Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F71 I0 R1
|
810 |
98.9 |
3562578 |
97.8% |
3484201 |
143.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,178,849 |
A→T |
5.3% |
K86I (AAA→ATA) ‡ |
nagK → |
N‑acetyl‑D‑glucosamine kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,178,849 | 0 | A | T | 5.3%
| 331.5
/ 6.9
| 95 | K86I (AAA→ATA) ‡ | nagK | N‑acetyl‑D‑glucosamine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/47); new base T (3/2); total (46/49) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.56e-01 |
GCATTTTTAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACC > NC_000913/1178704‑1178988
|
gCATTTTTAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAAcc > 1:855387/1‑149 (MQ=255)
aTTTTTAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGc < 2:630719/149‑1 (MQ=255)
tttttAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCt > 1:194282/1‑149 (MQ=255)
tttttAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCt > 3:180366/1‑149 (MQ=255)
tttttAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCt < 2:404792/149‑1 (MQ=255)
ttttAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTg > 2:133146/1‑149 (MQ=255)
tttAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCCGCGGTAAACCGCTGc < 4:652129/149‑1 (MQ=255)
tttAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTTTACCGCTgg < 2:112369/149‑2 (MQ=255)
aTGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAAc < 1:708438/138‑1 (MQ=255)
aTGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAAc > 2:708438/1‑138 (MQ=255)
aTGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGcc > 1:192337/1‑149 (MQ=255)
tGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTTTACCGCTggcagcgg < 1:716159/149‑8 (MQ=255)
gCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGa < 1:477866/149‑1 (MQ=255)
gCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGa > 3:530123/1‑149 (MQ=255)
aGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGAcc > 3:715051/1‑149 (MQ=255)
gtgtgtGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCt > 2:18249/1‑149 (MQ=255)
gtgtgtGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCt < 3:220554/149‑1 (MQ=255)
aGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCa < 2:93214/149‑1 (MQ=255)
gCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCAc < 1:482877/149‑1 (MQ=255)
gTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAACGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCt < 2:265028/149‑1 (MQ=255)
gctgaagctgaCCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGa < 1:133146/149‑1 (MQ=255)
ctgaagctgaCCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGAt < 1:163045/149‑1 (MQ=255)
tgaagctgaCCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATc < 2:888429/149‑1 (MQ=255)
gaagctgaCCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATcg > 3:170380/1‑149 (MQ=255)
cAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACg > 1:327840/1‑149 (MQ=255)
cAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACg > 4:26481/1‑149 (MQ=255)
aaCGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGc > 4:523151/1‑149 (MQ=255)
aaCGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGc > 1:696773/1‑149 (MQ=255)
aaCGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGc < 4:288272/149‑1 (MQ=255)
aCGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGcc > 3:426610/1‑149 (MQ=255)
gTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCtt > 2:49419/1‑149 (MQ=255)
tttGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGa < 1:57848/149‑1 (MQ=255)
ttGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGAt > 1:724948/1‑149 (MQ=255)
tGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGa > 3:156917/1‑149 (MQ=255)
gTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGAt < 1:186857/149‑1 (MQ=255)
tAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATg > 4:214118/1‑149 (MQ=255)
aaaGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCt > 2:202774/1‑119 (MQ=255)
aaaGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCt < 1:202774/119‑1 (MQ=255)
aaaGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGc < 3:159857/149‑1 (MQ=255)
aaaGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGc < 2:863034/149‑1 (MQ=255)
aaGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGcc < 2:311025/149‑1 (MQ=255)
aGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGa < 4:816748/144‑1 (MQ=255)
aGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGa > 3:816748/1‑144 (MQ=255)
ggTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCaa > 3:806125/1‑149 (MQ=255)
ggTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCaa > 1:839603/1‑149 (MQ=255)
ggTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCaa < 2:753507/149‑1 (MQ=255)
ttCTGTCGGCAGCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACt > 3:705880/1‑149 (MQ=255)
tGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGtt < 1:586583/149‑1 (MQ=255)
tGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGtt > 2:140738/1‑149 (MQ=255)
gTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGttt < 2:192337/149‑1 (MQ=255)
tCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGtttt < 4:170380/149‑1 (MQ=255)
cGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTg < 3:658446/149‑1 (MQ=255)
ggCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGc < 4:806125/149‑1 (MQ=255)
ggCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGc < 2:560903/149‑1 (MQ=255)
gCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGcc < 1:726575/149‑1 (MQ=255)
tCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCtt > 3:730674/1‑149 (MQ=255)
tCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCtt > 2:514176/1‑149 (MQ=255)
ggTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATTACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTc > 3:527256/1‑149 (MQ=255)
ggTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTc > 2:171855/1‑149 (MQ=255)
ttCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGaa < 2:92504/149‑1 (MQ=255)
ttCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGaa < 2:696773/149‑1 (MQ=255)
ttCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGaa > 3:127137/1‑149 (MQ=255)
ttCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGaa < 1:109602/149‑1 (MQ=255)
cGGGAATGCCGTAAATAAATAATTGTATGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGACAGCGGTAAACCGCTCCGCGCCGACCTGAGCGGACGCGCTGATCGCGATGTACGCATGGAAAACGAGGCCAACTGTGCTGCCCTCTCAGAAGcc > 4:767453/1‑149 (MQ=255)
gggAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCt > 2:159564/1‑149 (MQ=255)
gggAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCt > 4:705948/1‑149 (MQ=255)
aaTGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTggg > 4:30676/1‑149 (MQ=255)
gCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGgatg < 3:673714/149‑1 (MQ=255)
ccGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGgatga > 4:723359/1‑149 (MQ=255)
ggAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGatgatg < 1:18249/149‑1 (MQ=255)
aaaCAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGaa < 3:723359/149‑1 (MQ=255)
agaagaTGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTa > 1:329845/1‑149 (MQ=255)
agaagaTGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTa < 1:171855/149‑1 (MQ=255)
agaagaTGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTa > 4:789413/1‑149 (MQ=255)
agaagaTGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGAAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGAGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGCTGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGACGCCTGGGATGATGAATTTa < 4:287287/149‑1 (MQ=255)
gaagaTGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTAc < 2:855387/149‑1 (MQ=255)
gaagaTGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGT‑AACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACt > 3:44727/1‑149 (MQ=255)
gaTGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCa > 3:343001/1‑149 (MQ=255)
ggTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAata > 4:746507/1‑149 (MQ=255)
gCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCAc < 2:568982/149‑1 (MQ=255)
gCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCAc < 4:639520/149‑1 (MQ=255)
tGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATGTCCACTGGTGa < 3:705948/149‑1 (MQ=255)
tGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGa < 3:789413/149‑1 (MQ=255)
gccgccAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGAt < 3:432446/149‑1 (MQ=255)
cgccAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATgg > 2:695832/1‑149 (MQ=255)
cAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGt < 1:868691/149‑1 (MQ=255)
aaTGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGTACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGtt < 4:682932/149‑1 (MQ=255)
tGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGATCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGa < 4:426610/149‑1 (MQ=255)
tCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGAtt > 4:881055/1‑149 (MQ=255)
cccGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATtct > 3:289690/1‑149 (MQ=255)
gCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCgg < 3:746507/149‑1 (MQ=255)
acgcAGCGGTTTACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCa > 1:600160/4‑149 (MQ=255)
acgcAGCGGTTTACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCa > 1:606216/4‑149 (MQ=255)
acgcAGCGGTTTACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCGTGATCGCGATGTACGACTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCATAAGCCTGGGATGATGAATTTCCTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCa > 4:106521/4‑149 (MQ=255)
ccAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTCATCGCGATGTACGCCTTGATACCGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATATACTCAATATCCACTGTTGATTGGGGTGACTCTCGCCAcc < 4:820123/149‑1 (MQ=255)
|
GCATTTTTAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACC > NC_000913/1178704‑1178988
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
