Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F17 I0 R1
|
160 |
98.0 |
2214160 |
89.0% |
1970602 |
222.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,875,520 |
T→C |
18.6% |
A28A (GCT→GCC) |
yidX → |
putative lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,875,520 | 0 | T | C | 18.6%
| 174.9
/ 14.7
| 95 | A28A (GCT→GCC) | yidX | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/30); new base C (16/2); total (62/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.61e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGC > NC_000913/3875289‑3875756
|
ttgtACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGtt > 1:16253/1‑238 (MQ=255)
gtACTACAATTTAGATCACAAAACGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTGTAAAGGATTAATCAGTAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCGTCCGGTTTATTTCCACTGGCGCTGATGCTTTAAGGCTGTA‑ATCGTATGGCACTGGTTTc > 2:1092894/1‑238 (MQ=255)
gtACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGACAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATGTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGAGGCTTTTAGGCTGTATTTCGATT‑GCTCTGGTTTcc > 2:687241/1‑239 (MQ=255)
gtACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGTTGCCGGTTTATTCCCACTGGCCCTGATGCTTTAAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTcc > 2:484621/1‑239 (MQ=255)
gtACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTc > 1:1001062/1‑238 (MQ=255)
gtACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTACTGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCCCTGGTTTcc > 1:165649/1‑239 (MQ=255)
gtACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCCGATTCTTTCAAGCCGTATTCCGTAT‑GCTCTggc > 2:381127/1‑234 (MQ=255)
aTTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGAGGCGGATGGTTTAAGGCTGTATACAGGAT‑GCCCCGGTGTCCCAAAcccc > 2:613076/1‑237 (MQ=255)
tttGGATTAAAAAAAGAAAAATTCAAAAAAAAATGACATGCGACGGGAAAAAATCTGAAAAGGGAAATCAGGCGTTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTGTGAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCa < 2:910303/239‑1 (MQ=255)
tttAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAATAAGAGTAGGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCa < 2:966409/239‑1 (MQ=255)
tttAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATCCCGCa < 2:293721/239‑1 (MQ=255)
tttAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGAATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGAAGCTTTCAGGCTTTATCCGGTAT‑GCCCTGGTTTCCCATACCGCa > 2:321586/1‑239 (MQ=255)
tAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGCCATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCCCTGGGCCTGATGCTTTCAGGCGGTATCTCGAAT‑GCTCTGGTTTCCCAAACCCCaaa > 2:288309/1‑239 (MQ=255)
tAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCTGACTGCTTCTCGTTT‑GCCTTGTTTTCCATTACCGCaaa > 1:626451/1‑239 (MQ=255)
tAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGAAT‑GCCTTGGTTTCCCTTACCGCaaa > 1:72034/1‑239 (MQ=255)
tAGATCAAAAAAAGAACAATTCATAAAAAAATGCAAAGGGTCGGGCAAAAAACTGAAAAGGGATATCCGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAAAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAAGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCGACGGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCa < 1:310344/237‑1 (MQ=255)
gATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGGATGCTTTCAACGGCTTCGCTACTAGTTTAAAGGATTAATCATGACGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTTTTCCCCCTGGCCCTGCTGCTTTAAGGCTTTATCCCTATT‑GCTCTGGTGTccataactcaaaaag > 2:821715/1‑226 (MQ=255)
aTCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCCGTGTTTTCCTTGACCGCAAAggc > 1:315154/1‑238 (MQ=255)
aTCAAAAAAAAAAAAATGCAAAAAAAAAAGACAAGGGTCGGGCAAAAATTCGAAAAGGGATAACAGGCGATAAACAGGAGGGAAAGAAGATTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAggg < 2:656105/239‑1 (MQ=255)
cacaAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCTTACCGCAAAGGGTa > 1:656105/1‑239 (MQ=255)
cacaAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCGGAAGCTTTCAGGCTGTTGATCGAAT‑GCCCTgactgtcctttatcacaatttcc > 1:1063295/1‑217 (MQ=255)
aTGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCTTACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTa > 1:27884/1‑239 (MQ=255)
aTGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGAAAAGAGTCGTTCAGGAAAGTa > 1:622557/1‑239 (MQ=255)
aTGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGATGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATTTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGAAGTTCGGGCAAgaa > 2:1093869/1‑237 (MQ=255)
aaaaaaTGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGTTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCTTACCGCAAAGGGAGTTTCAGGAAAAGATCaaac > 1:33365/1‑236 (MQ=255)
tGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCCCTGGTTTCCCATACCGCAAAggg > 2:381725/1‑211 (MQ=255)
tGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATAGCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAggg < 1:381725/211‑1 (MQ=255)
aaaTGGGTCGGGAACAAATCTGAAAAGGGAAAGCAGGGGTTAAATATGAAGGAAAGAAGATGATGATTCAAACGGATTATCTACTGCTTTAAAGGATTAATCATGAAGTGGAATTATAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGATTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCa < 1:1092894/235‑1 (MQ=255)
cATGCGAAGGGCAGGAATCTGAAAAAGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGGTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGTCTGTATCACGTAT‑GCCCTGGTTTCTCCTACCGCAAACGGTAGTTCAGTAAAGAATaaacgacagaacgca > 2:476623/1‑227 (MQ=255)
tGCGGCGGGGAGAAATTTGAAAAGGGATATCAGGGGCTAAAAAGGGGGGAAAGAAGGGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGGTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGacac < 2:536964/239‑1 (MQ=255)
tCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCTTACCGCAAAGAGAAGTTCAGGAAAGAATCAATCGCAGTCAGAAACGATc > 1:688493/1‑239 (MQ=255)
ggCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑Gctc > 2:1018887/1‑177 (MQ=255)
ggCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCTTACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATc > 1:536964/1‑236 (MQ=255)
ggCAGAAATCGGAAAAGGGATATCAGGAGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑Gctc < 1:1018887/177‑1 (MQ=255)
aaaGGGATATCAGGCGCTAAACAGGA‑GGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGAAACCATAAC‑TGGGCTTTCGCAGGc > 1:24150/1‑239 (MQ=255)
aGGGATTACAGGGGGTAAACAGGGGGGAAAGGAGAGGATGATTTCAACGGATTAGGTAACTGGTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTGTTTAAGGCTGGCGGTTTATTCCCACGGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCa < 2:10260/239‑1 (MQ=255)
aGGGATATCAGGCGCTAAACAGGATGTAAAGAAGAGTATGCATTCAAAGGCTTAGCTACTCGGTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTATTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCa < 2:179454/239‑1 (MQ=255)
ggtaatCAGGCCGTAAACAGGAAGGAAAAGAGGGTATTCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGAATAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACGGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCa < 2:72034/233‑1 (MQ=255)
tatCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGGAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCCTAAC‑TGGGCTATCGCAGGCaaaaaa > 2:577040/1‑237 (MQ=255)
aagtaGGCGTGAAACATGAGTGAAAGGAGAGTAAGCTTTTAACGGCTTAGCTTCGACTTTAAAGGATTAATCATTAAGTTGAGTTTTAAGGGATTTTTTAAGGCGGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCAAAAGa < 1:1093869/235‑1 (MQ=255)
gaggGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCCCAGTCAGACACCATCCC‑TGGGCTATCGCAGGCAAAAAAAAAGAATGGAACAAAAg > 2:687926/1‑239 (MQ=255)
gaggGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCCCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGAAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCCCAGGCAAAAGATAGTAATGGACCAAAAg > 1:573915/1‑239 (MQ=255)
gaggGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACCGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGTCTGAATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCAATACCGCAAAGGGCAGTTCAGGAAAGGATCAAGCGAAATCAGACACCA‑CACAGGGGGTACCGCAGGCaaaaactaagaaagcaaaaaaag > 2:768016/1‑220 (MQ=255)
gAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGc < 1:687926/237‑1 (MQ=255)
aaaGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCCACGGGTAGTTCAGGAACGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCTCAGGCAAAAGATAGTAATGGAAAAACAGGCTAt > 2:317921/1‑239 (MQ=255)
aaaGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCa < 1:736779/212‑1 (MQ=255)
aaaGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCAAAAAATAGAAATGGAAAAAAAGGcaaa > 2:359550/1‑236 (MQ=255)
agaagaGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCCCAGGCAAAAGAAAGGAATGGAAAAAAAGGCTAttt > 2:671120/1‑237 (MQ=255)
agagTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTAGGgttt > 1:191846/1‑239 (MQ=255)
gagTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCAATGttttt > 1:583693/1‑239 (MQ=255)
tATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGACGTTCAGGAAAGTATCACTAGCCGTCAGACACCATACA‑TAGGCTATCCTAGGCAAAAGATGGACATGGACAAAAAGACCAAGttttttga > 2:77676/1‑236 (MQ=255)
tATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCCCTGGTTTCCCTTACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCa > 1:528895/1‑176 (MQ=255)
tATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATGAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCa < 2:528895/176‑1 (MQ=255)
aTGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCCTACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGGACAAAAGGCTATGTTTTTGTAg > 2:170806/1‑239 (MQ=255)
ttaaaagggtttAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAATTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGTATGCCGGTTTATTCCCACGGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGa < 1:484621/229‑1 (MQ=255)
tCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAGAAACTTCAGGAAAGAATCAATAGCAGTCCGACACCATAAT‑TGGGCTACCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAAGTGATGTTTTTTAAGGGGaaa > 1:459408/1‑238 (MQ=255)
tCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCCCTGTTTTCCCTTACAGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAAAAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGaa > 1:1045088/1‑238 (MQ=255)
cAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAAt > 1:702527/1‑207 (MQ=255)
cAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCCGTCTTTTCCCATAACGCAAAGGGTAGTTCAGGCAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTTTAGGGGAATc > 1:901616/1‑239 (MQ=255)
aCGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATcac > 2:145537/1‑237 (MQ=255)
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gCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGCAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCCCAATGATCCAGCACTTAAACGGCACAAACTTCAGGTTGCCGAGGACGAACAATTTGTTTTAAATGc > 2:476992/1‑239 (MQ=255)
|
TTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAT‑GCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAC‑TGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGC > NC_000913/3875289‑3875756
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
