Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F106 I0 R1
|
421 |
125.2 |
4599244 |
98.2% |
4516457 |
137.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,579,563 |
G→T |
6.5% |
intergenic (‑221/+70) |
yddA ← / ← ydeM |
putative multidrug ABC transporter permease/ATPase/putative YdeN‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,579,563 | 0 | G | T | 6.5%
| 437.5
/ 15.2
| 122 | intergenic (‑221/+70) | yddA/ydeM | putative multidrug ABC transporter permease/ATPase/putative YdeN‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/56); new base T (4/4); total (62/60) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
ACAATATGAAATATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGTTCTTAGCTAACTCTACC > NC_000913/1579420‑1579705
|
aCAATATGAAATATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAAtt > 4:638738/1‑149 (MQ=255)
tatGAAATATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATg > 1:713201/1‑149 (MQ=255)
tatGAAATATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATg < 1:440555/149‑1 (MQ=255)
atGAAATATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGt < 1:539076/149‑1 (MQ=255)
tGAAATATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTc > 1:186279/1‑149 (MQ=255)
aaaTATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCgg > 1:280508/1‑149 (MQ=255)
aaTATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCggg < 3:638738/149‑1 (MQ=255)
aaTATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCggg > 1:997897/1‑149 (MQ=255)
taAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGcc < 1:701092/149‑1 (MQ=255)
taAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGcc > 1:473558/1‑149 (MQ=255)
aaaGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCt < 2:534971/149‑1 (MQ=255)
aGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACATAAATTCCTGTCGGGTgtttc > 4:264531/1‑144 (MQ=255)
aGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACATAAATTCCTGTCGGGTgtttc < 3:264531/148‑5 (MQ=255)
aGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTg > 1:385537/1‑149 (MQ=255)
aaTATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTa > 4:380890/1‑149 (MQ=255)
atatTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTaa < 2:632543/149‑1 (MQ=255)
tttCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGt < 4:930254/149‑1 (MQ=255)
tttCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGt > 2:15490/1‑149 (MQ=255)
tCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATaagaa < 3:513155/149‑1 (MQ=255)
aGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAagg < 3:380890/149‑1 (MQ=255)
gTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATaagaag > 1:381167/1‑147 (MQ=255)
gTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATaagaag < 2:381167/147‑1 (MQ=255)
ggttatggttatGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAaggggg < 2:280508/149‑1 (MQ=255)
ttatggttatgCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCt < 1:541168/149‑1 (MQ=255)
atggttatgCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTaa < 1:763573/149‑1 (MQ=255)
gttatgCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTaa < 1:922505/126‑1 (MQ=255)
gctatgCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTaa > 2:922505/3‑126 (MQ=255)
tgCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGa < 2:713201/149‑1 (MQ=255)
tgCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGa < 2:385537/149‑1 (MQ=255)
tATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGtt < 1:946582/149‑1 (MQ=255)
ttGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTaa > 4:939017/1‑149 (MQ=255)
gATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTaaaa < 1:15490/149‑1 (MQ=255)
tAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAaga > 2:740063/1‑149 (MQ=255)
aaTCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGt > 3:868889/1‑109 (MQ=255)
aaTCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAagag > 3:1096186/1‑149 (MQ=255)
aaTCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAagag > 1:304262/1‑149 (MQ=255)
aTCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGa < 2:235583/138‑1 (MQ=255)
aTCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAagaga < 1:627083/149‑1 (MQ=255)
tCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGaa < 2:1095828/88‑1 (MQ=255)
tCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGaa > 1:1095828/1‑88 (MQ=255)
tCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTaaaa > 1:671325/1‑144 (MQ=255)
tCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTaaaa < 2:671325/144‑1 (MQ=255)
cAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGc < 2:997897/149‑1 (MQ=255)
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aaGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAaggag < 4:244993/123‑1 (MQ=255)
aaGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCg > 4:1142201/1‑149 (MQ=255)
aaGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCg > 1:13919/1‑149 (MQ=255)
aGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGt > 1:1041080/1‑149 (MQ=255)
ttGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTattaa > 4:1145587/1‑149 (MQ=255)
cTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAagaga < 4:57553/136‑1 (MQ=255)
cTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAagaga > 3:57553/1‑136 (MQ=255)
tAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGCAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAattat > 2:794432/1‑149 (MQ=255)
tGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGttatta < 1:760783/141‑1 (MQ=255)
tGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGttatta > 2:760783/1‑141 (MQ=255)
cccTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTcc > 1:206887/1‑149 (MQ=255)
ccTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCa > 4:312233/1‑149 (MQ=255)
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aCCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTattaa > 2:446269/1‑129 (MQ=255)
aCCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGCGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGc < 4:682683/149‑1 (MQ=255)
cACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCaa > 4:439365/1‑149 (MQ=255)
cACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCaa > 1:676089/1‑149 (MQ=255)
tAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGtttt < 4:979345/141‑1 (MQ=255)
cAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCAt < 2:144256/147‑1 (MQ=255)
cAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATaa > 1:125662/1‑149 (MQ=255)
aGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAATAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAAt > 3:777197/1‑149 (MQ=255)
aGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAAt < 1:794432/149‑1 (MQ=255)
aGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAAt > 2:958042/1‑149 (MQ=255)
gATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAAtgt < 3:50175/149‑1 (MQ=255)
aTTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAAtgtg < 4:1075898/149‑1 (MQ=255)
aTTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAAtgtg < 2:473558/149‑1 (MQ=255)
aTTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAAtgtg < 2:13919/149‑1 (MQ=255)
gCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCa > 3:1037245/1‑136 (MQ=255)
gCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCa < 4:1037245/136‑1 (MQ=255)
cAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGc < 1:357192/149‑1 (MQ=255)
aaGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCg < 3:156342/149‑1 (MQ=255)
aGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCgg > 2:915439/1‑149 (MQ=255)
ggAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTa > 1:196771/1‑149 (MQ=255)
ggAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTa < 3:939017/149‑1 (MQ=255)
aaGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTAct > 3:309425/1‑149 (MQ=255)
aaGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTAct > 2:313459/1‑149 (MQ=255)
aaGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTAct > 2:277896/1‑149 (MQ=255)
gatgatgatGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTActct > 1:569744/1‑149 (MQ=255)
gatgatgatGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTActct < 4:1096186/149‑1 (MQ=255)
gatgatgaCGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGtt > 2:275327/1‑149 (MQ=255)
gatgatgaCGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGtt > 3:642538/1‑149 (MQ=255)
atgatgaCGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGTTc < 3:1142201/149‑1 (MQ=255)
gatgaCGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAAtgtg > 2:266481/1‑128 (MQ=255)
gatgaCGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAAtgtg < 1:266481/128‑1 (MQ=255)
atgaCGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGTTCTTa > 4:483608/1‑149 (MQ=255)
gaCGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGtt > 1:809456/1‑143 (MQ=255)
gaCGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGTTCTTAGc > 2:218403/1‑149 (MQ=255)
gaCGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGTTCTTAGc > 1:287777/1‑149 (MQ=255)
aaCACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGTTCTTAGCTAAct > 1:1068735/1‑149 (MQ=255)
aaCACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGTTCTTAGCTAAc > 1:235028/1‑148 (MQ=255)
cacCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGTTCTTAGCTAActct < 2:7408/149‑1 (MQ=255)
acCCGACATAAATTCCTGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCg < 4:953777/125‑1 (MQ=255)
acCCGACATAAATTCCTGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGt > 1:920639/1‑134 (MQ=255)
acCCGACATAAATTCCTGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGt < 2:920639/134‑1 (MQ=255)
acCCGACATAAATTCCTGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGTTCTTAGCTAACTCTa > 3:796082/1‑149 (MQ=255)
acCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGTTCTTAGCTAACTCTa < 2:569744/149‑1 (MQ=255)
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ACAATATGAAATATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGTTCTTAGCTAACTCTACC > NC_000913/1579420‑1579705
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
