Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F11 I1 R1
|
56 |
79.5 |
3383150 |
98.4% |
3329019 |
146.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
4,767,982 |
A→T |
intergenic (+89/‑93) |
fpvA → / → tpaK |
TonB‑dependent outer membrane ferripyoverdine receptor FpvA/probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 4,767,982 | 0 | A | T | 100.0%
| 221.4
/ NA
| 79 | intergenic (+89/‑93) | fpvA/tpaK | TonB‑dependent outer membrane ferripyoverdine receptor FpvA/probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (44/35); total (44/35) |
ACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGT > NC_002947_CJ‑RC/4767853‑4768130
|
aCCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGc < 6:334629/148‑1 (MQ=255)
cccACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTc < 8:26768/149‑1 (MQ=255)
ccACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCg > 7:356730/1‑149 (MQ=255)
ccACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCg > 8:208473/1‑149 (MQ=255)
ccACGCAACTTCACAATCACCGACAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACACAGGTGCGGTTTATTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGTAGGTCAGGTATGATTACTATTGAAAATTAATCATCGGCtag > 4:40405/1‑147 (MQ=37)
cACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCg > 4:157923/1‑148 (MQ=255)
aCGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTa > 4:287983‑M1/1‑148 (MQ=255)
cGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTa > 3:310857‑M1/1‑147 (MQ=255)
aaCTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGATTTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatat > 6:191116‑M1/1‑144 (MQ=255)
aaCTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatat > 4:310611‑M1/1‑144 (MQ=255)
aCTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatca < 4:363828‑M1/149‑7 (MQ=255)
cACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacc > 6:263565‑M1/1‑139 (MQ=255)
aCCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacct > 2:326646‑M1/1‑138 (MQ=255)
cATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctg > 5:328488‑M1/1‑136 (MQ=255)
cATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctg > 8:313343‑M1/1‑136 (MQ=255)
tCACCGCCAACTACAGCTTCTGATCGCCTGACCTTGAACGCAAAAAACCCCACCCAGGTGCGGTATTTTGAATTCACTAGTACTGTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaa > 3:366800‑M1/1‑134 (MQ=255)
aCCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaatt < 6:220166‑M1/149‑18 (MQ=255)
aCCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaatt < 1:326646‑M1/149‑18 (MQ=255)
cGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgt < 2:289252‑M1/149‑20 (MQ=255)
ccAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgt > 1:276167‑M1/1‑128 (MQ=255)
ccAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgt > 2:406567‑M1/1‑128 (MQ=255)
aGTACTGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCTCCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctgtaattttgagcg < 4:73566‑M1/149‑25 (MQ=255)
gTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgtgagcgg < 2:316674‑M1/149‑26 (MQ=255)
gCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgtgagcggataa > 3:40518‑M1/1‑119 (MQ=255)
ttCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgtgagcggataacaa > 3:308899‑M1/1‑117 (MQ=255)
gATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgtgagcggataacaattct > 8:103975‑M1/1‑113 (MQ=255)
aTCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgtgagcggataacaattct > 2:125298‑M1/1‑112 (MQ=255)
aTCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgtgagc > 7:229452‑M1/1‑112 (MQ=255)
aTCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgtgagc < 8:229452‑M1/135‑24 (MQ=255)
gCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgtgagcggataacaattcttaa < 5:67900‑M1/148‑40 (MQ=255)
gCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgtgagcggataacaattcttaa < 3:407732‑M1/148‑40 (MQ=255)
gCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgtgagcggataacaattcttaa < 1:406567‑M1/148‑40 (MQ=255)
gCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgtgagcggataacaattctt > 3:175949‑M1/1‑109 (MQ=255)
tGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgtgagcggataacaattcttaagat > 7:204978‑M1/1‑106 (MQ=255)
tGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgtgagcggataacaattcttaagat > 7:59474‑M1/1‑106 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgtgagcggataacaattcttaagattaa < 5:162214‑M1/149‑46 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTatatcagacctggaattgtgagcggataacaattcttaagatta < 2:191645‑M1/148‑45 (MQ=255)
gTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACt > 2:386097/1‑149 (MQ=18)
gAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTca < 1:341545/148‑1 (MQ=17)
aaCGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTcac < 6:113697/148‑1 (MQ=17)
aaaaaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAg > 4:128223/1‑147 (MQ=17)
aaaaaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAg > 4:83300/1‑147 (MQ=17)
aaaaaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAg > 2:145346/1‑147 (MQ=17)
aaaaaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAg > 6:7802/1‑147 (MQ=17)
aaaaaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGga < 8:123004/149‑1 (MQ=17)
aaaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTCGGAGCGGATAACAATAGTTAAGATTAACTCACACAg > 8:179252/1‑145 (MQ=17)
aCCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCatat > 8:13053/1‑149 (MQ=14)
aCCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCatat > 4:394123/1‑149 (MQ=14)
ggTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCt < 3:128223/149‑1 (MQ=14)
cGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAg < 2:162314/148‑1 (MQ=14)
ttttttGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCAc > 5:114097/1‑148 (MQ=14)
ttCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGt < 1:373288/149‑1 (MQ=14)
ttCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGt > 7:85286/1‑149 (MQ=14)
ttCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGt < 2:177670/149‑1 (MQ=14)
tagtCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGc > 5:353181/1‑149 (MQ=14)
gtCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGcc < 1:187928/148‑1 (MQ=14)
tctcTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCg > 5:359224/1‑148 (MQ=14)
tctcTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCg > 1:397986/1‑148 (MQ=14)
tctcTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCg > 1:403589/1‑148 (MQ=14)
tctATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGAt > 1:83776/1‑149 (MQ=17)
tctATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGCCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGAt > 8:21065/1‑149 (MQ=14)
tATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGAttt > 1:375059/1‑149 (MQ=17)
tATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGAtt > 7:355238/1‑148 (MQ=17)
tATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGAt < 1:125298/147‑1 (MQ=17)
tGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCa < 6:10311/149‑1 (MQ=17)
tGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCa < 2:276167/149‑1 (MQ=17)
gAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCAt < 4:40518/148‑1 (MQ=17)
gAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATc < 2:245447/149‑1 (MQ=17)
gTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGAt < 1:66290/149‑1 (MQ=17)
aGGTATTATTACTATTGAGAATTAATCCTCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGTATAACTATTCTTAAGATTAACTCACACAGGACATATCATATGTCCTTAGCAACATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTc < 4:234013/148‑1 (MQ=17)
aGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTcg > 3:135954/1‑149 (MQ=18)
ggTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGcc < 8:90061/132‑1 (MQ=17)
ggTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGcc > 7:90061/1‑132 (MQ=17)
gTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTcgcg < 7:13053/149‑1 (MQ=18)
gTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTcgcg > 6:385586/1‑149 (MQ=18)
tATGATTACTATTGACAATTAATCATCTGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCTGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCTGATTTCATCGATTcgcg < 3:40405/148‑1 (MQ=18)
tGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGc < 6:328488/148‑1 (MQ=18)
aTTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCa < 5:303673/148‑1 (MQ=18)
ttACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGT‑‑‑AT‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGt < 3:157923/149‑1 (MQ=18)
|
ACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGT > NC_002947_CJ‑RC/4767853‑4768130
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
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CCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21511:8472:6524/1‑151 (MQ=60)
ACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21207:10549:16728/1‑150 (MQ=60)
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ATCACCGCCAACTACAGCTTCTGATCGCCTGACCTTGAACGCAAAAAACCCCACCCAGGTGCGGTATTTTGAATTCACTAGTACTGTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAAT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21305:4366:20205/1‑151 (MQ=60)
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GCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTG > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21110:15913:18007/1‑149 (MQ=60)
AGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAAC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11108:23454:2116/1‑150 (MQ=60)
CTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAAT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21207:8106:10345/1‑151 (MQ=60)
GATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21402:15974:15756/1‑137 (MQ=60)
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CGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21312:23134:10336/150‑1 (MQ=60)
CGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21310:19496:8597/150‑1 (MQ=60)
CGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTA > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11306:21192:11548/1‑148 (MQ=60)
CTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATT > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11610:13462:12716/1‑150 (MQ=59)
CTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATT > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11410:7333:9527/1‑150 (MQ=59)
GACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAAC < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11604:4236:5716/151‑1 (MQ=55)
TGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCAC < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21210:22836:3662/150‑1 (MQ=46)
AGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTT < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11210:26115:15572/151‑1 (MQ=18)
GTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11508:18358:8849/1‑150 (MQ=16)
ATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTG > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11502:23629:11583/1‑151 (MQ=18)
ATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21304:13305:7100/151‑1 (MQ=18)
GTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21601:23124:5971/1‑151 (MQ=25)
AGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11307:2086:19666/150‑1 (MQ=27)
GTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21602:4629:5069/1‑150 (MQ=29)
GTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21309:26821:17270/1‑150 (MQ=29)
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CTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATT > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11202:7304:7272/1‑151 (MQ=34)
CTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21304:4132:13389/1‑151 (MQ=37)
CTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTT > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21511:8785:2124/1‑150 (MQ=36)
CTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATT < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11209:19698:5192/149‑1 (MQ=34)
GGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATT < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11111:5978:9814/151‑1 (MQ=50)
CAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11212:7458:1582/1‑151 (MQ=55)
AGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11503:23975:7712/1‑134 (MQ=27)
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ATTGACAATTAATCATCGGCTCGTAT‑‑‑‑‑‑ATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11212:3485:12198/150‑1 (MQ=60)
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CCCGTACGACGTGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATT‑ACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCG > NC_002947_CJ‑RC/4767833‑4768136
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
