ‑RC/2541768‑2542056
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGCCGCTGTGCCTGCTGCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCCAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGACGACGGTGGCTCAGG > NC_002947_CJ‑RC/2541767‑2542043
|
GCGCCGCTGTGCCTGCTGCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGATGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21412:2730:14222/151‑1 (MQ=60)
CGCTGTGCCTGCTGCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11201:11914:12439/151‑1 (MQ=60)
GTGCCTGCTGCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21410:23160:2783/149‑1 (MQ=60)
CCTGCTGCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11506:12527:15904/151‑1 (MQ=60)
GCTGCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGC < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11306:2343:17754/150‑1 (MQ=60)
GCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21605:10225:18895/1‑149 (MQ=60)
CGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21602:10577:14343/1‑149 (MQ=60)
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CATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21112:20874:16900/1‑151 (MQ=60)
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CATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCGAGGGTGTGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATG > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21307:10495:10213/1‑151 (MQ=60)
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GCGCCGCTGTGCCTGCTGCACGGGCGTGGTACGGTGCTGGCGTCGGTATGCATCGGTGTATTTTTCATTGCCGCCAGCGGTTTGCTCGACGGGCGCCCGGCCTGCACGCACTGGAATTATGTGCATGCGCTTGCCCAGCGCTTCCCCAGGGTGCGGGTAGAGGCTCAGCAGCCGTTGCTGGATGACGGCGACATCGTGACCTCGGCAGGGTTGATGGCCTGGACGGACCTCGGCTTGCGCCTGCTGGAGCGCTTTTTGGGGACGACGGTGGCTCAGG > NC_002947_CJ‑RC/2541767‑2542043
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
