Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F49 I1 R1
|
57 |
62.9 |
2678826 |
98.4% |
2635964 |
146.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
4,767,982 |
A→T |
intergenic (+89/‑93) |
fpvA → / → tpaK |
TonB‑dependent outer membrane ferripyoverdine receptor FpvA/probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 4,767,982 | 0 | A | T | 100.0%
| 165.7
/ NA
| 49 | intergenic (+89/‑93) | fpvA/tpaK | TonB‑dependent outer membrane ferripyoverdine receptor FpvA/probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (25/24); total (25/24) |
GACGTGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCG > NC_002947_CJ‑RC/4767840‑4768124
|
gacgTGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACaa > 1:288119/1‑149 (MQ=255)
tATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAat > 1:196652/1‑148 (MQ=255)
tGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAatcat > 8:211171/1‑149 (MQ=255)
gTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCg < 4:321304/149‑1 (MQ=255)
cccACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTc < 7:304858/149‑1 (MQ=255)
ccACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTATAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCg > 6:11028/1‑149 (MQ=255)
cGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGtat < 2:90911/149‑3 (MQ=255)
aaCTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAAt < 7:211171/149‑1 (MQ=255)
aaCTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAAt < 2:153313/149‑1 (MQ=255)
aCCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATc < 2:196652/149‑1 (MQ=255)
ccATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGAt > 1:280993/1‑147 (MQ=255)
cGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTgg < 2:11960/149‑1 (MQ=255)
gCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTgg > 8:205579/1‑148 (MQ=255)
gTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATtgt < 2:211061/149‑1 (MQ=255)
gTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATtgt < 2:288119/149‑1 (MQ=255)
aGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGc > 1:43018/1‑149 (MQ=255)
cTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGa < 2:43018/147‑1 (MQ=255)
cTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGa < 3:167075/147‑1 (MQ=255)
cTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGa < 3:207538/147‑1 (MQ=255)
gATCGCCTGACGTTGAACGCAAGAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGTCCTGGAATTGTGAGCGGATaa > 3:173656/1‑148 (MQ=18)
aTCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATaa < 4:191099/147‑1 (MQ=255)
ccTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTc > 8:11466/1‑149 (MQ=255)
ccTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTc < 5:11028/149‑1 (MQ=255)
cTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCt > 7:5766/1‑149 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTaa < 7:262448/149‑1 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTaa < 7:75904/149‑1 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTa < 7:11466/148‑1 (MQ=255)
gCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACt > 5:297958/1‑148 (MQ=255)
cAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTca < 7:205579/149‑1 (MQ=255)
aaaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTcaca > 2:173449/1‑148 (MQ=255)
aaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAg > 2:16922/1‑149 (MQ=255)
aaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAg > 3:185093/1‑149 (MQ=255)
aCCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGata > 3:259400/1‑149 (MQ=255)
ttttttGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGTCCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCtt < 4:173656/149‑1 (MQ=255)
ttttttGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCt > 4:100658/1‑148 (MQ=255)
tttGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAg > 2:142918/1‑148 (MQ=255)
aCTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcg > 7:164706/1‑149 (MQ=255)
aCTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcg > 8:39345/1‑149 (MQ=255)
tagtCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGa < 8:5766/149‑1 (MQ=255)
gtCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGaca < 4:259400/149‑1 (MQ=255)
tctATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGa < 2:247003/144‑1 (MQ=255)
tctATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTg > 5:108945/1‑149 (MQ=255)
tctATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACAATCGCGCGTGacaga > 1:247003/1‑146 (MQ=255)
tGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCg > 4:260479/1‑148 (MQ=255)
tGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGCAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCg > 4:274997/1‑148 (MQ=255)
tCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCa < 6:297958/149‑1 (MQ=255)
cAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCAt > 5:116255/1‑149 (MQ=255)
aTTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTcgc < 4:185093/149‑1 (MQ=255)
ttACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTcgcg > 7:431/1‑149 (MQ=255)
|
GACGTGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCG > NC_002947_CJ‑RC/4767840‑4768124
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCCCGTACGACGTGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATT‑ACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGT > NC_002947_CJ‑RC/4767832‑4768130
|
GCCCGTACGACGTGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11204:25971:18063/1‑151 (MQ=60)
CGACGTGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAAT > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21302:3292:9986/1‑151 (MQ=60)
TGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACA < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21309:4622:11446/144‑1 (MQ=60)
GTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21106:4489:7413/1‑150 (MQ=60)
ACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21604:12307:4114/151‑1 (MQ=60)
CAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21408:7104:13688/151‑1 (MQ=60)
ACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21212:17312:12074/1‑149 (MQ=60)
CAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11109:25375:12808/1‑151 (MQ=60)
TCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGAT < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11312:24045:11790/149‑1 (MQ=60)
TCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGAT < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21109:3931:16031/149‑1 (MQ=60)
TGATCGCCTGACGTTGAACGCAAGAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGTCCTGGAATTGTGAGCGGATAAC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21102:4415:1325/1‑150 (MQ=60)
GCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11403:11405:8487/151‑1 (MQ=60)
CCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTT > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11402:10465:4693/1‑151 (MQ=60)
GACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11504:21130:9151/151‑1 (MQ=60)
GACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21507:22940:4809/151‑1 (MQ=60)
GACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAA < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11403:6060:7661/150‑1 (MQ=60)
CGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21604:20146:14623/1‑150 (MQ=44)
GCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCAC < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21407:14750:11639/151‑1 (MQ=42)
AAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21104:19096:14428/1‑151 (MQ=32)
CACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATAT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21210:9166:18083/1‑151 (MQ=20)
CACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11611:22127:5003/1‑151 (MQ=5)
CTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11512:14086:6674/1‑151 (MQ=26)
CTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACAATCGCGCGTGACAgat > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21205:20513:5499/1‑147 (MQ=5)
TCAGGTATGATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11601:14828:16381/1‑151 (MQ=48)
ATTACTATTG‑ACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11401:13616:2829/1‑151 (MQ=60)
ATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGT < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11306:19638:18045/150‑1 (MQ=60)
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GCCCGTACGACGTGTATGGTGACCCACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATT‑ACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGT > NC_002947_CJ‑RC/4767832‑4768130
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
