Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F104 I0 R1
|
363 |
191.1 |
6964768 |
98.3% |
6846366 |
140.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
968,406 |
G→A |
6.4% |
R14Q (CGG→CAG) |
lpxK → |
lipid A 4'kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 968,406 | 0 | G | A | 6.4%
| 652.1
/ 21.9
| 201 | R14Q (CGG→CAG) | lpxK | lipid A 4'kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (98/90); new base A (4/9); total (102/99) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.60e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
GAAATCGTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCG > NC_000913/968259‑968554
|
gAAATCGTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCGTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTGACAAAATGCACTTTGGCCAACGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTggcgg > 3:1074652/1‑149 (MQ=255)
aaaTCGTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTggcggc < 3:1671942/149‑1 (MQ=255)
aaTCGTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCt > 3:623527/1‑149 (MQ=255)
aaTCGTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCt < 1:1519352/149‑1 (MQ=255)
tCGTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTAt < 3:1288726/149‑1 (MQ=255)
gTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATtg < 2:583358/149‑1 (MQ=255)
gATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCTTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCAGCAATAGCCGCCAcaaagg < 2:142734/149‑6 (MQ=255)
gATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCAGCAATAGCCGCCAcaaagg < 2:1090332/149‑6 (MQ=255)
tGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTg < 3:551751/149‑1 (MQ=255)
ggTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTgg < 4:598739/149‑1 (MQ=255)
gtgtCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGt > 1:1244547/1‑149 (MQ=255)
tgtCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGtt < 4:276893/149‑1 (MQ=255)
cATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCt < 2:1232839/142‑1 (MQ=255)
cATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCG‑AAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTAt < 2:1067724/149‑1 (MQ=255)
ttGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATg < 4:484397/149‑1 (MQ=255)
gtgGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGc > 3:409929/1‑149 (MQ=255)
ggAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCt > 1:842403/1‑149 (MQ=255)
aCGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAACTGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAGTCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGATTGTGCGGCCTAGt > 4:1063751/1‑149 (MQ=255)
aCGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTTGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGt < 2:363846/149‑1 (MQ=255)
aCGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGt > 2:1609662/1‑149 (MQ=255)
aCGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGt < 4:1402168/149‑1 (MQ=255)
aCGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCAGCAATAGCCGCCAcaaag > 3:43325/1‑127 (MQ=255)
gcgGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAAAGTTCGAAAAAAGCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGa < 2:1686912/149‑1 (MQ=255)
cgGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTg > 1:357684/1‑131 (MQ=255)
tACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTgg < 4:820553/149‑1 (MQ=255)
gCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGgcgc > 4:563140/1‑149 (MQ=255)
aTAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTggcg < 2:1329890/102‑1 (MQ=255)
aTAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTggcg > 1:1329890/1‑102 (MQ=255)
aTAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGcc < 2:613969/134‑1 (MQ=255)
aTAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGa > 3:1473442/1‑149 (MQ=255)
tAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGtt < 3:252132/125‑1 (MQ=255)
tAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGt > 1:648159/1‑124 (MQ=255)
tAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGAt > 3:566269/1‑149 (MQ=255)
tAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGAt < 2:259139/149‑1 (MQ=255)
tAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGAt > 4:1145424/1‑149 (MQ=255)
aaCGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCActc > 1:112220/1‑116 (MQ=255)
aaCGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCActc < 2:112220/116‑1 (MQ=255)
gATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGt > 4:191116/1‑149 (MQ=255)
cTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGc < 3:316602/149‑1 (MQ=255)
cTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGc < 4:1365390/149‑1 (MQ=255)
cTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCAGCAATAGCCGCCAcaaag > 4:1344780/1‑105 (MQ=255)
ttGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCt < 2:640689/149‑1 (MQ=255)
ttGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCt > 4:1235349/1‑149 (MQ=255)
tGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCta < 3:1311328/149‑1 (MQ=255)
tGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCta > 4:1661009/1‑149 (MQ=255)
cACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTCTTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATaaa < 3:997646/149‑1 (MQ=255)
cgcgGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTa > 2:1198575/1‑149 (MQ=255)
ggcgTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTaaaa < 3:332682/149‑1 (MQ=255)
ggcgTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTaaaa < 4:1561624/149‑1 (MQ=255)
cgTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACt > 2:775489/1‑149 (MQ=255)
gTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTg > 3:666662/1‑149 (MQ=255)
ttACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGaa < 4:1263285/149‑1 (MQ=255)
gcgcAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTg < 1:101595/91‑1 (MQ=255)
ttCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGc > 2:1647462/1‑149 (MQ=255)
ttCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGc > 4:762497/1‑149 (MQ=255)
ttCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGc > 4:742759/1‑149 (MQ=255)
cacaACATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTACTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTCAAGCGCGCCTTGCGt > 2:493327/1‑149 (MQ=255)
cacaAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATc < 2:501218/110‑1 (MQ=255)
cacaAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGt > 2:1009735/1‑149 (MQ=255)
aaaaTGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGcc < 1:1361273/149‑1 (MQ=255)
aaaTGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGccc < 1:140708/149‑1 (MQ=255)
cAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTa < 2:842403/149‑1 (MQ=255)
gTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTAcc > 4:21755/1‑149 (MQ=255)
ggCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGtt < 3:1235349/149‑1 (MQ=255)
gCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTg < 2:276405/149‑1 (MQ=255)
ccAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCTCTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGAACTCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGCAGCGCGCCTGGCGTGCACCCGTACCGGTTGt < 2:1482661/149‑1 (MQ=255)
aaTGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCg > 2:1348156/1‑149 (MQ=255)
aaTGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGACTATTGCTGCCACTCTCCTGGTGGGGTGGGCTGCTGAGCGGCGCGATCCGTCTTTCCTATCAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTTCCGGTTGTcc > 3:1439/1‑148 (MQ=255)
aTGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGaa > 1:444850/1‑116 (MQ=255)
gATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGtgg < 1:1647462/149‑1 (MQ=255)
gATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGtgg < 3:742759/149‑1 (MQ=255)
cGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGtggttg < 1:5722/149‑1 (MQ=255)
gAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGtggttgg > 2:710465/1‑149 (MQ=255)
gAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGtggttgg > 3:657488/1‑149 (MQ=255)
gAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGtggttg < 1:1194377/148‑1 (MQ=255)
aaaaaaTCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGcc < 4:1306708/125‑1 (MQ=255)
aaaaaaTCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGtggttggt > 3:1699941/1‑149 (MQ=255)
aaaaaaTCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGtggttggt > 1:606081/1‑149 (MQ=255)
aaaaaaTCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGtggttggt < 3:1347867/149‑1 (MQ=255)
aTCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTg < 1:498389/70‑1 (MQ=255)
aTCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAAtct > 2:1154021/1‑149 (MQ=255)
tctggtctggTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGaa > 1:400572/1‑103 (MQ=255)
tctggtctggTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAAtctc < 1:1221234/149‑1 (MQ=255)
ggtctggtGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCAcc < 1:539063/149‑1 (MQ=255)
tggtGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAg > 1:253207/1‑149 (MQ=255)
gtGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAggc > 1:342320/1‑149 (MQ=255)
gAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTaa > 4:322146/1‑85 (MQ=255)
cccTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTa < 2:1745408/39‑1 (MQ=255)
cccTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTa > 1:1745408/1‑39 (MQ=255)
cccTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTTGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACg > 3:1167770/1‑149 (MQ=255)
cccTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACg > 1:793091/1‑149 (MQ=255)
ccTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGaa > 2:893055/1‑86 (MQ=255)
ccTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACgg > 3:516862/1‑149 (MQ=255)
ccTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACgg > 3:1120448/1‑149 (MQ=255)
gagagtgGCAGCAATAGCCGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGCAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGa > 2:227998/5‑149 (MQ=255)
cTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGa > 2:1492222/1‑149 (MQ=255)
agtgGCAGCAATAGCCGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTa > 2:1203101/2‑123 (MQ=255)
gtgGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGaaaaa < 1:1492222/149‑1 (MQ=255)
gtgGCGGCTATTGCTGCCACTATCCTGGTTGTGTGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCTCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTCGGTAATCTCACCGCAGGCGGAAACGGaaaaa < 3:1063751/149‑1 (MQ=255)
ggcTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCg < 4:1082923/149‑1 (MQ=255)
|
GAAATCGTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCG > NC_000913/968259‑968554
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
