Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F191 I0 R1
|
49 |
68.0 |
1456600 |
97.2% |
1415815 |
140.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,026,655 |
C→T |
100% |
E87K (GAA→AAA) |
vraR ← |
response regulator VraR |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,026,655 | 0 | C | T | 100.0%
| 194.0
/ NA
| 62 | E87K (GAA→AAA) | vraR | response regulator VraR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (30/32); total (30/32) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
ACTAAAACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATGGGCTTTGG > CP000730/2026519‑2026789
|
aCTAAAACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAAt > 2:481925/1‑140 (MQ=255)
taagtcttccgtgccAAAAACAGATCCTCCTCTAGTAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGCTGCTTTTACAATGTAACTATCGACACCTGCACCTAATGCACCATATACCTCTTTATCTTtaataa < 2:113096/126‑1 (MQ=255)
aaaaCTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATaaa > 2:54854/1‑140 (MQ=255)
aaCTTCCGGTTCAAAAGCAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAAc < 1:432015/140‑1 (MQ=255)
aCTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACt < 2:190627/140‑1 (MQ=255)
aCTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATATAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACt < 2:173867/140‑1 (MQ=255)
cTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTa < 2:66738/140‑1 (MQ=255)
cTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTa < 1:237780/140‑1 (MQ=255)
cTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAAGATAACGATCGACACCTGCATCTACTGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTa < 1:381019/140‑1 (MQ=255)
ccGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATAGCTTTTGAACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACAACTGCATCTAATGCACGATCTACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGtt > 2:322979/1‑140 (MQ=255)
ccGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTGTTACGAACTGCATAGGCGAGAGCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAGCGATCGACACCTGCATCCAATGCACGATATACCTCTTTATGTTTAATAAAACTAGtt > 2:322973/1‑140 (MQ=255)
cGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGCCACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTa > 1:697974/1‑140 (MQ=255)
aCAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATAc < 2:644395/140‑1 (MQ=255)
aCAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATAc > 1:438488/1‑140 (MQ=255)
aGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACtt > 1:637610/1‑140 (MQ=255)
ctcctcTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAAtt < 1:685306/140‑1 (MQ=255)
ctcctcTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAAtt > 1:551513/1‑140 (MQ=255)
ctcctcTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGAAATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAAtt > 2:400480/1‑140 (MQ=255)
ctAGTAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCgg < 1:174873/140‑1 (MQ=255)
gaGAAGTTTTACGACCTGGATAGGCTCTATCTTTTGCACTTTTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCCGCATCTAAAGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAAAACTTTAATCTGCAGt < 2:273273/139‑1 (MQ=255)
aGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACATGCATCTAATGCACGATATACATCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATCTACGGTAAAt > 2:311499/1‑140 (MQ=255)
tttACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCGCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCtt > 1:17345/1‑140 (MQ=255)
cGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCtttttt > 2:240322/1‑140 (MQ=255)
cGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCtttttt > 1:407704/1‑140 (MQ=255)
aagctcttCGGCTATATCTTTTGCGCTTTTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAACAAAACTTATTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTaa < 2:454601/133‑1 (MQ=255)
cTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACATGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATc > 1:484851/1‑140 (MQ=255)
tGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTTTTGTTTTTAAAATCTAAGTAGCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCt < 1:313067/140‑1 (MQ=255)
aTCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAg < 1:287008/140‑1 (MQ=255)
aTCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAg < 1:398674/140‑1 (MQ=255)
tCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATACAAATAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTAAgt > 1:660576/1‑140 (MQ=255)
tCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACAAAATACCGCTTTATCTTTTATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAgt < 1:530951/140‑1 (MQ=255)
cGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAgtc < 1:589057/140‑1 (MQ=255)
ggCGATTTCTTTTGCACCTGTTGGTTTTAAAATGTAACTATCGACAACTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAgtcg < 2:675906/140‑1 (MQ=255)
gATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACAGTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGtcgtcg < 1:398022/140‑1 (MQ=255)
tatCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCt > 1:669275/1‑140 (MQ=255)
tctttGCTCTTGGTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAAGTCACGTTATACCTCTTTATCTTTAAGAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTGTAATCTGAGTCGTCGCTTCt < 2:136382/138‑1 (MQ=255)
ctcttGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCt < 2:487358/137‑1 (MQ=255)
ttttGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGCGTCGTCGTTTCtc > 1:449334/1‑139 (MQ=255)
ttGCACTTGTTTGTTTTACAATGTAACTATCGACACCTGCATGTAATGCACGATATACCTCTGTATCTTTAATCAAACTAGTTAACATTAATTCTTTAATTTGCGGTAGATCTTTCTTAATCTGGGTCGTCGCTTGTaca < 2:287373/140‑1 (MQ=255)
ttGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCGTTTTTAAGCTGAGTCGTCGCTTCTaca < 1:15458/140‑1 (MQ=255)
ttGCACGTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTaca < 2:697974/140‑1 (MQ=255)
tgttgtTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACAccatcca < 2:438488/140‑1 (MQ=255)
tgttgtTTCTAAAATGTAACTATAGACACCTCCATCTTATGCACGTAATTCCTCTTTGTCTTTAATAAAACTAGTTAACCTTAGTCCTTTAATTTTCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACAccatcca < 2:102688/140‑1 (MQ=255)
gttTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCATCGCTTCTACACCATCCATGTc > 1:443695/1‑140 (MQ=255)
tttttAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATACATGttt > 2:725982/1‑138 (MQ=255)
gTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTa < 2:673476/140‑1 (MQ=255)
tATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATcc > 2:255360/1‑140 (MQ=255)
cacCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCattaac > 1:562581/1‑139 (MQ=255)
cacCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCattaaa < 2:353054/140‑1 (MQ=255)
acCTGCATCTAATGCACGATATACCTTTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCataaaaa > 2:451372/1‑140 (MQ=255)
gCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCattaaaattaa < 1:54854/140‑1 (MQ=255)
gCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACAAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTACTATGAGATGTAGCCTCTACACCATCCATGTCATCAATCAGTAACTCCattaaaattaa > 1:494533/1‑140 (MQ=255)
gtAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCt < 2:401446/139‑1 (MQ=255)
cTACTGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCt < 2:175864/140‑1 (MQ=255)
cTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAActct > 2:421521/1‑140 (MQ=255)
aTGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACCTTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTACATCTGGc > 1:21091/1‑140 (MQ=255)
aTGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGACTCGTCGCTTCTACACCCTCCATGTCATCCATAACTAAACCCAATAAAATAAAATcccgc > 2:80583/1‑136 (MQ=255)
tGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTTCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCTTCCATAAGTAACTCCATTAAAATTAAATCTGGCt > 1:341916/1‑140 (MQ=255)
gCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTCAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCtt > 2:526866/1‑140 (MQ=255)
ataCCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGCTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCa > 1:44401/1‑140 (MQ=255)
ctttttATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTTAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATggg < 2:496328/137‑1 (MQ=255)
ctctTTATCTTTATTAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGGGGTCACTATTATTAAATGTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATggg < 2:696454/140‑1 (MQ=255)
aTCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATGGGCTTTgg > 2:641117/1‑140 (MQ=255)
|
ACTAAAACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATGGGCTTTGG > CP000730/2026519‑2026789
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
