Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F90 I5 R1
|
24 |
61.2 |
1135137 |
88.5% |
1004596 |
286.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,187,633 |
A→C |
N762H (AAC→CAC) |
rpoC → |
RNA polymerase, beta prime subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,187,633 | 0 | A | C | 96.3%
| 159.3
/ ‑5.4
| 54 | N762H (AAC→CAC) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base C (23/29); total (24/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
AGCAGTTCCAGTCTGGTCTGGTAACTGCGGGCGAACGCTACAACAAAGTTATCGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGAT > NC_000913/4187346‑4187914
|
aGCAGTTCCAGTCTGGTCTGGTAACTGCGGGCGAACGCTACAACAAAGTTATCGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGAGGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCTGGAAgg > 1:98302/1‑301 (MQ=255)
gttaccagaccagactggaaCTGCGGGCGAACGCTACAACAAAGTTATCGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCAAATCGCCGCGCACTTCCGTGACGGTCTg > 1:184111/19‑301 (MQ=255)
ggttcggtctggtctgGTAACTGCGGGCGAACGCGACAACAAAGTTATCGATATCTGGGGTGCGGCGAACGATCGGGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTg < 2:427661/295‑1 (MQ=255)
gTTCCAGTCTGGTCTGGTAACTGCGGGCGAACGCTACAACAAAGTTATCGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTACATCATCGAAACGGCAACCCCCGCGCACTTCAGGGAAGGGCtt > 2:431422/1‑300 (MQ=255)
cgggtgtggtagggaagggCGGGGGAAAGCTGAAACAAGGGTATCGATGTCTGGGCTGCGGCGAACGATAGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGGAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCGTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACg < 2:513573/283‑1 (MQ=255)
ctggtAACTGCGGGCGAACGCTACAACAAAGTTATCGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATTGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAATGTACACCAGt > 2:499794/1‑301 (MQ=255)
aCTGCGGGCGAACGCTACCACAAAGTTATCGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCa < 1:542497/301‑1 (MQ=255)
cGGGCGAACGCTACAACAAAGTTATCGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATCCGTCAGATTGCTGGTATGCGGGGTCTGATGGCGAAGCCGGCTGGCTCCATCATCGACACGCCCATCACGCCTCCCTCCACAGACAGCCTGAACGTACTCCCGTACTTAAtctc > 2:310624/1‑301 (MQ=255)
cGACCGATACAACAAATTTATTGATATCGGGGCGGCGGCGAACGATCGTGTATCCCAAGGGATGATGGATAACCTGCAAACTGCAACCTAGAGTAACCGGGCCGGTCAGGAAGGGAAGCAGGTTTCCTTACACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACATATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTccacc < 2:240327/301‑1 (MQ=255)
cGCTACAACAAAGTTATCGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGGGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACg < 1:499916/301‑1 (MQ=255)
cTACAACAAAGTTATCGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCACCACCCACggg > 2:512389/1‑300 (MQ=255)
cTACAACAAAGTTATCGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCCCCATACTCGAACCGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGACGGTCTGAACGTACTCAAGCACTTCATCTCCCCCCACggg > 2:523865/1‑300 (MQ=255)
tATCGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCTAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATCAACCGTGACGGTCAGGATGAGAAGCAGGCTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACACCGGAGCGCGAGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCCGCTCGCTGTTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATAGAAACGCCAATCACCTACAACTTCCGCGAAGGTCTGAACGTACTCCAGGACCTCATCTccaaagaccggcagagccggg > 2:198526/1‑281 (MQ=255)
tATCAATATCTGGGCTGCGGCGAACTATCGTTTATCGAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGGAATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCGGACTCCGGTGCGCGTGGTTCGGCGGCACAGAGTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGACTGATGGCAAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTccac < 1:198582/282‑1 (MQ=255)
cGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTCCTTCAtcagatcggaaagaggtcgggtggggaa > 2:278862/1‑274 (MQ=255)
cGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCAtc < 1:278942/274‑1 (MQ=255)
tatCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGCGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCATCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGCAAAGGTCTGGCg > 1:292724/1‑301 (MQ=255)
tatCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTATGATGGCGAAGCCGGCTGGCTGCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCTTCTCCACCCACGGTGCTCGTAATGGTCGGGCg > 2:141917/1‑301 (MQ=255)
tCTGGGCTGCGGCGAACGAGCGTGTATCAAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAAATGAAATCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGACGAATCCGGTGCGCGTGGTTTTGGGGCACAGAGTCGTCAGCTTGCAGGAATGCGTGGCCTGATGTCGAGGCCGGATGGGACGAGCAGACAGACGCCAAGTACCGTGCCCTTTCCTGAAGGTCTGACCGTCCTCCCATAACTCCTCTCCCACCACggcccccgacagtggctggcggc > 2:2309/1‑280 (MQ=255)
cggcgAACGATCGTGTATCAAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACt < 1:431523/301‑1 (MQ=255)
gAACAATCGTGTATCCAAGGCGATGACGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACGTGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGaaa < 2:491870/301‑1 (MQ=255)
cGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGACAGGCGGACACCGCACTGaacaat > 1:105937/1‑297 (MQ=255)
tCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCCCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCAACCCCGGGTGCTCGGACAGGTCTGGCGGACACCGCACTGAAACCTGCGCACTCCg > 1:166331/1‑301 (MQ=255)
ccAAAGTGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCgg < 1:28545/301‑1 (MQ=255)
gCGAGGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTGAGGAAGAGAAGCATGTTTCCTGCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTAcc < 1:523991/301‑1 (MQ=255)
gatgatGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGAACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGGGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCCCCACCCACGGTGCCCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACCCCGGTTAccgc > 2:179088/1‑299 (MQ=255)
tcaaacgaacaCCGTGATTATCCGATACTGGCAGGAGGAGAGGGTGGGTTCCTTCAACGGGATCTACGTGTTGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTGCTGCGGAACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGt < 2:105915/290‑1 (MQ=255)
aCCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGgcgc > 1:24559/1‑301 (MQ=255)
aTTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTACTTCAACAGCATCTCCATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGAcc < 1:145172/301‑1 (MQ=255)
gaaCCGTGACGGTAAGGAAGAGAAGCCGGTTTCCGTCAACCGCATCTACATGGTGGCCGTCTCCGGGGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCGGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACtcgtcaaccagacgacgagtcaggtaaccgg < 2:469357/300‑27 (MQ=255)
cgggcaggTCATGAGGAGATACATCTTTACGTCGACAGTATTTACAGGATGGCGGACTCCGGTGCGCGTGGCTCTGCGGCGAAGAGTCGTCCGCTTTCGGGGAGGCGTGGTCTGATTGCGAGGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACGCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCtggtgg < 2:336798/295‑1 (MQ=255)
gggcAGGAAAGGAAGCAGGTTGCCTTCAACAGCAGCTACAGGCTGGCCGAGTCCGGTGCGCGTGTTTCTTCGGGACAGATTAGTCAGCATGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCg < 2:98283/298‑1 (MQ=255)
cggaaagatagtccggTTCCCTTCAACACCATATACAAGAGGCCCCACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGTCACAGATTCGTCAGCTGGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAg < 2:76190/287‑1 (MQ=255)
aGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCCTCTCCACCCACGGTGCGCGTACAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTACGGTTACCTGACTAGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCGGGACCCGGGGGTGAGCGAAgg > 2:508539/1‑300 (MQ=255)
ggAAGAGAAGTAGGTTTCCTTCAACAGAACCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATGCCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGAc < 1:512513/301‑1 (MQ=255)
gagaAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACg < 1:507065/268‑1 (MQ=255)
gagaAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACCCCGGTTAACTGACTCGTCGTCTGGTTGACg > 2:506942/1‑268 (MQ=255)
gaAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAACACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTGGCCGTGGCGCAGGACGTGGCGGTTACCGAAAACGAtttt > 1:403142/1‑299 (MQ=255)
ttCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCCCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGCCCTGGTGGTTACCGAAGACGATGTTGGTCCCCa > 2:213180/1‑300 (MQ=255)
cctgccaccggagctacagagtagCCGACTCCGGTGCGCGGGGGTCTGCGGCACAGATTCGGCAGCTTGCTGGTATGCGTTGTCTGATGGCGAAGCCCGATTGCTTCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGa < 1:508663/278‑1 (MQ=255)
tCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAg < 1:310708/300‑1 (MQ=255)
gggCCGGCTCCAGGGTCCGTGGCTCTGCGGCACAATTTCGTCAGTGTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAATGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGt < 2:403049/300‑1 (MQ=255)
ggCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAAc > 1:284220/1‑195 (MQ=255)
ggCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAAc < 2:284140/195‑1 (MQ=255)
gCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGGCGATTGTGGTATCCATGAAGGTATCCGGATGACTCCGGtt > 2:491846/1‑300 (MQ=255)
cgcgTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGCGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTCCTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAACGGTCTGGCGGATACCGCACTGAACACTGCGAACTCCGGCTACCTGACTCGTAGTCTGGTCGACGTGGCGCAGGAc > 2:137794/1‑230 (MQ=255)
ggtggtgtgggtcgcatgATTCGTCAGCTGGCGGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCCCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACg < 2:24557/284‑1 (MQ=255)
aTGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCgtg < 1:213239/301‑1 (MQ=255)
cccGGCTGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCTCGCACTTCCGTGAATGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCAACTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTTACTGCTGAAGACGTTCTg < 1:141948/300‑1 (MQ=255)
ggACGGCCCCCTCATCGCAACGCCCATCCCCGCGCACTTCCGTGAAGGTCAGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGGAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAg < 2:184059/301‑1 (MQ=255)
ccTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCggg < 1:491966/300‑1 (MQ=255)
accGAAACGCCAACCACCGCGCAATTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGATCGTAATGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGTCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTActgctg < 1:546990/299‑1 (MQ=255)
cGAAACGCCAATCTCCGCGCACGTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTCCATCTCCACCCACGGTGCTGGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACGCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGTCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGa < 1:179133/300‑1 (MQ=255)
cGAAACGCCAATCACCGCGCACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGGGTAACTGCGGAAGACGTTCTGAAGCCGGGGACTGTTGat > 2:415982/1‑301 (MQ=255)
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AGCAGTTCCAGTCTGGTCTGGTAACTGCGGGCGAACGCTACAACAAAGTTATCGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGAT > NC_000913/4187346‑4187914
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
