Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F14 I0 R1
|
248 |
61.6 |
2601574 |
98.7% |
2567753 |
146.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
6,016,700 |
T→C |
100% |
intergenic (+90/+20) |
xpt → / ← PP_5266 |
xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 6,016,700 | 0 | T | C | 100.0%
| 63.5
/ NA
| 19 | intergenic (+90/+20) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (13/6); total (13/6) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACC‑TGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCAT > NC_002947_CJ‑RC/6016622‑6016841
|
gCTGCGGGGCCACCCCCGCCCCCACCGGGCCCCCCCCGGTCCCAACCGCTGTG‑CGTACCGTGGGGGTGGGGGGGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttcttc < 5:137254/149‑1 (MQ=255)
ctgcgcgGGCCCCCCCGCCCCCACCGGGCCCGCACCGGCCCCAACCGCGGGGCCTCACC‑TGGGGGCGGGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCACCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTtcttct < 6:121463/146‑1 (MQ=255)
ccGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACC‑TGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGTTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAAAAAgcga > 4:306254/1‑119 (MQ=255)
ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACC‑TGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 5:175978/1‑149 (MQ=255)
ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACC‑TGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 3:300474/1‑149 (MQ=255)
ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACC‑TGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 3:305177/1‑149 (MQ=255)
cacaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACC‑TGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 3:236052/1‑148 (MQ=255)
gcagcaCAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACC‑TGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCa > 7:235710/1‑149 (MQ=255)
cacaGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACC‑TGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCg > 4:158096/1‑149 (MQ=255)
cacaGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACC‑TGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCACTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCg > 1:134151/1‑149 (MQ=255)
acaGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACC‑TGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCttt > 1:169576/1‑118 (MQ=255)
acaGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACC‑TGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCttt < 2:169576/118‑1 (MQ=255)
cGAACGCTGTGCCGTACC‑TGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTg > 3:310127/1‑149 (MQ=255)
aCGCTGTGCCGTACC‑TGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCt > 3:274199/1‑149 (MQ=255)
tgtgCCGTACC‑TGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCa > 3:311954/1‑149 (MQ=255)
gCCGTACC‑TGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAc > 2:120122/1‑149 (MQ=255)
cGTCCC‑TGTGGGCGGGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCCTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAccc < 7:228789/149‑1 (MQ=255)
gCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGt < 3:158096/149‑1 (MQ=255)
gggTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCAt < 7:182742/147‑1 (MQ=255)
|
GCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACC‑TGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCAT > NC_002947_CJ‑RC/6016622‑6016841
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCCAACGCTG > NC_002947_CJ‑RC/6016608‑6016850
|
gtagtcaagaggtgtgctcttccgatctccggctcccaacggtccagaactGGTCTCTAACGCTGTCCCGAACCTGTGTTAGGGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21311:8980:16292/99‑1 (MQ=60)
ggctgcggggccacccccgcccccaccgggccccccccggtcccaaccgctgtgcgtaccgtgggggtggggggGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11606:2760:13364/77‑1 (MQ=60)
CCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21310:1271:12181/1‑151 (MQ=60)
CCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21311:26693:12173/1‑151 (MQ=60)
CCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21403:12065:3432/1‑151 (MQ=60)
CCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21207:24128:15796/1‑150 (MQ=60)
TGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCAT > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21502:15168:19104/1‑151 (MQ=60)
GCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCACTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11305:20385:9651/1‑151 (MQ=60)
CACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTA > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21101:22327:11275/1‑120 (MQ=60)
TCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21312:21263:12653/1‑151 (MQ=60)
AACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21304:21440:17973/1‑151 (MQ=60)
CTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCAT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21312:10949:20251/1‑151 (MQ=60)
CCGTCCCTGTGGGCGGGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCCTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCC < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21501:17235:9286/151‑1 (MQ=60)
AGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11311:6044:15878/151‑1 (MQ=60)
GGGGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATC < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21404:13902:1332/151‑1 (MQ=60)
CCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCCAACGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11107:19653:4491/1‑151 (MQ=60)
CCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCCAACGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21603:8513:4793/1‑151 (MQ=60)
CGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCCAACGCTG > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21509:20618:9485/1‑151 (MQ=60)
|
TAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCCAACGCTG > NC_002947_CJ‑RC/6016608‑6016850
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
