Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F18 I1 R1
|
59 |
77.7 |
3515218 |
98.5% |
3462489 |
145.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
1,844,454 |
G→A |
Q114* (CAA→TAA) |
gacS ← |
sensor protein GacS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 1,844,454 | 0 | G | A | 100.0%
| 242.1
/ NA
| 70 | Q114* (CAA→TAA) | gacS | sensor protein GacS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (37/33); total (37/33) |
CGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGTTGC > NC_002947_CJ‑RC/1844308‑1844593
|
cGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTagg > 3:378319/1‑149 (MQ=255)
gTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGt < 7:262666/149‑1 (MQ=255)
tGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTg > 7:199398/1‑149 (MQ=255)
cgtcgtGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCg < 5:236900/149‑1 (MQ=255)
gtcgtGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCgg > 4:147972/1‑149 (MQ=255)
gtGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTa < 2:36088/148‑1 (MQ=255)
gtGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTAc < 4:321526/149‑1 (MQ=255)
gACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTAccgcc > 3:101388/1‑149 (MQ=255)
cAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTAGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACcgccgc < 3:391607/149‑1 (MQ=255)
cTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTgg > 3:330793/1‑149 (MQ=255)
gATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTggg < 1:218967/147‑1 (MQ=255)
tctACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGggcgg > 1:103903/1‑146 (MQ=255)
tACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGggcgg < 7:155509/144‑1 (MQ=255)
cccagcccagCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGAtt > 4:333805/1‑148 (MQ=255)
cccagcccagCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGAt < 2:103903/147‑1 (MQ=255)
ccagcccagcAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGAtt > 7:437335/1‑147 (MQ=255)
ccagcccagcAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGAtt > 6:163318/1‑147 (MQ=255)
ccagcccagcAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGAtt > 1:206290/1‑147 (MQ=255)
ccagcccagcAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGa < 3:155834/149‑1 (MQ=255)
ccagcccagcAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGATCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGa < 3:199486/149‑1 (MQ=255)
cagcccagcAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAg > 2:246391/1‑149 (MQ=255)
agcccagcAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAg > 2:177976/1‑148 (MQ=255)
agcccagcAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGc < 7:120271/149‑1 (MQ=255)
cagcagGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGc > 6:237933/1‑149 (MQ=255)
gcTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCg > 4:83184/1‑149 (MQ=255)
gcTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCg > 4:142010/1‑149 (MQ=255)
ggCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGACCGAAAACTGGCATGAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGTTTGAGCATGCTCGGGCCGGCGt < 3:322773/149‑1 (MQ=255)
ttCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTggg > 1:221478/1‑149 (MQ=255)
gccggcACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAg < 5:237933/149‑1 (MQ=255)
gcACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGgcgc < 2:108451/149‑1 (MQ=255)
cACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGcgcg > 8:316256/1‑149 (MQ=255)
aCGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGt < 3:83184/149‑1 (MQ=255)
aCGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGt > 4:197314/1‑149 (MQ=255)
gTCGGTGGCCAGGTCGTGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGt > 7:127187/1‑149 (MQ=255)
gCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGc > 7:354082/1‑149 (MQ=255)
gCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGc > 1:29594/1‑149 (MQ=255)
gCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGc < 8:199398/149‑1 (MQ=255)
gCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCAAGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGc < 1:344637/139‑1 (MQ=255)
gCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCAAGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGAGCGTGc > 2:344637/1‑139 (MQ=255)
ccAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGGGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGcc < 4:232226/149‑1 (MQ=255)
cAGGTCGCGGTGGTGGCCTAATACTGGCATCCGGTAGCGGGGGGCGTCGTTGCCACTGCGCGGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCa < 5:65883/149‑1 (MQ=255)
cAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTTGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGc > 7:16728/1‑147 (MQ=255)
cAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAg > 5:262352/1‑105 (MQ=255)
cAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAg < 6:262352/105‑1 (MQ=255)
cAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGc > 4:259648/1‑147 (MQ=255)
cAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGc > 3:161134/1‑147 (MQ=255)
tCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGaaa < 4:330793/149‑1 (MQ=255)
tggtggCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCAc < 4:161134/149‑1 (MQ=255)
ccGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTgcgcg < 8:354082/149‑1 (MQ=255)
cGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTgcgcgc > 3:109941/1‑149 (MQ=255)
cGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTgcgcg > 1:99689/1‑148 (MQ=255)
cGAAAACTGGCATCACGTAGCGGGTGGCGTAGTAGCCACTCCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACAGCCCCTGGGCGCCAGATTGATCATGCTCGCGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGAGGTCCGTGGCCAGAAACGCCACTgcgcg > 2:51718/1‑148 (MQ=255)
tGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCgg > 3:125157/1‑149 (MQ=255)
aGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTc > 7:210961/1‑149 (MQ=255)
gTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTc > 1:178310/1‑147 (MQ=255)
gCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCa > 8:28581/1‑146 (MQ=255)
gCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCa < 7:28581/146‑1 (MQ=255)
cGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGt < 1:177976/149‑1 (MQ=255)
ggTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGttt < 6:279212/149‑1 (MQ=255)
ggTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGttt > 1:217440/1‑149 (MQ=255)
tGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCGGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTtgt < 3:289278/149‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTtgt < 4:405788/149‑1 (MQ=255)
gCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGc < 3:259648/149‑1 (MQ=255)
tcgtTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGc < 3:147972/149‑1 (MQ=255)
gtTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCaa > 7:306499/1‑149 (MQ=255)
ccACTCCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATtct < 8:306499/149‑1 (MQ=255)
cACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATtctc < 2:99689/149‑1 (MQ=255)
cACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATtctc > 5:224059/1‑149 (MQ=255)
gcggCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGt > 4:81153/4‑149 (MQ=255)
gcTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGt > 2:381988/1‑149 (MQ=255)
cAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGTTgc < 1:246391/148‑1 (MQ=255)
|
CGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGTTGC > NC_002947_CJ‑RC/1844308‑1844593
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGTTGCG > NC_002947_CJ‑RC/1844304‑1844594
|
GCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTA < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21404:13401:12938/151‑1 (MQ=60)
GCGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21305:19699:11568/1‑151 (MQ=60)
CGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21406:24670:7035/151‑1 (MQ=60)
GTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11608:18405:6911/1‑151 (MQ=60)
CCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21403:8238:5644/151‑1 (MQ=60)
CGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11205:3890:17571/1‑151 (MQ=60)
ACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTAGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTAGGTGCCGGTACCGCCGCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21307:2566:13383/151‑1 (MQ=60)
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GCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGTTGCG > NC_002947_CJ‑RC/1844304‑1844594
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
