Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F71 I0 R1
|
810 |
98.9 |
3562578 |
97.8% |
3484201 |
143.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,977,223:1 |
+A |
8.0% |
intergenic (‑84/+43) |
motA ← / ← flhC |
proton conductor component of flagella motor/flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhD |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,977,223 | 1 | . | A | 8.0%
| 448.0
/ 35.4
| 113 | intergenic (‑84/+43) | motA/flhC | proton conductor component of flagella motor/flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (56/48); new base A (5/4); total (61/52) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CCGGTCATCAAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAA > NC_000913/1977075‑1977370
|
ccGGTCATCAAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGt < 4:752263/149‑1 (MQ=255)
atcaAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcg > 1:185785/1‑149 (MQ=255)
atcaAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcg > 4:684817/1‑149 (MQ=255)
tcaAATAACCGCCGAAAAGTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcgt > 4:152072/1‑149 (MQ=255)
aTAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTAcc > 1:493640/1‑149 (MQ=255)
aTAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTAcc > 2:291256/1‑149 (MQ=255)
aCCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCgct > 2:196859/1‑149 (MQ=255)
cgccgAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgc < 3:342393/149‑1 (MQ=255)
cgccgAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgc < 2:243599/149‑1 (MQ=255)
cgccgAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgc < 3:629732/149‑1 (MQ=255)
ccgAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGctgctg > 4:200888/1‑149 (MQ=255)
gAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGa > 1:738013/1‑149 (MQ=255)
aaaaCTGTACCGAGAACAACCAGGTAAACTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAATCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGAAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTTGaa > 4:499337/1‑149 (MQ=255)
aaaCTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAAt < 2:726940/149‑1 (MQ=255)
cTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGtt > 4:38116/1‑149 (MQ=255)
cTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGtt < 4:359506/149‑1 (MQ=255)
tGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTg > 3:258543/1‑149 (MQ=255)
gTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTgc < 3:573529/149‑1 (MQ=255)
cGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCt > 4:137269/1‑149 (MQ=255)
gagaACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTc > 1:845571/1‑149 (MQ=255)
aacCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTa > 4:108758/1‑149 (MQ=255)
ccAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATc > 3:630682/1‑149 (MQ=255)
cAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCa < 3:523171/149‑1 (MQ=255)
ggTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGt > 1:833943/1‑149 (MQ=255)
cTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACa > 1:837519/1‑149 (MQ=255)
aataaGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGc > 4:464935/1‑149 (MQ=255)
aataaGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGc > 4:622703/1‑149 (MQ=255)
aataaGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGc < 2:845571/149‑1 (MQ=255)
ataagataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGcc > 4:654397/1‑149 (MQ=255)
taagataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCt > 2:778535/1‑127 (MQ=255)
taagataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCt < 1:778535/127‑1 (MQ=255)
gataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTa < 2:738013/149‑1 (MQ=255)
taagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTAc < 4:609341/149‑1 (MQ=255)
taagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTAct > 3:7290/1‑149 (MQ=255)
agCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActct > 3:309041/1‑149 (MQ=255)
gCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctc < 3:264658/149‑1 (MQ=255)
gCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctc < 2:837519/149‑1 (MQ=255)
gCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctc > 2:800474/1‑149 (MQ=255)
gCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctc > 4:60622/1‑149 (MQ=255)
gCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctc < 3:60622/149‑1 (MQ=255)
cACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctct > 1:234287/1‑149 (MQ=255)
cACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAAGGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctct > 4:767599/1‑149 (MQ=255)
aCGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTg > 3:696399/1‑149 (MQ=255)
catcatCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCa > 1:388123/1‑149 (MQ=255)
atcatcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGAC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCAt > 4:458616/1‑149 (MQ=255)
tcatcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATc < 2:489589/149‑1 (MQ=255)
catcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATcc > 1:172655/1‑149 (MQ=255)
atcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCca > 4:663732/1‑149 (MQ=255)
cTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCcagca < 1:542901/149‑1 (MQ=255)
cTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCcagca > 1:234309/1‑149 (MQ=255)
ttCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCcagcag > 1:317743/1‑149 (MQ=255)
tCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGt > 4:450658/1‑149 (MQ=255)
ccACTGTTGACCATGACAGGATTTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACGGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGtt < 3:540720/149‑1 (MQ=255)
ccACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGtt > 3:713545/1‑149 (MQ=255)
aCTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTtgt < 1:196859/149‑1 (MQ=255)
cTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTtgtg < 3:38116/149‑1 (MQ=255)
cTGATGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGAGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTtgtg < 2:883719/149‑1 (MQ=255)
tGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTgg < 3:398614/149‑1 (MQ=255)
ccATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGataat > 3:471805/1‑149 (MQ=255)
tGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATc < 2:814687/149‑1 (MQ=255)
gACAGGATGTTAAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCg > 3:514023/1‑149 (MQ=255)
gATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAgg > 1:23044/1‑149 (MQ=255)
ttCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑CCGTCGTTACCCCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTCGTGGGATAATATCGGCAGGATTc > 1:693245/1‑149 (MQ=255)
tCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCt < 4:7290/149‑1 (MQ=255)
cAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTtgtg < 3:642230/127‑1 (MQ=255)
cAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTg < 2:234287/149‑1 (MQ=255)
cAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTg > 3:616899/1‑149 (MQ=255)
cAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTg < 3:622703/149‑1 (MQ=255)
cAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTg < 4:613513/149‑1 (MQ=255)
cAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTg < 3:753599/149‑1 (MQ=255)
aGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTgg > 3:786424/1‑149 (MQ=255)
cGTTAACTCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTAc < 2:23636/149‑1 (MQ=255)
cGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTAc < 3:186721/149‑1 (MQ=255)
cGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTAc < 2:62093/149‑1 (MQ=255)
gcgcgATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCtttt < 1:11075/149‑1 (MQ=255)
gcgcgATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCtttt < 1:801741/149‑1 (MQ=255)
gcgATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTa < 3:337036/149‑1 (MQ=255)
aTTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTg > 2:626850/1‑149 (MQ=255)
gggC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCg < 4:630682/149‑1 (MQ=255)
ggC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCgg > 1:700377/1‑149 (MQ=255)
gC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCggg > 1:413979/1‑149 (MQ=255)
ccaaaaaaaGCAGTGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCATCGTCTCAGTTATACAGCCTGTACTTTCTTTTAACCCAGCAGTTGAGCGATAATATCGGCAGAAGTATGGGAAATTTTACGTCTCTTTACTGCTCCGGa < 4:333570/147‑1 (MQ=255)
aaaaaaaaGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGAt > 4:602918/1‑149 (MQ=255)
aaaaaaGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATgg > 2:717984/1‑149 (MQ=255)
aaaaaaGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATgg < 2:413979/149‑1 (MQ=255)
aaGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGt < 3:709014/149‑1 (MQ=255)
agcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGtt > 2:421531/1‑149 (MQ=255)
agcagcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGtt < 3:654397/149‑1 (MQ=255)
gcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGaaa > 2:31115/1‑115 (MQ=255)
gcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGaaa < 1:31115/115‑1 (MQ=255)
gcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTg > 1:801973/1‑149 (MQ=255)
gcagcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTg < 4:44822/149‑1 (MQ=255)
cagcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGa < 1:47415/149‑1 (MQ=255)
agcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGAc < 2:49842/149‑1 (MQ=255)
gT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTg > 1:745938/1‑104 (MQ=255)
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gT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATaa < 2:23044/149‑1 (MQ=255)
gT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATaa < 1:86515/149‑1 (MQ=255)
t‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATc > 3:16590/1‑91 (MQ=255)
t‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATc < 4:16590/91‑1 (MQ=255)
|
CCGGTCATCAAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAA > NC_000913/1977075‑1977370
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
