Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F174 I0 R1
|
55 |
81.0 |
1740380 |
95.7% |
1665543 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,405,489 |
G→T |
94.8% |
intergenic (‑127/‑124) |
USA300HOU_2268 ← / → ureA |
UT family urea transporter/urease gamma subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,405,489 | 0 | G | T | 94.8%
| 328.9
/ 7.1
| 118 | intergenic (‑127/‑124) | USA300HOU_2268/ureA | UT family urea transporter/urease gamma subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/3); new base T (59/51); total (63/55) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.78e-01 |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
TCTTTCACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTAATTTGCATTTTACAC > CP000730/2405355‑2405625
|
cTTTCAACTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGc < 1:707866/141‑1 (MQ=255)
tttCACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCt > 2:271974/1‑141 (MQ=255)
tttCACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCt > 2:284380/1‑141 (MQ=255)
cACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTaaa < 1:770494/141‑1 (MQ=255)
aacttgcctttGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTaaaa > 2:8649/3‑141 (MQ=255)
aCCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTGTGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCAATTAGATTGTTTTGTTCAATATCTGATATGCTaaaa > 2:177930/1‑141 (MQ=255)
aCCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTaaaa > 2:11649/1‑141 (MQ=255)
ctttactttGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAat > 2:598711/1‑141 (MQ=255)
ttcctttGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAatat > 1:233951/1‑141 (MQ=255)
ttcctttGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAatat > 1:779806/1‑141 (MQ=255)
ttcctttGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAatat < 2:235251/141‑1 (MQ=255)
gAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTc > 1:320759/1‑141 (MQ=255)
aattaatatgcATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCt < 2:825525/131‑1 (MQ=255)
cATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAAt > 2:640197/1‑141 (MQ=255)
aTTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAACGTACTAGCAAAAACTATTTGGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAAtt > 1:203466/1‑141 (MQ=255)
cTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTacac > 2:450166/1‑141 (MQ=255)
cATTAATTTACTACTATTCTATGAAAAGTTATAGTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACAt < 2:677387/141‑1 (MQ=255)
cATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACAt < 2:353305/141‑1 (MQ=255)
cATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACAt < 2:495291/141‑1 (MQ=255)
attgatatACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACAtt > 1:422561/5‑141 (MQ=255)
ttAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTg > 1:706376/1‑141 (MQ=255)
ttAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTg > 2:340085/1‑141 (MQ=255)
tAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGa > 1:27798/1‑141 (MQ=255)
atatACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAAc > 1:547688/1‑141 (MQ=255)
atatACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAAc > 2:601904/1‑141 (MQ=255)
ataCTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTACTTACACATTGacatt > 2:212020/1‑137 (MQ=255)
tactacTATTCTATGATAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGCTTAGATTGGTTGCTTCAATATCTGCTATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATCGTACttt > 1:430813/1‑141 (MQ=255)
tactacTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAGCTATTTTGGTTTTTACTTAAATATATTCTACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGTTTCAATATCTGATATGCTAAATATATTATTTTCTAATTACACTTTgttattt > 2:227050/1‑135 (MQ=255)
tactacTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTTGATTGTTTGCTTCAATATCTGGTATGCTAAAAGTTTAATTTTGTAATTACACATTGAACttt > 2:227051/1‑141 (MQ=255)
tactacTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACttt > 1:432134/1‑141 (MQ=255)
actaTTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGtaa > 2:403247/1‑140 (MQ=255)
ttCTATGCAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTa > 1:543828/1‑141 (MQ=255)
ttCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTa < 1:333514/141‑1 (MQ=255)
ttCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTa < 2:193658/141‑1 (MQ=255)
tCTATGAGAAGTTATATTAAATACTTTTTTGTTTTTTACGTAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATAGTTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTAc < 2:708479/141‑1 (MQ=255)
tCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGACCTTTGTATATTaa > 2:349164/1‑140 (MQ=255)
cTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACt > 2:348402/1‑141 (MQ=255)
cTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACt > 1:312232/1‑141 (MQ=255)
cTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACt > 1:150460/1‑141 (MQ=255)
cTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTCTATATTACt > 2:119446/1‑141 (MQ=255)
aTGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACttt > 2:778682/1‑140 (MQ=255)
aTGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACttt > 1:258292/1‑140 (MQ=255)
aTGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACAATTTGAACTTTGTATATTACttt > 2:762385/1‑140 (MQ=255)
aTGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTg > 1:8571/1‑141 (MQ=255)
aTGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAAAATATTCCACTAGGTATTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGAATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTg > 1:414901/1‑141 (MQ=255)
acaGTTAGATTAAAAACGATTTTGGTTTTTACATAAATATATGCCTGTTTGTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAGTTTTCTAAGTACACATTGAACTTTGTATATTACTGGTTTa < 2:492381/139‑1 (MQ=255)
aaaGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGAGTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTAGCCATTGAACTTTGTATATTACTTGtttt > 1:600857/1‑140 (MQ=255)
aaaGTTATATTAAAAACTAGTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGtttt > 2:838586/1‑140 (MQ=255)
aaGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTAt > 2:124170/1‑141 (MQ=255)
gTTCTATTAAAAACTATGTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGCTATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATca < 2:579653/141‑1 (MQ=255)
gTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACAAGTTGACATTTGTATATTATTTGTtcatca > 1:194461/1‑141 (MQ=255)
ttATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAGATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATcac < 2:638387/141‑1 (MQ=255)
ttATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATATTTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATcac < 1:379256/141‑1 (MQ=255)
ttATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATcac < 2:244181/141‑1 (MQ=255)
tataTTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATcaca > 1:642139/1‑141 (MQ=255)
atatTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCacaa < 1:67384/141‑1 (MQ=255)
atatTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCacaa < 1:493729/141‑1 (MQ=255)
tatTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCactac > 2:606004/1‑141 (MQ=255)
tatTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCacaac > 1:150132/1‑141 (MQ=255)
atTAATAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTTTTTGTTTTCGATTAGTTTGTTTGCTTCAATATCTGACATGCTAAATATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCacaaca < 1:576746/141‑1 (MQ=255)
atTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCacaaca < 1:504161/141‑1 (MQ=255)
tAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTTTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTCTTTATCACAACAAt < 2:21056/141‑1 (MQ=255)
tttGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAat < 2:321496/141‑1 (MQ=255)
tttGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAat < 1:705931/141‑1 (MQ=255)
ttGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAata < 2:810270/141‑1 (MQ=255)
ttttACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGGTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAAt > 1:766956/1‑141 (MQ=255)
aCATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTg < 2:27798/141‑1 (MQ=255)
aTAAATATATTCCCCTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTCTTTATTAGAACAATTGAGATTAATAAAAGTTTAGTa > 2:867618/1‑141 (MQ=255)
aaaTATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTaat > 1:77567/1‑140 (MQ=255)
aaTATATTCCATTTTTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAAt < 2:669529/141‑1 (MQ=255)
atatatTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACACCAATTAGGATTAATATAAATTTAGTaaagt > 1:787938/1‑139 (MQ=255)
atatatTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAAtt < 1:505377/141‑1 (MQ=255)
ttCCACTATTTGTTTTCGATAAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATc > 1:523545/1‑141 (MQ=255)
tCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCt > 1:591322/1‑141 (MQ=255)
cACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTaa > 1:863174/1‑141 (MQ=255)
tATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAatat > 2:484713/1‑141 (MQ=255)
tATTGGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATAACTGATATGCTAAGAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAatat < 1:46837/141‑1 (MQ=255)
ttttGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATg < 1:534013/140‑1 (MQ=255)
aTTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATACTTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTATTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATg < 2:543828/141‑1 (MQ=255)
ttGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGaa < 1:348402/141‑1 (MQ=255)
ttGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGaa < 2:295547/141‑1 (MQ=255)
ttttttCGACTAGGTTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTGTATCACATCAATTTGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGaaa < 1:244694/139‑1 (MQ=255)
gTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAAt < 2:2775/141‑1 (MQ=255)
gTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAAt < 1:11649/141‑1 (MQ=255)
gTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAAt < 1:8649/141‑1 (MQ=255)
gTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTCTGTAAATTGTATCTAATATGAAAt < 2:139838/141‑1 (MQ=255)
ttttCGATTAGCTTTTTTGCTGCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTATCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAAtt < 1:762385/141‑1 (MQ=255)
ttttCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAAtt < 1:361331/141‑1 (MQ=255)
ttttCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAAtt > 2:729031/1‑141 (MQ=255)
ttAGATTGTTTGCTTCAATATCAGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAACATGAAATTGGGGGtt < 1:37424/141‑1 (MQ=255)
gATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTa < 1:315689/141‑1 (MQ=255)
tGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAACTTGGGGGTTTTAAtt < 1:870186/141‑1 (MQ=255)
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gTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTAAttt > 1:147638/1‑141 (MQ=255)
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aaTATCTGATATGCTAAAAACATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTAATTTGCATTTTac > 2:34264/1‑141 (MQ=255)
tatCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATAGGAAATTGGGGGTTTTAATTTGCATTTTacac > 1:95976/1‑141 (MQ=255)
aatCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTAATTTGCATTTTacac < 2:843977/140‑1 (MQ=255)
|
TCTTTCACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTAATTTGCATTTTACAC > CP000730/2405355‑2405625
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
